Геометрический подход к филогеографическому анализу молекулярных последовательностей: главные компоненты и дендрограммы

Standard

Геометрический подход к филогеографическому анализу молекулярных последовательностей: главные компоненты и дендрограммы. / Efimov, V M; Efimov, K V; Kovaleva, V Yu.

в: Molekuliarnaia biologiia, Том 57, № 2, 4, 2023, стр. 178-184.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

BibTeX

@article{1f38ee98218242169307af8f38946ba2,

title = "Геометрический подход к филогеографическому анализу молекулярных последовательностей: главные компоненты и дендрограммы",

abstract = "Поиски проявлений отбора, вызванного влиянием среды, в молекулярных последовательностях обычно проводят внутри близкородственных видов или на внутривидовом уровне, поскольку считается, что на высоких таксономических уровнях такие поиски бесперспективны из-за филогенетического родства. Аминокислотные последовательности цитохрома b 67 видов грызунов и зайцеобразных с известными географическими координатами оцифрованы с использованием базы данных AAindex. На основе более 200 тыс. признаков получены главные компоненты. Использован ранее не применявшийся для таких задач известный статистический метод, позволяющий ортогонально разложить многомерную изменчивость на внутри- и межтаксонную и анализировать их по отдельности. Выбран уровень подсемейства. Найдена корреляция второй главной компоненты (17.05% межтаксонной изменчивости) с широтой (r = 0.561; n = 67; p < E–5). Выявляемое первой главной компонентой (39.48% межтаксонной изменчивости) четкое разделение на две группы, не совпадающее с таксономическим, указывает на возможную физико-химическую подоплеку различий между ними. Это требует дальнейших исследований.",

author = "Efimov, {V M} and Efimov, {K V} and Kovaleva, {V Yu}",

note = "Ефимов В.М., Ефимов К.В., Ковалева В.Ю. Геометрический подход к филогеографическому анализу молекулярных последовательностей: главные компоненты и дендрограммы // Молекулярная биология. – 2023. – Т. 57. - № 2. – С. 178-184.",

year = "2023",

doi = "10.31857/S0026898423020052",

language = "русский",

volume = "57",

pages = "178--184",

journal = "Molekulyarnaya Biologiya",

issn = "0026-8984",

publisher = "Russian Academy of Sciences",

number = "2",

}

RIS

TY - JOUR

T1 - Геометрический подход к филогеографическому анализу молекулярных последовательностей: главные компоненты и дендрограммы

AU - Efimov, V M

AU - Efimov, K V

AU - Kovaleva, V Yu

N1 - Ефимов В.М., Ефимов К.В., Ковалева В.Ю. Геометрический подход к филогеографическому анализу молекулярных последовательностей: главные компоненты и дендрограммы // Молекулярная биология. – 2023. – Т. 57. - № 2. – С. 178-184.

PY - 2023

Y1 - 2023

N2 - Поиски проявлений отбора, вызванного влиянием среды, в молекулярных последовательностях обычно проводят внутри близкородственных видов или на внутривидовом уровне, поскольку считается, что на высоких таксономических уровнях такие поиски бесперспективны из-за филогенетического родства. Аминокислотные последовательности цитохрома b 67 видов грызунов и зайцеобразных с известными географическими координатами оцифрованы с использованием базы данных AAindex. На основе более 200 тыс. признаков получены главные компоненты. Использован ранее не применявшийся для таких задач известный статистический метод, позволяющий ортогонально разложить многомерную изменчивость на внутри- и межтаксонную и анализировать их по отдельности. Выбран уровень подсемейства. Найдена корреляция второй главной компоненты (17.05% межтаксонной изменчивости) с широтой (r = 0.561; n = 67; p < E–5). Выявляемое первой главной компонентой (39.48% межтаксонной изменчивости) четкое разделение на две группы, не совпадающее с таксономическим, указывает на возможную физико-химическую подоплеку различий между ними. Это требует дальнейших исследований.

AB - Поиски проявлений отбора, вызванного влиянием среды, в молекулярных последовательностях обычно проводят внутри близкородственных видов или на внутривидовом уровне, поскольку считается, что на высоких таксономических уровнях такие поиски бесперспективны из-за филогенетического родства. Аминокислотные последовательности цитохрома b 67 видов грызунов и зайцеобразных с известными географическими координатами оцифрованы с использованием базы данных AAindex. На основе более 200 тыс. признаков получены главные компоненты. Использован ранее не применявшийся для таких задач известный статистический метод, позволяющий ортогонально разложить многомерную изменчивость на внутри- и межтаксонную и анализировать их по отдельности. Выбран уровень подсемейства. Найдена корреляция второй главной компоненты (17.05% межтаксонной изменчивости) с широтой (r = 0.561; n = 67; p < E–5). Выявляемое первой главной компонентой (39.48% межтаксонной изменчивости) четкое разделение на две группы, не совпадающее с таксономическим, указывает на возможную физико-химическую подоплеку различий между ними. Это требует дальнейших исследований.

UR - https://www.scopus.com/record/display.uri?eid=2-s2.0-85151575595&origin=inward&txGid=2fa85b792b5c744af043dd2c1418ef55

UR - https://www.elibrary.ru/item.asp?id=50434612

UR - https://www.mendeley.com/catalogue/513fa1d1-c4cb-3c41-bf51-c64dc6843429/

U2 - 10.31857/S0026898423020052

DO - 10.31857/S0026898423020052

M3 - статья

C2 - 37000647

VL - 57

SP - 178

EP - 184

JO - Molekulyarnaya Biologiya

JF - Molekulyarnaya Biologiya

SN - 0026-8984

IS - 2

M1 - 4

ER -

ID: 46855588