Research output: Contribution to journal › Article › peer-review
Геометрический подход к филогеографическому анализу молекулярных последовательностей: главные компоненты и дендрограммы. / Efimov, V M; Efimov, K V; Kovaleva, V Yu.
In: Molekuliarnaia biologiia, Vol. 57, No. 2, 4, 2023, p. 178-184.Research output: Contribution to journal › Article › peer-review
}
TY - JOUR
T1 - Геометрический подход к филогеографическому анализу молекулярных последовательностей: главные компоненты и дендрограммы
AU - Efimov, V M
AU - Efimov, K V
AU - Kovaleva, V Yu
N1 - Ефимов В.М., Ефимов К.В., Ковалева В.Ю. Геометрический подход к филогеографическому анализу молекулярных последовательностей: главные компоненты и дендрограммы // Молекулярная биология. – 2023. – Т. 57. - № 2. – С. 178-184.
PY - 2023
Y1 - 2023
N2 - Поиски проявлений отбора, вызванного влиянием среды, в молекулярных последовательностях обычно проводят внутри близкородственных видов или на внутривидовом уровне, поскольку считается, что на высоких таксономических уровнях такие поиски бесперспективны из-за филогенетического родства. Аминокислотные последовательности цитохрома b 67 видов грызунов и зайцеобразных с известными географическими координатами оцифрованы с использованием базы данных AAindex. На основе более 200 тыс. признаков получены главные компоненты. Использован ранее не применявшийся для таких задач известный статистический метод, позволяющий ортогонально разложить многомерную изменчивость на внутри- и межтаксонную и анализировать их по отдельности. Выбран уровень подсемейства. Найдена корреляция второй главной компоненты (17.05% межтаксонной изменчивости) с широтой (r = 0.561; n = 67; p < E–5). Выявляемое первой главной компонентой (39.48% межтаксонной изменчивости) четкое разделение на две группы, не совпадающее с таксономическим, указывает на возможную физико-химическую подоплеку различий между ними. Это требует дальнейших исследований.
AB - Поиски проявлений отбора, вызванного влиянием среды, в молекулярных последовательностях обычно проводят внутри близкородственных видов или на внутривидовом уровне, поскольку считается, что на высоких таксономических уровнях такие поиски бесперспективны из-за филогенетического родства. Аминокислотные последовательности цитохрома b 67 видов грызунов и зайцеобразных с известными географическими координатами оцифрованы с использованием базы данных AAindex. На основе более 200 тыс. признаков получены главные компоненты. Использован ранее не применявшийся для таких задач известный статистический метод, позволяющий ортогонально разложить многомерную изменчивость на внутри- и межтаксонную и анализировать их по отдельности. Выбран уровень подсемейства. Найдена корреляция второй главной компоненты (17.05% межтаксонной изменчивости) с широтой (r = 0.561; n = 67; p < E–5). Выявляемое первой главной компонентой (39.48% межтаксонной изменчивости) четкое разделение на две группы, не совпадающее с таксономическим, указывает на возможную физико-химическую подоплеку различий между ними. Это требует дальнейших исследований.
UR - https://www.scopus.com/record/display.uri?eid=2-s2.0-85151575595&origin=inward&txGid=2fa85b792b5c744af043dd2c1418ef55
UR - https://www.elibrary.ru/item.asp?id=50434612
UR - https://www.mendeley.com/catalogue/513fa1d1-c4cb-3c41-bf51-c64dc6843429/
U2 - 10.31857/S0026898423020052
DO - 10.31857/S0026898423020052
M3 - статья
C2 - 37000647
VL - 57
SP - 178
EP - 184
JO - Molekulyarnaya Biologiya
JF - Molekulyarnaya Biologiya
SN - 0026-8984
IS - 2
M1 - 4
ER -
ID: 46855588