TY - JOUR

T1 - Филостратиграфический анализ генных сетей заболеваний человека

AU - Mustafin, Z. S.

AU - Lashin, S. A.

AU - Matushkin, Y. G.

N1 - Мустафин З.С., Лашин С.А., Матушкин Ю.Г. Филостратиграфический анализ генных сетей заболеваний человека // Вавиловский журнал генетики и селекции. - 2021. - Т. 25. - № 1. - С. 46-56

PY - 2021/1

Y1 - 2021/1

N2 - Филостратиграфический анализ - это подход к исследованию эволюции генов, позволяющий определить время возникновения генов за счет анализа филогенетических деревьев организмов, обладающих ортологичными к исследуемому генами. Такой анализ может открыть важные этапы в эволюции как организма в целом, так и групп функционально связанных генов, в частности генных сетей. В дополнение к исследованию времени возникновения гена изучается уровень его генетической изменчивости и то, какому типу отбора подвержен ген по отношению к наиболее близкородственным организмам. С помощью приложения Orthoscape были проанализированы генные сети из базы данных KEGG Pathway, Human Diseases, ассоциированные с заболеваниями человека. Выявлено, что большинство генов, описанных в генных сетях, подвержены стабилизирующему отбору, обнаружена высокая достоверная корреляция между временем возникновения гена и уровнем генетической изменчивости, которой он подвержен, - чем моложе ген, тем выше уровень генетической изменчивости. Было также показано, что среди проанализированных генных сетей наибольшая доля эволюционно молодых генов обнаружена в сетях, связанных с заболеваниями иммунной системы (65 %), а эволюционно древних генов - в сетях, ответственных за формирование зависимостей человека от веществ, вызывающих привыкание к химическим соединениям (88 %); генные сети, связанные с развитием инфекционных заболеваний, вызванных паразитами, достоверно обогащены эволюционно молодыми генами, а генные сети, ответственные за развитие специфических типов рака, - эволюционно древними генами.

AB - Филостратиграфический анализ - это подход к исследованию эволюции генов, позволяющий определить время возникновения генов за счет анализа филогенетических деревьев организмов, обладающих ортологичными к исследуемому генами. Такой анализ может открыть важные этапы в эволюции как организма в целом, так и групп функционально связанных генов, в частности генных сетей. В дополнение к исследованию времени возникновения гена изучается уровень его генетической изменчивости и то, какому типу отбора подвержен ген по отношению к наиболее близкородственным организмам. С помощью приложения Orthoscape были проанализированы генные сети из базы данных KEGG Pathway, Human Diseases, ассоциированные с заболеваниями человека. Выявлено, что большинство генов, описанных в генных сетях, подвержены стабилизирующему отбору, обнаружена высокая достоверная корреляция между временем возникновения гена и уровнем генетической изменчивости, которой он подвержен, - чем моложе ген, тем выше уровень генетической изменчивости. Было также показано, что среди проанализированных генных сетей наибольшая доля эволюционно молодых генов обнаружена в сетях, связанных с заболеваниями иммунной системы (65 %), а эволюционно древних генов - в сетях, ответственных за формирование зависимостей человека от веществ, вызывающих привыкание к химическим соединениям (88 %); генные сети, связанные с развитием инфекционных заболеваний, вызванных паразитами, достоверно обогащены эволюционно молодыми генами, а генные сети, ответственные за развитие специфических типов рака, - эволюционно древними генами.

KW - Evolution

KW - Gene age

KW - Gene network

KW - Ortholog

KW - Phylostratigraphic analysis

UR - http://www.scopus.com/inward/record.url?scp=85103793203&partnerID=8YFLogxK

UR - https://www.elibrary.ru/item.asp?id=44831857

U2 - 10.18699/VJ21.006

DO - 10.18699/VJ21.006

M3 - статья

AN - SCOPUS:85103793203

VL - 25

SP - 46

EP - 56

JO - Вавиловский журнал генетики и селекции

JF - Вавиловский журнал генетики и селекции

SN - 2500-0462

IS - 1

M1 - 5

ER -