TY - JOUR

T1 - Изучение воздействия ДНК-зависимых белков семейства PARP с нуклеосомными частицами, содержащими интермедиаты начальных стадиц процесса BER

AU - Украинцев, Александр Андреевич

AU - Белоусова, Екатерина Анатольевна

AU - Кутузов, Михаил Михайлович

AU - Лаврик, Ольга Ивановна

N1 - Работа выполнена при финансовой поддержке Российского фонда фундаментальных исследований (грант № 20-04-00674) и Проекта государственного задания ИХБФМ СО РАН № 121031300041-4. Изучение взаимодействия ДНК-зависимых белков семейства PARP с нуклеосомными частицами, содержащими интермедиаты начальных стадий процесса BER / А. А. Украинцев, Е. А. Белоусова, М. М. Кутузов, О. И. Лаврик // Биохимия. – 2022. – Т. 87, № 3. – С. 321-336. – DOI 10.31857/S0320972522030022.

PY - 2022

Y1 - 2022

N2 - Клеточным сигналом в ответ на повреждение ДНК является реакция (ADP-рибозил)ирования, катализируемая ДНК-зависимыми белками семейства поли(ADP-рибозо)полимераз (PARP) - PARP1, PARP2 и PARP3. Эти белки являются участниками процесса эксцизионной репарации оснований (BER). Несмотря на обширные исследования, остаётся неизвестным, каким образом PARP участвуют в регуляции процесса BER и как распределяются роли между ДНК-зависимыми членами семейства. В настоящей работе мы исследовали взаимодействие ДНК-зависимых белков семейства PARP с нуклеосомными частицами, содержащими в своем составе ДНК-интермедиаты начальных стадий процесса BER. Для этого были реконструированы нуклеосомы на основе последовательности ДНК Widom «Clone 603», содержащие повреждение вблизи одного из тупых концов ДНК-дуплекса. Были определены константы диссоциации комплексов PARP с нуклеосомами, ДНК которых содержали урацил (Native), апуриновый/апиримидиновый сайт (AP-сайт) или однонуклеотидную брешь с 5′-dRp-фрагментом (Gap). Показано, что сродство белков к нуклеосоме увеличивается в ряду PARP3 << PARP2 < PARP1, а сродство каждого белка к определённому типу повреждений увеличивается в ряду Native = AP-сайт < Gap для PARP1 и PARP2 и Gap <<< Native = AP-сайт - для PARP3. Также были определены области взаимодействия белков PARP с нуклеосомой методами боргидридной сшивки и футпринтинга. На основании полученных и литературных данных обсуждены закономерности вовлечения PARP1, PARP2 и PARP3 во взаимодействие с нуклеосомными частицами, содержащими ДНК-интермедиаты процесса BER.

AB - Клеточным сигналом в ответ на повреждение ДНК является реакция (ADP-рибозил)ирования, катализируемая ДНК-зависимыми белками семейства поли(ADP-рибозо)полимераз (PARP) - PARP1, PARP2 и PARP3. Эти белки являются участниками процесса эксцизионной репарации оснований (BER). Несмотря на обширные исследования, остаётся неизвестным, каким образом PARP участвуют в регуляции процесса BER и как распределяются роли между ДНК-зависимыми членами семейства. В настоящей работе мы исследовали взаимодействие ДНК-зависимых белков семейства PARP с нуклеосомными частицами, содержащими в своем составе ДНК-интермедиаты начальных стадий процесса BER. Для этого были реконструированы нуклеосомы на основе последовательности ДНК Widom «Clone 603», содержащие повреждение вблизи одного из тупых концов ДНК-дуплекса. Были определены константы диссоциации комплексов PARP с нуклеосомами, ДНК которых содержали урацил (Native), апуриновый/апиримидиновый сайт (AP-сайт) или однонуклеотидную брешь с 5′-dRp-фрагментом (Gap). Показано, что сродство белков к нуклеосоме увеличивается в ряду PARP3 << PARP2 < PARP1, а сродство каждого белка к определённому типу повреждений увеличивается в ряду Native = AP-сайт < Gap для PARP1 и PARP2 и Gap <<< Native = AP-сайт - для PARP3. Также были определены области взаимодействия белков PARP с нуклеосомой методами боргидридной сшивки и футпринтинга. На основании полученных и литературных данных обсуждены закономерности вовлечения PARP1, PARP2 и PARP3 во взаимодействие с нуклеосомными частицами, содержащими ДНК-интермедиаты процесса BER.

KW - Нуклеосома

KW - PARP-1

KW - PARP2

KW - PARP3

KW - BER

KW - NUCLEOSOME

UR - https://elibrary.ru/item.asp?id=48086543

U2 - 10.31857/S0320972522030022

DO - 10.31857/S0320972522030022

M3 - статья

VL - 87

SP - 321

EP - 336

JO - Биохимия

JF - Биохимия

SN - 0320-9725

IS - 3

ER -