TY - JOUR

T1 - Влияет ли состав окружающего раствора на структуру и стабильность комплекса белка с лигандом? Молекулярно-динамическое исследование

AU - Ведькал, Антон Викторович

AU - Кадцын, Евгений Дмитриевич

N1 - Ведькал, А. В. Влияет ли состав окружающего раствора на структуру и стабильность комплекса белка с лигандом? Молекулярно-динамическое исследование / А. В. Ведькал, Е. Д. Кадцын // Журнал структурной химии. – 2025. – Т. 66, № 9. – С. 152473. – DOI 10.26902/JSC_id152473. – EDN TLXBYM. Работа была выполнена при частичной поддержке Министерства науки и высшего образования Российской Федерации в рамках Государственного задания для ЦКП «СКИФ» ИК СО РАН (FWUR-2024-0040).

PY - 2025

Y1 - 2025

N2 - Для определения трехмерной структуры белков и комплексов белок-лиганд применяют методы белковой кристаллографии. Для осаждения белка и получения комплекса при кристаллизации в раствор добавляют дополнительные вещества, в том числе сорастворители. Однако наличие последних может повлиять на структуру белка и/или комплекса, в таком случае результат рентгеновской дифракции будет заметно отличаться от структуры комплекса в воде и в физиологических условиях. В настоящем исследовании мы проверяем наличие такого влияния на примере димера основной протеазы SARS-Cov-2 и лиганда, обладающего активностью против SARS-CoV-2. Проведено МД моделирование комплекса в воде, а также в 5%-ом и 10%-ом растворах ДМСО и диоксана в воде. Показано, что изменение среды не сказывается на структуре димера протеазы, однако существенно влияет на взаимодействии белка с лигандом. Положения устойчивого связывания лиганда зависят от выбора среды, в которой располагается комплекс. Таким образом, при работе с данными белковой кристаллографии необходимо проявлять осторожность: результаты, полученные в одной среде, не обязательно будут верны для таковой с отличающимся составом.

AB - Для определения трехмерной структуры белков и комплексов белок-лиганд применяют методы белковой кристаллографии. Для осаждения белка и получения комплекса при кристаллизации в раствор добавляют дополнительные вещества, в том числе сорастворители. Однако наличие последних может повлиять на структуру белка и/или комплекса, в таком случае результат рентгеновской дифракции будет заметно отличаться от структуры комплекса в воде и в физиологических условиях. В настоящем исследовании мы проверяем наличие такого влияния на примере димера основной протеазы SARS-Cov-2 и лиганда, обладающего активностью против SARS-CoV-2. Проведено МД моделирование комплекса в воде, а также в 5%-ом и 10%-ом растворах ДМСО и диоксана в воде. Показано, что изменение среды не сказывается на структуре димера протеазы, однако существенно влияет на взаимодействии белка с лигандом. Положения устойчивого связывания лиганда зависят от выбора среды, в которой располагается комплекс. Таким образом, при работе с данными белковой кристаллографии необходимо проявлять осторожность: результаты, полученные в одной среде, не обязательно будут верны для таковой с отличающимся составом.

KW - МОЛЕКУЛЯРНО-ДИНАМИЧЕСКОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ

KW - БЕЛОК-ЛИГАНДНЫЕ КОМПЛЕКСЫ

KW - БЕЛКОВАЯ КРИСТАЛЛИЗАЦИЯ

KW - СРЕДА КРИСТАЛЛИЗАЦИИ

KW - SARS-COV-2

KW - MPRO

KW - ДМСО

KW - ДИОКСАН

KW - MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION

KW - PROTEIN-LIGAND COMPLEXES

KW - PROTEIN CRYSTALLIZATION

KW - MEDIUM CRYSTALLIZATION

KW - SARS-COV-2

KW - MPRO

KW - DMSO

KW - DIOXANE

UR - https://elibrary.ru/item.asp?id=82936764

UR - https://jsc.niic.nsc.ru/article/152473/

U2 - 10.26902/JSC_id152473

DO - 10.26902/JSC_id152473

M3 - статья

VL - 66

JO - Журнал структурной химии

JF - Журнал структурной химии

SN - 0136-7463

IS - 9

M1 - 152473

ER -