Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование
Выявление и анализ динамических паттернов суточной экспрессии генов млекопитающих. / Podkolodnaya, O. A.; Tverdokhleb, N. N.; Podkolodnyy, N. L.
в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii, Том 22, № 8, 19, 2018, стр. 1055-1062.Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование
}
TY - JOUR
T1 - Выявление и анализ динамических паттернов суточной экспрессии генов млекопитающих
AU - Podkolodnaya, O. A.
AU - Tverdokhleb, N. N.
AU - Podkolodnyy, N. L.
N1 - Подколодная О.А., Твердохлеб Н.Н., Подколодный Н.Л. Выявление и анализ динамических паттернов суточной экспрессии генов млекопитающих // Вавиловский журнал генетики и селекции. – 2018. – Т. 22. – № 8. – С. 1055-1062.
PY - 2018
Y1 - 2018
N2 - Целью исследования было выявление и анализ паттернов суточной динамики экспрессии генов, различающихся по форме кривой. Можно ожидать, что сходство паттернов суточной экспрессии генов (формы кривой) является отражением синхронизации экспрессии генов общими внешними и внутренними сигналами или участия в сходных биологических процессах. Разные сигналы, имеющие суточную динамику (свет, активность, питание, стресс, температура и т. д.), могут воздействовать на разные уровни регуляции экспрессии, что может проявляться в различной форме паттернов суточной экспрессии генов. Работа выполнена с использованием экспериментальных данных по экспрессии генов на уровне трансляции (профилирование рибосом) в печени и почках мыши (GSE67305 и GSE81283). Для выявления генов с суточным ритмом экспрессии был использован однофакторный дисперсионный анализ. Предложен подход к выявлению сходных по форме кривых суточной динамики экспрессии генов на основе кластерного анализа. Расстояние между генами рассчитывалось путем выравнивания фаз и поиска максимальной по циклическому сдвигу кросс-корреляции между паттернами суточной экспрессии этих генов. Данный подход позволил выявить гены, имеющие не только паттерны экспрессии с одним максимумом (синусоидальные, асимметричные со смещением влево или вправо, импульсные), но и сложные композитные сигналы с несколькими экстремумами. В результате впервые выявлены группы генов, объединенных по сходству формы кривой суточной экспрессии, без учета их фазовых характеристик. Функциональный анализ обогащения терминами генной онтологии групп генов с резко различающимися паттернами суточной экспрессии (синусоидальными и импульсными) в почках и печени мыши показал, что группа генов с синусоидальным паттерном суточной экспрессии в большей мере ассоциирована с регуляцией циркадного ритма и метаболизма. Группа генов с импульсным паттерном суточной экспрессии в значительной степени связана с защитными функциями организма, требующими формирования быстрого ответа. Показана информативность анализа динамических паттернов кривых суточной динамики экспрессии генов для функционального описания генов. Выделенные динамические паттерны суточной экспрессии имеют большое значение для дальнейшего изучения сложной циркадной регуляции, синхронизации и взаимодействия биологических процессов с суточной динамикой в организме млекопитающих.
AB - Целью исследования было выявление и анализ паттернов суточной динамики экспрессии генов, различающихся по форме кривой. Можно ожидать, что сходство паттернов суточной экспрессии генов (формы кривой) является отражением синхронизации экспрессии генов общими внешними и внутренними сигналами или участия в сходных биологических процессах. Разные сигналы, имеющие суточную динамику (свет, активность, питание, стресс, температура и т. д.), могут воздействовать на разные уровни регуляции экспрессии, что может проявляться в различной форме паттернов суточной экспрессии генов. Работа выполнена с использованием экспериментальных данных по экспрессии генов на уровне трансляции (профилирование рибосом) в печени и почках мыши (GSE67305 и GSE81283). Для выявления генов с суточным ритмом экспрессии был использован однофакторный дисперсионный анализ. Предложен подход к выявлению сходных по форме кривых суточной динамики экспрессии генов на основе кластерного анализа. Расстояние между генами рассчитывалось путем выравнивания фаз и поиска максимальной по циклическому сдвигу кросс-корреляции между паттернами суточной экспрессии этих генов. Данный подход позволил выявить гены, имеющие не только паттерны экспрессии с одним максимумом (синусоидальные, асимметричные со смещением влево или вправо, импульсные), но и сложные композитные сигналы с несколькими экстремумами. В результате впервые выявлены группы генов, объединенных по сходству формы кривой суточной экспрессии, без учета их фазовых характеристик. Функциональный анализ обогащения терминами генной онтологии групп генов с резко различающимися паттернами суточной экспрессии (синусоидальными и импульсными) в почках и печени мыши показал, что группа генов с синусоидальным паттерном суточной экспрессии в большей мере ассоциирована с регуляцией циркадного ритма и метаболизма. Группа генов с импульсным паттерном суточной экспрессии в значительной степени связана с защитными функциями организма, требующими формирования быстрого ответа. Показана информативность анализа динамических паттернов кривых суточной динамики экспрессии генов для функционального описания генов. Выделенные динамические паттерны суточной экспрессии имеют большое значение для дальнейшего изучения сложной циркадной регуляции, синхронизации и взаимодействия биологических процессов с суточной динамикой в организме млекопитающих.
KW - Biological processes
KW - Circadian rhythm
KW - Dynamic patterns of diurnal gene expression
KW - GO enrichment analysis
KW - Tissue specificity
KW - Translation
KW - Biological processes
KW - Circadian rhythm
KW - Dynamic patterns of diurnal gene expression
KW - GO enrichment analysis
KW - Tissue specificity
KW - Translation
UR - http://www.scopus.com/inward/record.url?scp=85064818024&partnerID=8YFLogxK
UR - https://elibrary.ru/item.asp?id=36587809
UR - https://www.mendeley.com/catalogue/ddfac958-828e-307a-bbd0-6f3a35523dca/
U2 - 10.18699/VJ18.450
DO - 10.18699/VJ18.450
M3 - статья
AN - SCOPUS:85064818024
VL - 22
SP - 1055
EP - 1062
JO - Вавиловский журнал генетики и селекции
JF - Вавиловский журнал генетики и селекции
SN - 2500-0462
IS - 8
M1 - 19
ER -
ID: 41220357