Metabolomic and gene networks approaches reveal the role of mitochondrial membrane proteins in response of human melanoma cells to THz radiation

Butikova, E. A., Basov, N. V., Rogachev, A. D., Gaisler, E. V., Ivanisenko, V. A., Demenkov, P. S., Makarova, A. L. A., Ivanisenko, T. V., Razumov, I. A., Kolomeyets, D. A., Cheresiz, S. V., Solovieva, O. I., Larionov, K. P., Sotnikova, Y. S., Patrushev, Y. V., Kolchanov, N. A., Pokrovsky, A. G., Vinokurov, N. A., Kanygin, V. V., Popik, V. M., еще 1Shevchenko, O. A., мар. 2025, в: Biochimica et Biophysica Acta - Molecular and Cell Biology of Lipids. 1870, 2, 159595.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Pharmacological targeting of caspase-8/c-FLIPL heterodimer enhances complex II assembly and elimination of pancreatic cancer cells

König, C., Ivanisenko, N. V., Ivanisenko, V. A., Kulms, D. & Lavrik, I. N., 3 янв. 2025, в: Communications Biology. 8, 1, 4.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Candidate SNP markers of changes in the expression levels of the human SCN9A gene as a hub gene for pain generation, perception, response and anesthesia

Dotsenko, P. A., Zolotareva, K. A., Ivanov, R. A., Chadaeva, I. V., Podkolodnyy, N. L., Ivanisenko, V. A., Demenkov, P. S., Lashin, S. A. & Ponomarenko, M. P., дек. 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 8, стр. 808-821 14 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Candidate SNP Markers Significantly Altering the Affinity of the TATA-Binding Protein for the Promoters of Human Genes Associated with Primary Open-Angle Glaucoma

Zolotareva, K., Dotsenko, P. A., Podkolodnyy, N., Ivanov, R., Makarova, A. L., Chadaeva, I., Bogomolov, A., Demenkov, P. S., Ivanisenko, V., Oshchepkov, D. & Ponomarenko, M., дек. 2024, в: International Journal of Molecular Sciences. 25, 23, 12802.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Reconstruction and computational analysis of the microRNA regulation gene network in wheat drought response mechanisms

Kleshchev, M. A., Maltseva, A. V., Antropova, E. A., Demenkov, P. S., Ivanisenko, T. V., Orlov, Y. L., Chao, H., Chen, M., Kolchanov, N. A. & Ivanisenko, V. A., дек. 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 8, стр. 904-917 14 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Targeting type I DED interactions at the DED filament serves as a sensitive switch for cell fate decisions

König, C., Ivanisenko, N. V., Hillert-Richter, L. K., Namjoshi, D., Natu, K., Espe, J., Reinhold, D., Kolchanov, N. A., Ivanisenko, V. A., Kähne, T., Bose, K. & Lavrik, I. N., 21 нояб. 2024, в: Cell Chemical Biology. 31, 11, стр. 1969-1985.e6 24 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Design of Ctenophore Ca2+-Regulated Photoprotein Berovin Capable of Being Converted into Active Protein Under Physiological Conditions: Computational and Experimental Approaches

Burakova, L. P., Ivanisenko, N. V., Rukosueva, N. V., Ivanisenko, V. A. & Vysotski, E. S., 19 нояб. 2024, в: Life. 14, 11, 1508.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

An Accurate and Efficient Approach to Knowledge Extraction from Scientific Publications Using Structured Ontology Models, Graph Neural Networks, and Large Language Models

Ivanisenko, T. V., Demenkov, P. S. & Ivanisenko, V. A., 3 нояб. 2024, в: International Journal of Molecular Sciences. 25, 21, 11811.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

AI-Assisted Identification of Primary and Secondary Metabolomic Markers for Postoperative Delirium

Ivanisenko, V. A., Rogachev, A. D., Makarova, A-L. A., Basov, N. V., Gaisler, E. V., Kuzmicheva, I. N., Demenkov, P. S., Venzel, A. S., Ivanisenko, T. V., Antropova, E. A., Kolchanov, N. A., Plesko, V. V., Moroz, G. B., Lomivorotov, V. V. & Pokrovsky, A. G., нояб. 2024, в: International Journal of Molecular Sciences. 25, 21, 11847.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Computational identification of promising genetic markers associated with molecular mechanisms of reduced rice resistance to Rhizoctonia solani under excess nitrogen fertilization using gene network reconstruction and analysis methods

Antropova, E. A., Volyanskaya, A. R., Adamovskaya, A. V., Demenkov, P. S., Yatsyk, I. V., Ivanisenko, T. V., Orlov, Y. L., Haoyu, C., Chen, M. & Ivanisenko, V. A., 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 8, стр. 960-973 14 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Gene networks and metabolomic screening analysis revealed specific pathways of amino acid and acylcarnitine profile alterations in blood plasma of patients with Parkinson’s disease and vascular parkinsonism

Makarova, A. A., Melnikova, P. M., Rogachev, A. D., Demenkov, P. S., Ivanisenko, T. V., Predtechenskaya, E. V., Karmanov, S. Y., Koval, V. V., Pokrovsky, A. G., Lavrik, I. N., Kolchanov, N. A. & Ivanisenko, V. A., 2024, в: Вавиловский журнал генетики и селекции. 28, 8, стр. 927-939 13 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Investigation of metabolic features of glioblastoma tissue and the peritumoral environment using targeted metabolomics screening by LC-MS/MS and gene network analysis

Basov, N. V., Adamovskaya, A. V., Rogachev, A. D., Gaisler, E. V., Demenkov, P. S., Ivanisenko, T. V., Venzel, A. S., Mishinov, S. V., Stupak, V. V., Cheresiz, S. V., Oleshko, O. S., Butikova, E. A., Osechkova, A. E., Sotnikova, Y. S., Patrushev, Y. V., Pozdnyakov, A. S., Lavrik, I. N., Ivanisenko, V. A. & Pokrovsky, A. G., 2024, в: Вавиловский журнал генетики и селекции. 28, 8, стр. 882-896 15 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Reconstruction and computer analysis of the structural and functional organization of the gene network regulating cholesterol biosynthesis in humans and the evolutionary characteristics of the genes involved in the network

Mikhailova, A. D., Lashin, S. A., Ivanisenko, V. A., Demenkov, P. S. & Игнатьева, Е. В., 2024, в: Вавиловский журнал генетики и селекции. 28, 8, стр. 864-873 10 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Онтологии в моделировании и анализе больших генетических данных

Podkolodnyy, N. L., Podkolodnaya, O. A., Ivanisenko, V. A. & Marchenko, M. A., 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 8, стр. 940-949 10 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Gene networks for use in metabolomic data analysis of blood plasma from patients with postoperative delirium

Ivanisenko, V. A., Basov, N. V., Makarova, A. A., Venzel, A. S., Rogachev, A. D., Demenkov, P. S., Ivanisenko, T. V., Kleshchev, M. A., Gaisler, E. V., Moroz, G. B., Plesko, V. V., Sotnikova, Y. S., Patrushev, Y. V., Lomivorotov, V. V., Kolchanov, N. A. & Pokrovsky, A. G., дек. 2023, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 27, 7, стр. 768-775 8 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Molecular-genetic pathways of hepatitis C virus regulation of the expression of cellular factors PREB and PLA2G4C, which play an important role in virus replication

Mishchenko, E. L., Makarova, A. A., Antropova, E. A., Venzel, A. S., Ivanisenko, T. V., Demenkov, P. S. & Ivanisenko, V. A., дек. 2023, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 27, 7, стр. 776-783 8 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Prioritization of potential pharmacological targets for the development of anti-hepatocarcinoma drugs modulating the extrinsic apoptosis pathway: the reconstruction and analysis of associative gene networks help

Demenkov, P. S., Antropova, E. A., Adamovskaya, A. V., Mishchenko, E. L., Khlebodarova, T. M., Ivanisenko, T. V., Ivanisenko, N. V., Venzel, A. S., Lavrik, I. N. & Ivanisenko, V. A., дек. 2023, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 27, 7, стр. 784-793 10 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Reconstruction and analysis of the gene regulatory network for cell wall function in Arabidopsis thaliana L. leaves in response to water deficit

Volyanskaya, A. R., Antropova, E. A., Zubairova, U. S., Demenkov, P. S., Venzel, A. S., Orlov, Y. L., Makarova, A. A., Ivanisenko, T. V., Gorshkova, T. A., Aglyamova, A. R., Kolchanov, N. A., Chen, M. & Ivanisenko, V. A., дек. 2023, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 27, 8, стр. 1031-1041 11 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Accurate noise-robust classification of Bacillus species from MALDI-TOF MS spectra using a denoising autoencoder

Uvarova, Y. E., Demenkov, P. S., Kuzmicheva, I. N., Venzel, A. S., Mischenko, E. L., Ivanisenko, T. V., Efimov, V. M., Bannikova, S. V., Vasilieva, A. R., Ivanisenko, V. A. & Peltek, S. E., 1 сент. 2023, в: Journal of integrative bioinformatics. 20, 3, 12 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Reconstruction of the regulatory hypermethylation network controlling hepatocellular carcinoma development during hepatitis C viral infection

Antropova, E. A., Khlebodarova, T. M., Demenkov, P. S., Volianskaia, A. R., Venzel, A. S., Ivanisenko, N. V., Gavrilenko, A. D., Ivanisenko, T. V., Adamovskaya, A. V., Revva, P. M., Kolchanov, N. A., Lavrik, I. N. & Ivanisenko, V. A., 1 сент. 2023, в: Journal of integrative bioinformatics. 20, 3, 12 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Candidate SNP Markers Significantly Altering the Affinity of TATA-Binding Protein for the Promoters of Human Hub Genes for Atherogenesis, Atherosclerosis and Atheroprotection

Bogomolov, A., Filonov, S., Chadaeva, I., Rasskazov, D., Khandaev, B., Zolotareva, K., Kazachek, A., Oshchepkov, D., Ivanisenko, V. A., Demenkov, P., Podkolodnyy, N., Kondratyuk, E., Ponomarenko, P., Podkolodnaya, O., Mustafin, Z., Savinkova, L., Kolchanov, N., Tverdokhleb, N. & Ponomarenko, M., 19 мая 2023, в: International Journal of Molecular Sciences. 24, 10, 9010.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Differentially Expressed Genes and Molecular Susceptibility to Human Age-Related Diseases

Shikhevich, S., Chadaeva, I., Khandaev, B., Kozhemyakina, R., Zolotareva, K., Kazachek, A., Oshchepkov, D., Bogomolov, A., Klimova, N. V., Ivanisenko, V. A., Demenkov, P., Mustafin, Z., Markel, A., Savinkova, L., Kolchanov, N. A., Kozlov, V. & Ponomarenko, M., 16 февр. 2023, в: International Journal of Molecular Sciences. 24, 4, 3996.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Plasma metabolomics and gene regulatory networks analysis reveal the role of nonstructural SARS-CoV-2 viral proteins in metabolic dysregulation in COVID-19 patients

Ivanisenko, V. A., Gaisler, E. V., Basov, N. V., Rogachev, A. D., Cheresiz, S. V., Ivanisenko, T. V., Demenkov, P. S., Mishchenko, E. L., Khripko, O. P., Khripko, Y. I., Voevoda, S. M., Karpenko, T. N., Velichko, A. J., Voevoda, M. I., Kolchanov, N. A. & Pokrovsky, A. G., дек. 2022, в: Scientific Reports. 12, 1, 12 стр., 19977.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

The New Version of the ANDDigest Tool with Improved AI-Based Short Names Recognition

Ivanisenko, T. V., Demenkov, P. S., Kolchanov, N. A. & Ivanisenko, V. A., дек. 2022, в: International Journal of Molecular Sciences. 23, 23, 14934.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Компьютерный анализ особенностей регуляции гиперметилированных маркерных генов гепатокарциномы вирусными белками гепатита С

Antropova, E. A., Khlebodarova, T. M., Demenkov, P. S., Venzel, A. S., Ivanisenko, N. V., Gavrilenko, A. D., Ivanisenko, T. V., Adamovskaya, A. V., Revva, P. M., Lavrik, I. N. & Ivanisenko, V. A., дек. 2022, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 26, 8, стр. 733-742 10 стр., 2.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Prioritization of biological processes based on the reconstruction and analysis of associative gene networks describing the response of plants to adverse environmental factors

Demenkov, P. S., Oshchepkova, E. A., Ivanisenko, T. V. & Ivanisenko, V. A., сент. 2021, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 25, 5, стр. 580-592 13 стр., 13.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Механочувствительные молекулярные взаимодействия в атерогенных районах артерий: развитие атеросклероза

Mishchenko, E. L., Mishchenko, A. M. & Ivanisenko, V. A., сент. 2021, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 25, 5, стр. 552-561 10 стр., 10.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Correlation of metabolic profiles of plasma and cerebrospinal fluid of high-grade glioma patients

Rogachev, A. D., Alemasov, N. A., Ivanisenko, V. A., Ivanisenko, N. V., Gaisler, E. V., Oleshko, O. S., Cheresiz, S. V., Mishinov, S. V., Stupak, V. V. & Pokrovsky, A. G., мар. 2021, в: Metabolites. 11, 3, стр. 1-14 14 стр., 133.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

The role of death domain proteins in host response upon SARS-CoV-2 infection: modulation of programmed cell death and translational applications

Ivanisenko, N. V., Seyrek, K., Kolchanov, N. A., Ivanisenko, V. A. & Lavrik, I. N., 1 дек. 2020, в: Cell Death Discovery. 6, 1, 10 стр., 101.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья › Рецензирование

Young «oil site» of the Uzon Caldera as a habitat for unique microbial life

Peltek, S. E., Bryanskaya, A. V., Uvarova, Y. E., Rozanov, A. S., Ivanisenko, T. V., Ivanisenko, V. A., Lazareva, E. V., Saik, O. V., Efimov, V. M., Zhmodik, S. M., Taran, O. P., Slynko, N. M., Shekhovtsov, S. V., Parmon, V. N., Dobretsov, N. L. & Kolchanov, N. A., нояб. 2020, в: BMC Microbiology. 20, Suppl 2, 13 стр., 349.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

The story of the lost twins: decoding the genetic identities of the Kumhar and Kurcha populations from the Indian subcontinent

Das, R., Ivanisenko, V. A., Anashkina, A. A. & Upadhyai, P., 1 окт. 2020, в: BMC Genetics. 21, Suppl 1, 11 стр., 117.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

ANDDigest: a new web-based module of ANDSystem for the search of knowledge in the scientific literature

Ivanisenko, T. V., Saik, O. V., Demenkov, P. S., Ivanisenko, N. V., Savostianov, A. N. & Ivanisenko, V. A., 14 сент. 2020, в: BMC Bioinformatics. 21, Suppl 11, стр. 228 21 стр., 228.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Design, Synthesis and Molecular Modeling Study of Conjugates of ADP and Morpholino Nucleosides as A Novel Class of Inhibitors of PARP-1, PARP-2 and PARP-3

Sherstyuk, Y. V., Ivanisenko, N. V., Zakharenko, A. L., Sukhanova, M. V., Peshkov, R. Y., Eltsov, I. V., Kutuzov, M. M., Kurgina, T. A., Belousova, E. A., Ivanisenko, V. A., Lavrik, O. I., Silnikov, V. N. & Abramova, T. V., 1 янв. 2020, в: International Journal of Molecular Sciences. 21, 1, 25 стр., 214.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Delineating the role of c-FLIP/NEMO interaction in the CD95 network via rational design of molecular probes

Ivanisenko, N. V., Buchbinder, J. H., Espe, J., Richter, M., Bollmann, M., Hillert, L. K., Ivanisenko, V. A. & Lavrik, I. N., 8 мая 2019, в: BMC Genomics. 20, Suppl 3, 12 стр., 293.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Prioritization of genes involved in endothelial cell apoptosis by their implication in lymphedema using an analysis of associative gene networks with ANDSystem

Saik, O. V., Nimaev, V. V., Usmonov, D. B., Demenkov, P. S., Ivanisenko, T. V., Lavrik, I. N. & Ivanisenko, V. A., 13 мар. 2019, в: BMC Medical Genomics. 12, Suppl 2, стр. 47 15 стр., 47.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

The molecular mechanisms driving physiological changes after long duration space flights revealed by quantitative analysis of human blood proteins

Kashirina, D. N., Percy, A. J., Pastushkova, L. K., Borchers, C. H., Kireev, K. S., Ivanisenko, V. A., Kononikhin, A. S., Nikolaev, E. N. & Larina, I. M., 13 мар. 2019, в: BMC Medical Genomics. 12, Suppl 2, стр. 45 9 стр., 45.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

A new version of the ANDSystem tool for automatic extraction of knowledge from scientific publications with expanded functionality for reconstruction of associative gene networks by considering tissue-specific gene expression

Ivanisenko, V. A., Demenkov, P. S., Ivanisenko, T. V., Mishchenko, E. L. & Saik, O. V., 5 февр. 2019, в: BMC Bioinformatics. 20, Suppl 1, 11 стр., 34.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Prioritization of potato genes involved in the formation of agronomically valuable traits using the SOLANUM TUBEROSUM knowledge base

Demenkov, P. S., Saik, O. V., Ivanisenko, T. V., Kolchanov, N. A., Kochetov, A. V. & Ivanisenko, V. A., 1 янв. 2019, в: Вавиловский журнал генетики и селекции. 23, 3, стр. 312-319 8 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование