Metabolomic and gene networks approaches reveal the role of mitochondrial membrane proteins in response of human melanoma cells to THz radiation

Butikova, E. A., Basov, N. V., Rogachev, A. D., Gaisler, E. V., Ivanisenko, V. A., Demenkov, P. S., Makarova, A. L. A., Ivanisenko, T. V., Razumov, I. A., Kolomeyets, D. A., Cheresiz, S. V., Solovieva, O. I., Larionov, K. P., Sotnikova, Y. S., Patrushev, Y. V., Kolchanov, N. A., Pokrovsky, A. G., Vinokurov, N. A., Kanygin, V. V., Popik, V. M., еще 1Shevchenko, O. A., мар. 2025, в: Biochimica et Biophysica Acta - Molecular and Cell Biology of Lipids. 1870, 2, 159595.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Plant Detection in RGB Images from Unmanned Aerial Vehicles Using Segmentation by Deep Learning and an Impact of Model Accuracy on Downstream Analysis

Kozhekin, M. V., Genaev, M. A., Komyshev, E. G., Zavyalov, Z. A. & Afonnikov, D. A., 20 янв. 2025, в: Journal of Imaging. 11, 1, 28.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

The Role of Long Noncoding RNAs in Plants

Pronozin, A. Y. & Afonnikov, D. A., 20 янв. 2025, в: Russian Journal of Genetics. 61, 1, стр. 1-18 18 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Asymmetry of Motif Conservation Within Their Homotypic Pairs Distinguishes DNA-Binding Domains of Target Transcription Factors in ChIP-Seq Data

Levitsky, V. G., Raditsa, V. V., Tsukanov, A. V., Mukhin, A. M., Zhimulev, I. F. & Merkulova, T. I., 4 янв. 2025, в: International Journal of Molecular Sciences. 26, 1, 386.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Pharmacological targeting of caspase-8/c-FLIPL heterodimer enhances complex II assembly and elimination of pancreatic cancer cells

König, C., Ivanisenko, N. V., Ivanisenko, V. A., Kulms, D. & Lavrik, I. N., 3 янв. 2025, в: Communications Biology. 8, 1, 4.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

The Effect of Codon Reassignment on the Properties and Structure of the Mitochondrial Proteins of the Baikal Amphipods

Yudinceva, A. V., Romanova, E. V., Sherbakov, D. Y. & Bukin, Y. S., 2025, в: Mathematical Biology and Bioinformatics. 20, 1, стр. 54-70 17 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

A software module to assess the metabolic potential of mutant strains of the bacterium Corynebacterium glutamicum

Kazantsev, F. V., Trofimova, M. F., Khlebodarova, T. M., Matushkin, Y. G. & Lashin, S. A., дек. 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 8, стр. 897-903 7 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Candidate SNP markers of changes in the expression levels of the human SCN9A gene as a hub gene for pain generation, perception, response and anesthesia

Dotsenko, P. A., Zolotareva, K. A., Ivanov, R. A., Chadaeva, I. V., Podkolodnyy, N. L., Ivanisenko, V. A., Demenkov, P. S., Lashin, S. A. & Ponomarenko, M. P., дек. 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 8, стр. 808-821 14 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Candidate SNP Markers Significantly Altering the Affinity of the TATA-Binding Protein for the Promoters of Human Genes Associated with Primary Open-Angle Glaucoma

Zolotareva, K., Dotsenko, P. A., Podkolodnyy, N., Ivanov, R., Makarova, A. L., Chadaeva, I., Bogomolov, A., Demenkov, P. S., Ivanisenko, V., Oshchepkov, D. & Ponomarenko, M., дек. 2024, в: International Journal of Molecular Sciences. 25, 23, 12802.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Computer analysis shows differences between mitochondrial miRNAs and other miRNAs

Vorozheykin, P. S. & Titov, I. I., дек. 2024, в: Вавиловский журнал генетики и селекции. 28, 8, стр. 834-842 9 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

MetArea: a software package for analysis of the mutually exclusive occurrence in pairs of motifs of transcription factor binding sites based on ChIP-seq data

Levitsky, V. G., Tsukanov, A. V. & Merkulova, T. I., дек. 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 8, стр. 822-833 12 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Nearly complete genome sequences of the first two identified Colorado potato beetle viruses

Antonets, M., Bodnev, S., Rotskaya, U., Kosman, E., Tregubchak, T., Bauer, T., Azaev, M., Kryukov, V. & Antonets, D., дек. 2024, в: Scientific Reports. 14, 1, 9 стр., 352.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Reconstruction and computational analysis of the microRNA regulation gene network in wheat drought response mechanisms

Kleshchev, M. A., Maltseva, A. V., Antropova, E. A., Demenkov, P. S., Ivanisenko, T. V., Orlov, Y. L., Chao, H., Chen, M., Kolchanov, N. A. & Ivanisenko, V. A., дек. 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 8, стр. 904-917 14 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Root cap border cells as regulators of rhizosphere microbiota

Omelyanchuk, N. A., Cherenko, V. A. & Zemlyanskaya, E. V., дек. 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 8, стр. 918-926 9 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Search for and functional annotation of multi-domain PLA2 family proteins in flatworms

Bocharnikova, M. E., Turnaev, I. I. & Afonnikov, D. A., дек. 2024, в: Вавиловский журнал генетики и селекции. 28, 8, стр. 854-863 10 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Targeting type I DED interactions at the DED filament serves as a sensitive switch for cell fate decisions

König, C., Ivanisenko, N. V., Hillert-Richter, L. K., Namjoshi, D., Natu, K., Espe, J., Reinhold, D., Kolchanov, N. A., Ivanisenko, V. A., Kähne, T., Bose, K. & Lavrik, I. N., 21 нояб. 2024, в: Cell Chemical Biology. 31, 11, стр. 1969-1985.e6 24 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Design of Ctenophore Ca2+-Regulated Photoprotein Berovin Capable of Being Converted into Active Protein Under Physiological Conditions: Computational and Experimental Approaches

Burakova, L. P., Ivanisenko, N. V., Rukosueva, N. V., Ivanisenko, V. A. & Vysotski, E. S., 19 нояб. 2024, в: Life. 14, 11, 1508.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Cytokinins regulate spatially specific ethylene production to control root growth in Arabidopsis

Yamoune, A., Zdarska, M., Depaepe, T., Rudolfova, A., Skalak, J., Berendzen, K. W., Mira-Rodado, V., Fitz, M., Pekarova, B., Nicolas Mala, K. L., Tarr, P., Spackova, E., Tomovicova, L., Parizkova, B., Franczyk, A., Kovacova, I., Dolgikh, V., Zemlyanskaya, E., Pernisova, M., Novak, O., еще 4Meyerowitz, E., Harter, K., Van Der Straeten, D. & Hejatko, J., 11 нояб. 2024, в: Plant Communications. 5, 11, 17 стр., 101013.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

An Accurate and Efficient Approach to Knowledge Extraction from Scientific Publications Using Structured Ontology Models, Graph Neural Networks, and Large Language Models

Ivanisenko, T. V., Demenkov, P. S. & Ivanisenko, V. A., 3 нояб. 2024, в: International Journal of Molecular Sciences. 25, 21, 11811.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Image-Based Quantitative Analysis of Epidermal Morphology in Wild Potato Leaves

Zubairova, U. S., Fomin, I. N., Koloshina, K. A., Barchuk, A. I., Erst, T. V., Chalaya, N. A., Gerasimova, S. V. & Doroshkov, A. V., 1 нояб. 2024, в: Plants. 13, 21, 14 стр., 3084.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

AI-Assisted Identification of Primary and Secondary Metabolomic Markers for Postoperative Delirium

Ivanisenko, V. A., Rogachev, A. D., Makarova, A-L. A., Basov, N. V., Gaisler, E. V., Kuzmicheva, I. N., Demenkov, P. S., Venzel, A. S., Ivanisenko, T. V., Antropova, E. A., Kolchanov, N. A., Plesko, V. V., Moroz, G. B., Lomivorotov, V. V. & Pokrovsky, A. G., нояб. 2024, в: International Journal of Molecular Sciences. 25, 21, 11847.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Primary multistep phosphorelay activation comprises both cytokinin and abiotic stress responses: insights from comparative analysis of Brassica type-A response regulators

Nicolas Mala, K. L., Skalak, J., Zemlyanskaya, E., Dolgikh, V., Jedlickova, V., Robert, H. S., Havlickova, L., Panzarova, K., Trtilek, M., Bancroft, I. & Hejatko, J., 1 окт. 2024, в: Journal of Experimental Botany. 75, 20, стр. 6346-6368 23 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Catching the Big Fish in Big Data: A Meta-Analysis of Zebrafish Kidney scRNA-Seq Datasets Highlights Conserved Molecular Profiles of Macrophages and Neutrophils in Vertebrates

Bobrovskikh, A. V., Zubairova, U. S., Naumenko, L. G. & Doroshkov, A. V., окт. 2024, в: Biology. 13, 10, 773.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Evaluation of the Spike Diversity of Seven Hexaploid Wheat Species and an Artificial Amphidiploid Using a Quadrangle Model Obtained from 2D Images

Komyshev, E. G., Genaev, M. A., Kruchinina, Y. V., Koval, V. S., Goncharov, N. P. & Afonnikov, D. A., окт. 2024, в: Plants. 13, 19, 2736.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Genomic background sequences systematically outperform synthetic ones in de novo motif discovery for ChIP-seq data

Raditsa, V. V., Tsukanov, A. V., Bogomolov, A. G. & Levitsky, V. G., 1 сент. 2024, в: NAR Genomics and Bioinformatics. 6, 3, 15 стр., qae090.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Assembly and Genome Annotation of Different Strains of Apple Fruit Moth Virus (Cydia pomonella granulovirus)

Лахова, Т. Н., Цыгичко, А., Клименко, А. И., Исмаилов, В., Васильев, Г., Асатурова, А. & Лашин, С. А., июл. 2024, в: International Journal of Molecular Sciences. 25, 13, 7146.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Computational Reconstruction of the Transcription Factor Regulatory Network Induced by Auxin in Arabidopsis thaliana L.

Omelyanchuk, N. A., Lavrekha, V. V., Bogomolov, A. G., Dolgikh, V. A., Sidorenko, A. D. & Zemlyanskaya, E. V., июл. 2024, в: Plants. 13, 14, 1905.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Конвейер обработки гиперспектральных изображений на примере исследования зерен ячменя, содержащих меланин

Busov, I. D., Genaev, M. A., Komyshev, E. G., Koval, V. S., Zykova, T. E., Glagoleva, A. Y. & Afonnikov, D. A., июл. 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 4, стр. 443-455 13 стр., 9.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

A bird's-eye overview of molecular mechanisms regulating feed intake in chickens—with mammalian comparisons

Volyanskaya, A. R., Akberdin, I. R., Kulyashov, M. A., Yevshin, I. S., Romanov, M. N., Shagimardanova, E. I., Gusev, O. A. & Kolpakov, F. A., июн. 2024, в: Animal Nutrition. 17, стр. 61-74 14 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья › Рецензирование

Enrichment of Grain Anthocyanin Content through Marker-Assisted Breeding for Ant1, Ant2 or HvMyc2 Genes in Barley (Hordeum vulgare L.)

Kukoeva, T. V., Molobekova, C. A., Totsky, I. V., Vasiliev, G. V., Pronozin, A. Y., Afonnikov, D. A., Khlestkina, E. K. & Shoeva, O. Y., июн. 2024, в: Agronomy. 14, 6, 1231.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Lake Baikal amphipods and their genomes, great and small

Drozdova, P. B., Madyarova, E. V., Gurkov, A. N., Saranchina, A. E., Romanova, E. V., Petunina, J. V., Peretolchina, T. E., Sherbakov, D. Y. & Timofeyev, M. A., июн. 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 3, стр. 317-325 9 стр., 6.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Physiologically based pharmacokinetic model for predicting the biodistribution of albumin nanoparticles after induction and recovery from acute lung injury

Кутумова, Е. О., Акбердин, И. Р., Egorova, V. S., Kolesova, E. P., Parodi, A., Pokrovsky, V. S., Zamyatnin Jr., A. A. & Колпаков, Ф. А., 30 мая 2024, в: Heliyon. 10, 10, 16 стр., e30962.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Identification of Novel Loci Precisely Modulating Pre-Harvest Sprouting Resistance and Red Color Components of the Seed Coat in T. aestivum L.

Afonnikova, S. D., Kiseleva, A. A., Fedyaeva, A. V., Komyshev, E. G., Koval, V. S., Afonnikov, D. A. & Salina, E. A., 9 мая 2024, в: Plants. 13, 10, 21 стр., 1309.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Biochemical, Genetic, and Grain Digital Evaluation of Soft Winter Wheat Varieties with Different Germination Index

Fedyaeva, A. V., Afonnikova, S. D., Afonnikov, D. A., Smirnova, O. G., Deeva, V. N., Pryanishnikov, A. I. & Salina, E. A., апр. 2024, в: Russian Journal of Plant Physiology. 71, 2, 10 стр., 56.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Genetic Mechanisms Regulating Root Cap Cell Renewal in Arabidopsis thaliana L.

Cherenko, V. A., Omelyanchuk, N. A. & Zemlyanskaya, E. V., апр. 2024, в: Russian Journal of Plant Physiology. 71, 2, 12 стр., 51.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

AtSNP_TATAdb: Candidate Molecular Markers of Plant Advantages Related to Single Nucleotide Polymorphisms within Proximal Promoters of Arabidopsis thaliana L.

Bogomolov, A., Zolotareva, K., Filonov, S., Chadaeva, I., Rasskazov, D., Sharypova, E., Podkolodnyy, N., Ponomarenko, P., Savinkova, L., Tverdokhleb, N., Khandaev, B., Kondratyuk, E., Podkolodnaya, O., Zemlyanskaya, E., Kolchanov, N. A. & Ponomarenko, M., янв. 2024, в: International Journal of Molecular Sciences. 25, 1, 607.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Hormone-regulated expansins: expression, localization, and cell wall biomechanics in Arabidopsis root growth

Samalova, M., Melnikava, A., Elsayad, K., Peaucelle, A., Gahurova, E., Gumulec, J., Spyroglou, I., Zemlyanskaya, E. V., Ubogoeva, E. V., Balkova, D., Demko, M., Blavet, N., Alexiou, P., Benes, V., Mouille, G. & Hejatko, J., янв. 2024, в: Plant Physiology. 194, 1, стр. 209-228 20 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Peak Scores Significantly Depend on the Relationships between Contextual Signals in ChIP-Seq Peaks

Vishnevsky, O. V., Bocharnikov, A. V. & Ignatieva, E. V., янв. 2024, в: International Journal of Molecular Sciences. 25, 2, 1011.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Computational identification of promising genetic markers associated with molecular mechanisms of reduced rice resistance to Rhizoctonia solani under excess nitrogen fertilization using gene network reconstruction and analysis methods

Antropova, E. A., Volyanskaya, A. R., Adamovskaya, A. V., Demenkov, P. S., Yatsyk, I. V., Ivanisenko, T. V., Orlov, Y. L., Haoyu, C., Chen, M. & Ivanisenko, V. A., 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 8, стр. 960-973 14 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Gene networks and metabolomic screening analysis revealed specific pathways of amino acid and acylcarnitine profile alterations in blood plasma of patients with Parkinson’s disease and vascular parkinsonism

Makarova, A. A., Melnikova, P. M., Rogachev, A. D., Demenkov, P. S., Ivanisenko, T. V., Predtechenskaya, E. V., Karmanov, S. Y., Koval, V. V., Pokrovsky, A. G., Lavrik, I. N., Kolchanov, N. A. & Ivanisenko, V. A., 2024, в: Вавиловский журнал генетики и селекции. 28, 8, стр. 927-939 13 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Investigation of metabolic features of glioblastoma tissue and the peritumoral environment using targeted metabolomics screening by LC-MS/MS and gene network analysis

Basov, N. V., Adamovskaya, A. V., Rogachev, A. D., Gaisler, E. V., Demenkov, P. S., Ivanisenko, T. V., Venzel, A. S., Mishinov, S. V., Stupak, V. V., Cheresiz, S. V., Oleshko, O. S., Butikova, E. A., Osechkova, A. E., Sotnikova, Y. S., Patrushev, Y. V., Pozdnyakov, A. S., Lavrik, I. N., Ivanisenko, V. A. & Pokrovsky, A. G., 2024, в: Вавиловский журнал генетики и селекции. 28, 8, стр. 882-896 15 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Orthoweb: a software package for evolutionary analysis of gene networks

Ivanov, R. A., Mukhin, A. M., Kazantsev, F. V., Mustafin, Z. S., Afonnikov, D. A., Matushkin, Y. G. & Lashin, S. A., 2024, в: Вавиловский журнал генетики и селекции. 28, 8, стр. 874-881 8 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

PlantReg: the reconstruction of links between transcription factor regulatory networks and biological processes under their control

Lavrekha, V. V., Omelyanchuk, N. A., Bogomolov, A. G. & Zemlyanskaya, E. V., 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 8, стр. 950-959 10 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Reconstruction and computer analysis of the structural and functional organization of the gene network regulating cholesterol biosynthesis in humans and the evolutionary characteristics of the genes involved in the network

Mikhailova, A. D., Lashin, S. A., Ivanisenko, V. A., Demenkov, P. S. & Игнатьева, Е. В., 2024, в: Вавиловский журнал генетики и селекции. 28, 8, стр. 864-873 10 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Reconstruction of gene regulatory networks from single cell transcriptomic data

Rybakov, M. A., Omelyanchuk, N. A. & Zemlyanskaya, E. V., 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 8, стр. 974-981 8 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

State-of the-Art Constraint-Based Modeling of Microbial Metabolism: From Basics to Context-Specific Models with a Focus on Methanotrophs

Куляшов, М. А., Колмыков, С. К., Хлебодарова, Т. М. & Акбердин, И. Р., 14 дек. 2023, в: Microorganisms. 11, 12, 22 стр., 2987.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья › Рецензирование

Fishing Innate Immune System Properties through the Transcriptomic Single-Cell Data of Teleostei

Bobrovskikh, A. V., Zubairova, U. S. & Doroshkov, A. V., 12 дек. 2023, в: Biology. 12, 12, 1516.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья › Рецензирование