Cell Structure Segmentation in TEM Images of Murine Skin Melanoma Cells by Deep Learning Model

Genaev, M. A., Gogaeva, I. S., Taskaeva, I. S., Bgatova, N. P., Kozhekin, M. V., Komyshev, E. G. & Afonnikov, D. A., 26 мая 2026, в: Journal of Imaging. 12, 5, 26 стр., 215.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Diversity of lncRNAs in the pan-transcriptome of maize inbred lines

Pronozin, A. Y., Shmakov, N. A. & Afonnikov, D. A., 3 янв. 2026, в: BMC Genomics. 27, 1, 15 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

AIMarkerFinder: AI-Assisted Marker Discovery Based on an Integrated Approach of Autoencoders and Kolmogorov–Arnold Networks

Demenkov, P. S., Ivanisenko, T. V. & Ivanisenko, V. A., 2026, в: Informatics. 13, 1, 13 стр., 2.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Cytokinin-activated DIRIGENT13 promotes lignan synthesis to regulate root growth and abiotic stress tolerance by modulating ROS homeostasis in Arabidopsis

Melnikava, A., Perreau, F., Paniagua, C., Cheng, S-C., Huang, L-M., Pekarova, B., Berendzen, K. W., Mira-Rodado, V., Citterico, M., Tvrdonova, A., Ubogoeva, E., Dolgikh, V., Zemlyanskaya, E., Glowacki, E. D., Wrzaczek, M., Harter, K., Yang, Y-L., Mouille, G., Arnaud, D. & Hejatko, J., 2026, в: Plant Communications. 19 стр., 101972.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Epigenetic Signatures of Social Defeat Stress Varying Duration

Bondar, N., Reshetnikov, V., Ritter, P., Ershov, N., Zhukova, N., Kolmykov, S. & Merkulova, T., 19 дек. 2025, в: International Journal of Molecular Sciences. 27, 1, 21 стр., 18.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Генная сеть и база знаний по терморегуляции организма человека

Ignatieva, E. V., Demenkov, P. S., Bogomolov, A. G., Ivanov, R. A., Lashin, S. A., Mikhailova, A. D., Alekseeva, A. E. & Yudin, N. S., дек. 2025, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 29, 7, стр. 1009-1019 11 стр., 9.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Genetic and Pathogenic Overlaps Between Autism Spectrum Disorder and Alzheimer’s Disease: Evolutionary Features and Opportunities for Drug Repurposing

Trifonova, E. A., Pashchenko, A. A., Ivanov, R. A., Kochetov, A. V. & Lashin, S. A., 16 окт. 2025, в: International Journal of Molecular Sciences. 26, 20, стр. 10066

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Analysis of coat texture characteristics of bread wheat grains obtained from digital images

Avzalov, D. R., Arif, M. A. R., Komyshev, E. G., Koval, V. S., Börner, A. & Afonnikov, D. A., 30 сент. 2025, в: Frontiers in Plant Science. 16, стр. 1659548

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

EBSn, a Robust Synthetic Reporter for Monitoring Ethylene Responses in Plants

Fernandez‐moreno, J., Fenech, M., Yaschenko, A. E., Zhao, C., Neubauer, M., Davis, H. N., Marchi, A. J., Concannon, R., Keren‐keiserman, A., Reuveni, M., Levitsky, V., Oshchepkov, D., Dolgikh, V., Goldshmidt, A., Ascencio‐ibáñez, J. T., Zemlyanskaya, E., Alonso, J. M. & Stepanova, A. N., 21 сент. 2025, в: Plant Biotechnology Journal.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Functional and evolutionary characteristics of human genes encoding cell surface receptors involved in the regulation of appetite

Ignatieva, E., Lashin, S., Ivanov, R., Suslov, V., Mikhailova, A. & Kolchanov, N., сент. 2025, в: Journal of integrative bioinformatics. 22, 3, 28 стр., 20250023.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

New Sights into Bioinformatics of Gene Regulations and Structure

Anashkina, A. A., Orlova, N. G., Kolchanov, N. A. & Orlov, Y. L., 4 июл. 2025, в: International Journal of Molecular Sciences. 26, 13

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Special Issue “25 Anniversary of Bioinformatics of Genome Regulation and Structure Conference Series”

Orlov, Y. L., Orlova, N. G., Chen, M. & Kolchanov, N. A., 4 июл. 2025, в: International Journal of Molecular Sciences. 26, 13, 7 стр., 6447.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Counting touching wheat grains in images based on elliptical approximation

Avzalov, D. R., Komyshev, E. G. & Afonnikov, D. A., июл. 2025, в: Вавиловский журнал генетики и селекции. 29, 4, стр. 608-614 7 стр., 13.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Deep learning approach to the estimation of the ratio of reproductive modes in a partially clonal population

Nikolaeva, T. A., Poroshina, A. A. & Sherbakov, D. Y., июн. 2025, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 29, 3, стр. 467-473 7 стр., 14.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Evolutionary Transcriptomics of Cancer Development

Ivanov, R., Afonnikov, D., Matushkin, Y. & Lashin, S., 23 мая 2025, в: International Journal of Molecular Sciences. 26, 11, 15 стр., 5041.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Metabolomic and gene networks approaches reveal the role of mitochondrial membrane proteins in response of human melanoma cells to THz radiation

Butikova, E. A., Basov, N. V., Rogachev, A. D., Gaisler, E. V., Ivanisenko, V. A., Demenkov, P. S., Makarova, A. L. A., Ivanisenko, T. V., Razumov, I. A., Kolomeyets, D. A., Cheresiz, S. V., Solovieva, O. I., Larionov, K. P., Sotnikova, Y. S., Patrushev, Y. V., Kolchanov, N. A., Pokrovsky, A. G., Vinokurov, N. A., Kanygin, V. V., Popik, V. M., еще 1Shevchenko, O. A., мар. 2025, в: Biochimica et Biophysica Acta - Molecular and Cell Biology of Lipids. 1870, 2, 17 стр., 159595.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Plant Detection in RGB Images from Unmanned Aerial Vehicles Using Segmentation by Deep Learning and an Impact of Model Accuracy on Downstream Analysis

Kozhekin, M. V., Genaev, M. A., Komyshev, E. G., Zavyalov, Z. A. & Afonnikov, D. A., 20 янв. 2025, в: Journal of Imaging. 11, 1, 28.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

The Role of Long Noncoding RNAs in Plants

Pronozin, A. Y. & Afonnikov, D. A., 20 янв. 2025, в: Russian Journal of Genetics. 61, 1, стр. 1-18 18 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Asymmetry of Motif Conservation Within Their Homotypic Pairs Distinguishes DNA-Binding Domains of Target Transcription Factors in ChIP-Seq Data

Levitsky, V. G., Raditsa, V. V., Tsukanov, A. V., Mukhin, A. M., Zhimulev, I. F. & Merkulova, T. I., 4 янв. 2025, в: International Journal of Molecular Sciences. 26, 1, 386.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Pharmacological targeting of caspase-8/c-FLIPL heterodimer enhances complex II assembly and elimination of pancreatic cancer cells

König, C., Ivanisenko, N. V., Ivanisenko, V. A., Kulms, D. & Lavrik, I. N., 3 янв. 2025, в: Communications Biology. 8, 1, 4.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Frame-based mathematical models – a tool for the study of molecular genetic systems

Kazantsev, F. V., Lashin, S. A. & Matushkin, Y. G., 2025, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 29, 8, стр. 1288-1294 7 стр., 14.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Hedgehog signaling in humans: the HH_Signal_pathway_db knowledge base

Bukharina, T. A., Bondarenko, A. M. & Furman, D. P., 2025, в: Вавиловский журнал генетики и селекции. 29, 7, стр. 978-989 12 стр., 6.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Влияние переназначения кодонов на свойства и структуру митохондриальных белков байкальских амфипод

Yudinceva, A. V., Romanova, E. V., Sherbakov, D. Y. & Bukin, Y. S., 2025, в: Mathematical Biology and Bioinformatics. 20, 1, стр. 54-70 17 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Исследование инсектицидного и фунгицидного потенциала бактерий эндофитов пшеницы, сои и рапса методами биоинформатического анализа

Lakhova, T. N., Klimenko, A. I., Vasiliev, G. V., Gyrnets, E. Y., Asaturova, A. M. & Lashin, S. A., 2025, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 29, 8, стр. 1304-1317 14 стр., 16.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Компьютерное предсказание сети взаимодействий длинных некодирующих РНК и микроРНК кукурузы на основе транскриптома мутантной линии fuzzy tassel

Yan, J., Pronozin, A. Y. & Afonnikov, D. A., 2025, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 29, 8, стр. 1295-1303 9 стр., 15.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Математические модели метаболизма железа: структура и функции

Melchenko, N. I. & Akberdin, I. R., 2025, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 29, 7, стр. 1031-1040 10 стр., 11.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Применение программно-информационной системы ANDSystem для поиска мишеней таргетной терапии ревматоидного артрита на основе анализа биологических процессов

Mishchenko, E. L., Yatsyk, I. V., Demenkov, P. S., Adamovskaya, A. V., Ivanisenko, T. V., Kleshchev, M. A. & Ivanisenko, V. A., 2025, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 29, 7, стр. 1020-1030 11 стр., 10.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Программа PlantReg 1.1: анализ взаимного расположения сайтов связывания транскрипционных факторов в промоторах генов-мишеней для уточнения молекулярных механизмов их активности в регуляторных сетях

Lavrekha, V. V., Omelyanchuk, N. A., Bogomolov, A. G., Ryabov, Y. A., Mukebenova, P. K. & Zemlyanskaya, E. V., 2025, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 29, 7, стр. 940-951 12 стр., 3.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Реконструкция и анализ генной сети регуляции апоптоза при гепатоцеллюлярной карциноме на основе данных scRNA-seq и базы знаний ANDSystem

Adamovskaya, A. V., Yatsyk, I. V., Kleshchev, M. A., Demenkov, P. S., Ivanisenko, T. V. & Ivanisenko, V. A., 2025, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 29, 7, стр. 963-977 15 стр., 5.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Роль длинных некодирующих РНК в растениях

Пронозин, А. Ю. & Афонников, Д. А., 2025, в: Генетика. 61, 1, стр. 3-23

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

A software module to assess the metabolic potential of mutant strains of the bacterium Corynebacterium glutamicum

Kazantsev, F. V., Trofimova, M. F., Khlebodarova, T. M., Matushkin, Y. G. & Lashin, S. A., дек. 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 8, стр. 897-903 7 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Candidate SNP markers of changes in the expression levels of the human SCN9A gene as a hub gene for pain generation, perception, response and anesthesia

Dotsenko, P. A., Zolotareva, K. A., Ivanov, R. A., Chadaeva, I. V., Podkolodnyy, N. L., Ivanisenko, V. A., Demenkov, P. S., Lashin, S. A. & Ponomarenko, M. P., дек. 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 8, стр. 808-821 14 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Candidate SNP Markers Significantly Altering the Affinity of the TATA-Binding Protein for the Promoters of Human Genes Associated with Primary Open-Angle Glaucoma

Zolotareva, K., Dotsenko, P. A., Podkolodnyy, N., Ivanov, R., Makarova, A. L., Chadaeva, I., Bogomolov, A., Demenkov, P. S., Ivanisenko, V., Oshchepkov, D. & Ponomarenko, M., дек. 2024, в: International Journal of Molecular Sciences. 25, 23, 12802.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Computational identification of promising genetic markers associated with molecular mechanisms of reduced rice resistance to Rhizoctonia solani under excess nitrogen fertilization using gene network reconstruction and analysis methods

Antropova, E. A., Volyanskaya, A. R., Adamovskaya, A. V., Demenkov, P. S., Yatsyk, I. V., Ivanisenko, T. V., Orlov, Y. L., Haoyu, C., Chen, M. & Ivanisenko, V. A., дек. 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 8, стр. 960-973 14 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Computer analysis shows differences between mitochondrial miRNAs and other miRNAs

Vorozheykin, P. S. & Titov, I. I., дек. 2024, в: Вавиловский журнал генетики и селекции. 28, 8, стр. 834-842 9 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Gene networks and metabolomic screening analysis revealed specific pathways of amino acid and acylcarnitine profile alterations in blood plasma of patients with Parkinson’s disease and vascular parkinsonism

Makarova, A. A., Melnikova, P. M., Rogachev, A. D., Demenkov, P. S., Ivanisenko, T. V., Predtechenskaya, E. V., Karmanov, S. Y., Koval, V. V., Pokrovsky, A. G., Lavrik, I. N., Kolchanov, N. A. & Ivanisenko, V. A., дек. 2024, в: Вавиловский журнал генетики и селекции. 28, 8, стр. 927-939 13 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Investigation of metabolic features of glioblastoma tissue and the peritumoral environment using targeted metabolomics screening by LC-MS/MS and gene network analysis

Basov, N. V., Adamovskaya, A. V., Rogachev, A. D., Gaisler, E. V., Demenkov, P. S., Ivanisenko, T. V., Venzel, A. S., Mishinov, S. V., Stupak, V. V., Cheresiz, S. V., Oleshko, O. S., Butikova, E. A., Osechkova, A. E., Sotnikova, Y. S., Patrushev, Y. V., Pozdnyakov, A. S., Lavrik, I. N., Ivanisenko, V. A. & Pokrovsky, A. G., дек. 2024, в: Вавиловский журнал генетики и селекции. 28, 8, стр. 882-896 15 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

MetArea: a software package for analysis of the mutually exclusive occurrence in pairs of motifs of transcription factor binding sites based on ChIP-seq data

Levitsky, V. G., Tsukanov, A. V. & Merkulova, T. I., дек. 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 8, стр. 822-833 12 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Nearly complete genome sequences of the first two identified Colorado potato beetle viruses

Antonets, M., Bodnev, S., Rotskaya, U., Kosman, E., Tregubchak, T., Bauer, T., Azaev, M., Kryukov, V. & Antonets, D., дек. 2024, в: Scientific Reports. 14, 1, 9 стр., 352.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Orthoweb: a software package for evolutionary analysis of gene networks

Ivanov, R. A., Mukhin, A. M., Kazantsev, F. V., Mustafin, Z. S., Afonnikov, D. A., Matushkin, Y. G. & Lashin, S. A., дек. 2024, в: Вавиловский журнал генетики и селекции. 28, 8, стр. 874-881 8 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

PlantReg: the reconstruction of links between transcription factor regulatory networks and biological processes under their control

Lavrekha, V. V., Omelyanchuk, N. A., Bogomolov, A. G. & Zemlyanskaya, E. V., дек. 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 8, стр. 950-959 10 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Reconstruction and computational analysis of the microRNA regulation gene network in wheat drought response mechanisms

Kleshchev, M. A., Maltseva, A. V., Antropova, E. A., Demenkov, P. S., Ivanisenko, T. V., Orlov, Y. L., Chao, H., Chen, M., Kolchanov, N. A. & Ivanisenko, V. A., дек. 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 8, стр. 904-917 14 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование