Combining chromosome conformation capture and exome sequencing for simultaneous detection of structural and single-nucleotide variants

Gridina, M., Lagunov, T., Belokopytova, P., Torgunakov, N., Nuriddinov, M., Nurislamov, A., Nazarenko, L. P., Kashevarova, A. A., Lopatkina, M. E., Vasilyev, S., Zuev, A., Belyaeva, E. O., Salyukova, O. A., Cheremnykh, A. D., Sukhanova, N. N., Minzhenkova, M. E., Markova, Z. G., Demina, N. A., Stepanchuk, Y., Khabarova, A., еще 22Yan, A., Valeev, E., Koksharova, G., Grigor’eva, E. V., Kokh, N., Lukjanova, T., Maximova, Y., Musatova, E., Shabanova, E., Kechin, A., Khrapov, E., Boyarskih, U., Ryzhkova, O., Suntsova, M., Matrosova, A., Karoli, M., Manakhov, A., Filipenko, M., Rogaev, E., Shilova, N. V., Lebedev, I. N. & Fishman, V., 7 мая 2025, в: Genome Medicine. 17, 1, стр. 47 47.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Targeted correction of megabase-scale CNTN6 duplication in induced pluripotent stem cells and impacts on gene expression

Gridina, M., Orlova, P. & Serov, O., 20 янв. 2025, в: PeerJ. 13, 1, e18567.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Auxin Triggers AHR Pathway Activation in the Auxin-Inducible Degron System in Mammalian Cells

Yunusova, A., Zadorozhnyi, D. & Battulin, N., 1 дек. 2024, в: Biochemistry (Moscow). 89, 12, стр. 2214-2226 13 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Candidate SNP markers of changes in the expression levels of the human SCN9A gene as a hub gene for pain generation, perception, response and anesthesia

Dotsenko, P. A., Zolotareva, K. A., Ivanov, R. A., Chadaeva, I. V., Podkolodnyy, N. L., Ivanisenko, V. A., Demenkov, P. S., Lashin, S. A. & Ponomarenko, M. P., дек. 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 8, стр. 808-821 14 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Candidate SNP Markers Significantly Altering the Affinity of the TATA-Binding Protein for the Promoters of Human Genes Associated with Primary Open-Angle Glaucoma

Zolotareva, K., Dotsenko, P. A., Podkolodnyy, N., Ivanov, R., Makarova, A. L., Chadaeva, I., Bogomolov, A., Demenkov, P. S., Ivanisenko, V., Oshchepkov, D. & Ponomarenko, M., дек. 2024, в: International Journal of Molecular Sciences. 25, 23, 12802.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Computational identification of promising genetic markers associated with molecular mechanisms of reduced rice resistance to Rhizoctonia solani under excess nitrogen fertilization using gene network reconstruction and analysis methods

Antropova, E. A., Volyanskaya, A. R., Adamovskaya, A. V., Demenkov, P. S., Yatsyk, I. V., Ivanisenko, T. V., Orlov, Y. L., Haoyu, C., Chen, M. & Ivanisenko, V. A., дек. 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 8, стр. 960-973 14 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Could SLC26A7 Be a Promising Marker for Preoperative Diagnosis of High-Grade Papillary Thyroid Carcinoma?

Titov, S. E., Kozorezova, E. S., Lukyanov, S. A., Sergiyko, S. V., Demenkov, P. S., Veryaskina, Y. A., Vorobyev, S. L., Sleptsov, I. V., Chernikov, R. A., Timofeeva, N. I., Barashkova, S. V., Lushnikova, E. L., Uspenskaya, A. A., Zolotoukho, A. V., Romanova, O. V. & Zhimulev, I. F., дек. 2024, в: Diagnostics. 14, 23, 2652.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Investigation of metabolic features of glioblastoma tissue and the peritumoral environment using targeted metabolomics screening by LC-MS/MS and gene network analysis

Basov, N. V., Adamovskaya, A. V., Rogachev, A. D., Gaisler, E. V., Demenkov, P. S., Ivanisenko, T. V., Venzel, A. S., Mishinov, S. V., Stupak, V. V., Cheresiz, S. V., Oleshko, O. S., Butikova, E. A., Osechkova, A. E., Sotnikova, Y. S., Patrushev, Y. V., Pozdnyakov, A. S., Lavrik, I. N., Ivanisenko, V. A. & Pokrovsky, A. G., дек. 2024, в: Вавиловский журнал генетики и селекции. 28, 8, стр. 882-896 15 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

PlantReg: the reconstruction of links between transcription factor regulatory networks and biological processes under their control

Lavrekha, V. V., Omelyanchuk, N. A., Bogomolov, A. G. & Zemlyanskaya, E. V., дек. 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 8, стр. 950-959 10 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Reconstruction and computational analysis of the microRNA regulation gene network in wheat drought response mechanisms

Kleshchev, M. A., Maltseva, A. V., Antropova, E. A., Demenkov, P. S., Ivanisenko, T. V., Orlov, Y. L., Chao, H., Chen, M., Kolchanov, N. A. & Ivanisenko, V. A., дек. 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 8, стр. 904-917 14 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Reconstruction of gene regulatory networks from single cell transcriptomic data

Rybakov, M. A., Omelyanchuk, N. A. & Zemlyanskaya, E. V., дек. 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 8, стр. 974-981 8 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Root cap border cells as regulators of rhizosphere microbiota

Omelyanchuk, N. A., Cherenko, V. A. & Zemlyanskaya, E. V., дек. 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 8, стр. 918-926 9 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Structural variants in the Epb41l4a locus: TAD disruption and Nrep gene misregulation as hypothetical drivers of neurodevelopmental outcomes

Salnikov, P., Korablev, A., Serova, I., Belokopytova, P., Yan, A., Stepanchuk, Y., Tikhomirov, S. & Fishman, V., дек. 2024, в: Scientific Reports. 14, 1, 8 стр., 5288.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

TAD border deletion at the Kit locus causes tissue-specific ectopic activation of a neighboring gene

Kabirova, E., Ryzhkova, A., Lukyanchikova, V., Khabarova, A., Korablev, A., Shnaider, T., Nuriddinov, M., Belokopytova, P., Smirnov, A., Khotskin, N. V., Kontsevaya, G., Serova, I. & Battulin, N., дек. 2024, в: Nature Communications. 15, 1, 16 стр., 4521.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Targeting type I DED interactions at the DED filament serves as a sensitive switch for cell fate decisions

König, C., Ivanisenko, N. V., Hillert-Richter, L. K., Namjoshi, D., Natu, K., Espe, J., Reinhold, D., Kolchanov, N. A., Ivanisenko, V. A., Kähne, T., Bose, K. & Lavrik, I. N., 21 нояб. 2024, в: Cell Chemical Biology. 31, 11, стр. 1969-1985.e6 24 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Design of Ctenophore Ca2+-Regulated Photoprotein Berovin Capable of Being Converted into Active Protein Under Physiological Conditions: Computational and Experimental Approaches

Burakova, L. P., Ivanisenko, N. V., Rukosueva, N. V., Ivanisenko, V. A. & Vysotski, E. S., 19 нояб. 2024, в: Life. 14, 11, 1508.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Loop Extrusion Machinery Impairments in Models and Disease

Ryzhkova, A., Maltseva, E., Battulin, N. & Kabirova, E., 17 нояб. 2024, в: Cells. 13, 22, 1896.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья › Рецензирование

Cytokinins regulate spatially specific ethylene production to control root growth in Arabidopsis

Yamoune, A., Zdarska, M., Depaepe, T., Rudolfova, A., Skalak, J., Berendzen, K. W., Mira-Rodado, V., Fitz, M., Pekarova, B., Nicolas Mala, K. L., Tarr, P., Spackova, E., Tomovicova, L., Parizkova, B., Franczyk, A., Kovacova, I., Dolgikh, V., Zemlyanskaya, E., Pernisova, M., Novak, O., еще 4Meyerowitz, E., Harter, K., Van Der Straeten, D. & Hejatko, J., 11 нояб. 2024, в: Plant Communications. 5, 11, 17 стр., 101013.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Церамиды как потенциально новые предикторы тяжести течения острого коронарного синдрома в сочетании с инфекцией SARS-CoV-2

Lozhkina, N. G., Gushchina, O. I., Basov, N. V., Gaisler, E. V., Rogachev, A. D., Sotnikova, Y. S., Patrushev, Y. V. & Pokrovsky, A. G., 5 нояб. 2024, в: Acta Naturae. 16, 2(61), стр. 53-60 8 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

An Accurate and Efficient Approach to Knowledge Extraction from Scientific Publications Using Structured Ontology Models, Graph Neural Networks, and Large Language Models

Ivanisenko, T. V., Demenkov, P. S. & Ivanisenko, V. A., 3 нояб. 2024, в: International Journal of Molecular Sciences. 25, 21, 11811.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

AI-Assisted Identification of Primary and Secondary Metabolomic Markers for Postoperative Delirium

Ivanisenko, V. A., Rogachev, A. D., Makarova, A-L. A., Basov, N. V., Gaisler, E. V., Kuzmicheva, I. N., Demenkov, P. S., Venzel, A. S., Ivanisenko, T. V., Antropova, E. A., Kolchanov, N. A., Plesko, V. V., Moroz, G. B., Lomivorotov, V. V. & Pokrovsky, A. G., нояб. 2024, в: International Journal of Molecular Sciences. 25, 21, 11847.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Primary multistep phosphorelay activation comprises both cytokinin and abiotic stress responses: insights from comparative analysis of Brassica type-A response regulators

Nicolas Mala, K. L., Skalak, J., Zemlyanskaya, E., Dolgikh, V., Jedlickova, V., Robert, H. S., Havlickova, L., Panzarova, K., Trtilek, M., Bancroft, I. & Hejatko, J., 1 окт. 2024, в: Journal of Experimental Botany. 75, 20, стр. 6346-6368 23 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Characterizing a lethal CAG-ACE2 transgenic mouse model for SARS-CoV-2 infection using Cas9-enhanced nanopore sequencing

Smirnov, A., Nurislamov, A., Koncevaya, G., Serova, I., Kabirova, E., Chuyko, E., Maltceva, E., Savoskin, M., Zadorozhny, D., Svyatchenko, V. A., Protopopova, E. V., Taranov, O. S., Legostaev, S. S., Loktev, V. B., Serov, O. & Battulin, N., окт. 2024, в: Transgenic Research. 33, 5, стр. 453-466 14 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Generation and analysis of mouse embryonic stem cells with knockout of the Mcph1 (microcephalin) gene

Yunusova, A. M., Smirnov, A. V., Shnaider, T. A., Pristyazhnuk, I. E., Korableva, S. Y. & Battulin, N. R., 23 сент. 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 5, стр. 487-494 8 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

A potent, broadly neutralizing human monoclonal antibody that efficiently protects hACE2-transgenic mice from infection with the Wuhan, BA.5, and XBB.1.5 SARS-CoV-2 variants

Guselnikov, S. V., Baranov, K. O., Kulemzin, S. V., Belovezhets, T. N., Chikaev, A. N., Murasheva, S. V., Volkova, O. Y., Mechetina, L. V., Najakshin, A. M., Chikaev, N. A., Solodkov, P. P., Sergeeva, M. V., Smirnov, A. V., Serova, I. A., Serov, O. L., Markhaev, A. G., Kononova, Y. V., Alekseev, A. Y., Gulyaeva, M. A., Danilenko, D. M., еще 3Battulin, N. R., Shestopalov, A. M. & Taranin, A. V., 9 авг. 2024, в: Frontiers in Immunology. 15, 8 стр., 1442160.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Computational Reconstruction of the Transcription Factor Regulatory Network Induced by Auxin in Arabidopsis thaliana L.

Omelyanchuk, N. A., Lavrekha, V. V., Bogomolov, A. G., Dolgikh, V. A., Sidorenko, A. D. & Zemlyanskaya, E. V., 10 июл. 2024, в: Plants. 13, 14, 1905.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Prediction of the Aggressive Clinical Course of Papillary Thyroid Carcinoma Based on Fine Needle Aspiration Biopsy Molecular Testing

Lukyanov, S. A., Titov, S. E., Kozorezova, E. S., Demenkov, P. S., Veryaskina, Y. A., Korotovskii, D. V., Ilyina, T. E., Vorobyev, S. L., Zhivotov, V. A., Bondarev, N. S., Sleptsov, I. V. & Sergiyko, S. V., июл. 2024, в: International Journal of Molecular Sciences. 25, 13, 14 стр., 7090.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

A HGF Mutation in the Familial Case of Primary Lymphedema: A Report

Koksharova, G., Kokh, N., Gridina, M., Khapaev, R., Nimaev, V. & Fishman, V., мая 2024, в: International Journal of Molecular Sciences. 25, 10, 5464.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Assessing cell lines with inducible depletion of cohesin and condensins components through analysis of metaphase chromosome morphology

Yunusova, A. M., Smirnov, A. V., Pristyazhnuk, I. E., Shnaider, T. A., Maltseva, E. K., Afonnikova, S. D., Gusev, O. A. & Battulin, N. R., апр. 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 2, стр. 138-147 10 стр., 2.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Genetic Mechanisms Regulating Root Cap Cell Renewal in Arabidopsis thaliana L.

Cherenko, V. A., Omelyanchuk, N. A. & Zemlyanskaya, E. V., апр. 2024, в: Russian Journal of Plant Physiology. 71, 2, 12 стр., 51.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Modification of the Hi-C Technology for Molecular Genetic Analysis of Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Sections of Tumor Tissues

Gridina, M. M., Stepanchuk, Y. K., Nurridinov, M. A., Lagunov, T. A., Torgunakov, N. Y., Shadsky, A. A., Ryabova, A. I., Vasiliev, N. V., Vtorushin, S. V., Gerashchenko, T. S., Denisov, E. V., Travin, M. A., Korolev, M. A. & Fishman, V. S., апр. 2024, в: Biochemistry (Moscow). 89, 4, стр. 637-652 16 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Towards Development of the 4C-Based Method Detecting Interactions of Plasmid DNA with Host Genome

Yan, A. P., Salnikov, P. A., Gridina, M. M., Belokopytova, P. S. & Fishman, V. S., апр. 2024, в: Biochemistry (Moscow). 89, 4, стр. 653-662 10 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Global LC-MS/MS targeted metabolomics using a combination of HILIC and RP LC separation modes on an organic monolithic column based on 1-vinyl-1,2,4-triazole

Basov, N. V., Rogachev, A. D., Aleshkova, M. A., Gaisler, E. V., Sotnikova, Y. S., Patrushev, Y. V., Tolstikova, T. G., Yarovaya, O. I., Pokrovsky, A. G. & Salakhutdinov, N. F., 15 янв. 2024, в: Talanta. 267, 125168.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

AtSNP_TATAdb: Candidate Molecular Markers of Plant Advantages Related to Single Nucleotide Polymorphisms within Proximal Promoters of Arabidopsis thaliana L.

Bogomolov, A., Zolotareva, K., Filonov, S., Chadaeva, I., Rasskazov, D., Sharypova, E., Podkolodnyy, N., Ponomarenko, P., Savinkova, L., Tverdokhleb, N., Khandaev, B., Kondratyuk, E., Podkolodnaya, O., Zemlyanskaya, E., Kolchanov, N. A. & Ponomarenko, M., янв. 2024, в: International Journal of Molecular Sciences. 25, 1, 607.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Hormone-regulated expansins: expression, localization, and cell wall biomechanics in Arabidopsis root growth

Samalova, M., Melnikava, A., Elsayad, K., Peaucelle, A., Gahurova, E., Gumulec, J., Spyroglou, I., Zemlyanskaya, E. V., Ubogoeva, E. V., Balkova, D., Demko, M., Blavet, N., Alexiou, P., Benes, V., Mouille, G. & Hejatko, J., янв. 2024, в: Plant Physiology. 194, 1, стр. 209-228 20 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Knockout of the Tnfa Gene Decreases Influenza Virus-Induced Histological Reactions in Laboratory Mice

Savenkova, D. A., Gudymo, A. S., Korablev, A. N., Taranov, O. S., Bazovkina, D. V., Danilchenko, N. V., Perfilyeva, O. N., Ivleva, E. K., Moiseeva, A. A., Bulanovich, Y. A., Roshchina, E. V., Serova, I. A., Battulin, N. R., Kulikova, E. A. & Yudkin, D. V., янв. 2024, в: International Journal of Molecular Sciences. 25, 2, 1156.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Сравнительная молекулярная оценка неизмененной слизистой оболочки сегментов толстой кишки как возможной основы аденом

Korotkevich, A. G., Zhilina, N. M., Demenkov, P. S., Veryaskina, Y. A. & Titov, S. E., 2024, в: Экспериментальная и клиническая гастроэнтерология. 4 (224), стр. 20-29 10 стр., 3.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Expanding the list of sequence-agnostic enzymes for chromatin conformation capture assays with S1 nuclease

Maria, G., Andrey, P., Artem, S., Nikita, T., Andrey, K., Evgeny, K., Oxana, R., Maxim, F. & Veniamin, F., 11 дек. 2023, в: Epigenetics & chromatin. 16, 1, 13 стр., 48.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

DyCeModel: a tool for 1D simulation for distribution of plant hormones controlling tissue patterning

Azarova, D. S., Omelyanchuk, N. A., Mironova, V. V., Zemlyanskaya, E. V. & Lavrekha, V. V., дек. 2023, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 27, 7, стр. 890-897 8 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Gene networks for use in metabolomic data analysis of blood plasma from patients with postoperative delirium

Ivanisenko, V. A., Basov, N. V., Makarova, A. A., Venzel, A. S., Rogachev, A. D., Demenkov, P. S., Ivanisenko, T. V., Kleshchev, M. A., Gaisler, E. V., Moroz, G. B., Plesko, V. V., Sotnikova, Y. S., Patrushev, Y. V., Lomivorotov, V. V., Kolchanov, N. A. & Pokrovsky, A. G., дек. 2023, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 27, 7, стр. 768-775 8 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

InterTransViewer: a comparative description of differential gene expression profiles from different experiments

Tyapkin, А. V., Lavrekha, V. V., Ubogoeva, E. V., Oshchepkov, D. Y., Omelyanchuk, N. A. & Zemlyanskaya, E. V., дек. 2023, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 27, 8, стр. 1042-1052 11 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Molecular-genetic pathways of hepatitis C virus regulation of the expression of cellular factors PREB and PLA2G4C, which play an important role in virus replication

Mishchenko, E. L., Makarova, A. A., Antropova, E. A., Venzel, A. S., Ivanisenko, T. V., Demenkov, P. S. & Ivanisenko, V. A., дек. 2023, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 27, 7, стр. 776-783 8 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Prioritization of potential pharmacological targets for the development of anti-hepatocarcinoma drugs modulating the extrinsic apoptosis pathway: the reconstruction and analysis of associative gene networks help

Demenkov, P. S., Antropova, E. A., Adamovskaya, A. V., Mishchenko, E. L., Khlebodarova, T. M., Ivanisenko, T. V., Ivanisenko, N. V., Venzel, A. S., Lavrik, I. N. & Ivanisenko, V. A., дек. 2023, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 27, 7, стр. 784-793 10 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Reconstruction and analysis of the gene regulatory network for cell wall function in Arabidopsis thaliana L. leaves in response to water deficit

Volyanskaya, A. R., Antropova, E. A., Zubairova, U. S., Demenkov, P. S., Venzel, A. S., Orlov, Y. L., Makarova, A. A., Ivanisenko, T. V., Gorshkova, T. A., Aglyamova, A. R., Kolchanov, N. A., Chen, M. & Ivanisenko, V. A., дек. 2023, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 27, 8, стр. 1031-1041 11 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование