3DGenBench: a web-server to benchmark computational models for 3D Genomics

Belokopytova, P., Viesná, E., Chiliński, M., Qi, Y., Salari, H., Di Stefano, M., Esposito, A., Conte, M., Chiariello, A. M., Teif, V. B., Plewczynski, D., Zhang, B., Jost, D. & Fishman, V., 5 июл. 2022, в: Nucleic Acids Research. 50, W1, стр. W4-W12

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

A common founder effect of the splice site variant c.-23 + 1G > A in GJB2 gene causing autosomal recessive deafness 1A (DFNB1A) in Eurasia

Solovyev, A. V., Kushniarevich, A., Bliznetz, E., Bady-Khoo, M., Lalayants, M. R., Markova, T. G., Minárik, G., Kádasi, L., Metspalu, E., Pshennikova, V. G., Teryutin, F. M., Khusnutdinova, E. K., Poliakov, A., Metspalu, M., Posukh, O. L., Barashkov, N. A. & Fedorova, S. A., апр. 2022, в: Human Genetics. 141, 3-4, стр. 697-707 11 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

A cookbook for DNase Hi-C

Gridina, M., Mozheiko, E., Valeev, E., Nazarenko, L. P., Lopatkina, M. E., Markova, Z. G., Yablonskaya, M. I., Voinova, V. Y., Shilova, N. V., Lebedev, I. N. & Fishman, V., 20 мар. 2021, в: Epigenetics and Chromatin. 14, 1, 15.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

A Cre-LoxP-based approach for combinatorial chromosome rearrangements in human HAP1 cells

Khabarova, A., Koksharova, G., Salnikov, P., Belokopytova, P., Mungalov, R., Pristyazhnuk, I., Nurislamov, A., Gridina, M. & Fishman, V., 26 февр. 2023, в: Chromosome Research. 31, 1, 15 стр., 11.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Adaptation of CRISPR/Cas9 system for directed elimination of mitochondrial DNA copies with mutations

Zakirova, E., Mazunin, I. & Orishchenko, K., июл. 2021, в: FEBS Open Bio. 11, стр. 118-118 1 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › тезисы › Рецензирование

Agent-Based Modeling of Autosomal Recessive Deafness 1A (DFNB1A) Prevalence with Regard to Intensity of Selection Pressure in Isolated Human Population

Romanov, G. P., Smirnova, A. A., Zamyatin, V. I., Mukhin, A. M., Kazantsev, F. V., Pshennikova, V. G., Teryutin, F. M., Solovyev, A. V., Fedorova, S. A., Posukh, O. L., Lashin, S. A. & Barashkov, N. A., февр. 2022, в: Biology. 11, 2, 257.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

A hypomorphic mutation in the mouse Csn1s1 gene generated by CRISPR/Cas9 pronuclear microinjection

Smirnov, A. V., Shnaider, T., Korablev, A. N., Yunusova, A. M., Serova, I. A. & Battulin, N. R., мар. 2021, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 25, 3, стр. 331-336 6 стр., 10.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

A Method for Assessing the Efficiency of the Nucleotide Excision Repair System Ex Vivo

Popov, A. A., Orishchenko, K. E., Naumenko, K. N., Evdokimov, A. N., Petruseva, I. O. & Lavrik, O. I., сент. 2021, в: Acta Naturae. 13, 3, стр. 122-125 4 стр., 13.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

A new approach to estimating the prevalence of hereditary hearing loss: An analysis of the distribution of sign language users based on census data in Russia

Romanov, G. P., Pshennikova, V. G., Lashin, S. A., Solovyev, A. V., Teryutin, F. M., Cherdonova, A. M., Borisova, T. V., Sazonov, N. N., Khusnutdinova, E. K., Posukh, O. L., Fedorova, S. A. & Barashkov, N. A., нояб. 2020, в: PLoS ONE. 15, 11 November, стр. e0242219 e0242219.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Anopheles mosquitoes reveal new principles of 3D genome organization in insects

Lukyanchikova, V., Nuriddinov, M., Belokopytova, P., Taskina, A., Liang, J., Reijnders, M. J. M. F., Ruzzante, L., Feron, R., Waterhouse, R. M., Wu, Y., Mao, C., Tu, Z., Sharakhov, I. V. & Fishman, V., дек. 2022, в: Nature Communications. 13, 1, 1960.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Associations between the Efficiency of Hemispheric Verbal Memory Processes and the BDNF Val66Met Polymorphism in Men and Women

Volf, N. V., Privodnova, E. Y. & Bazovkina, D. V., мая 2023, в: Neuroscience and Behavioral Physiology. 53, 4, стр. 572-578 7 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Autosomal recessive cataract (CTRCT18) in the Yakut population isolate of Eastern Siberia: a novel founder variant in the FYCO1 gene

Barashkov, N. A., Konovalov, F. A., Borisova, T. V., Teryutin, F. M., Solovyev, A. V., Pshennikova, V. G., Sapojnikova, N. V., Vychuzhina, L. S., Romanov, G. P., Gotovtsev, N. N., Morozov, I. V., Bondar, A. A., Platonov, F. A., Burtseva, T. E., Khusnutdinova, E. K., Posukh, O. L. & Fedorova, S. A., июн. 2021, в: European journal of human genetics. 29, 6, стр. 965-976 12 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Cell type-specific interpretation of noncoding variants using deep learning-based methods

Sindeeva, M., Chekanov, N., Avetisian, M., Shashkova, T. I., Baranov, N., Malkin, E., Lapin, A., Kardymon, O. & Fishman, V., 20 мар. 2023, в: GigaScience. 12, стр. 1-11 11 стр., giad015.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Chromosome Asynapsis Is the Main Cause of Male Sterility in the Interspecies Hybrids of East Asian Voles (Alexandromys, Rodentia, Arvicolinae)

Bikchurina, T., Pavlenko, M., Kizilova, E., Rubtsova, D., Sheremetyeva, I., Kartavtseva, I., Torgasheva, A. & Borodin, P., 30 апр. 2023, в: Genes. 14, 5, 1022.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Classification of Fruit Flies by Gender in Images Using Smartphones and the YOLOv4-Tiny Neural Network

Genaev, M. A., Komyshev, E. G., Shishkina, O. D., Adonyeva, N. V., Karpova, E. K., Gruntenko, N. E., Zakharenko, L. P., Koval, V. S. & Afonnikov, D. A., 1 февр. 2022, в: Mathematics. 10, 3, 295.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Comparative transcriptome profiling of a resistant vs susceptible bread wheat (Triticum aestivum L.) cultivar in response to water deficit and cold stress

Konstantinov, D. K., Zubairova, U. S., Ermakov, A. A. & Doroshkov, A. V., мая 2021, в: PeerJ. 9, стр. e11428 e11428.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Comparison and critical assessment of single-cell Hi-C protocols

Gridina, M., Taskina, A., Lagunov, T., Nurislamov, A., Kulikova, T., Krasikova, A. & Fishman, V., окт. 2022, в: Heliyon. 8, 10, 6 стр., e11023.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Complex assessment of pathogenicity of novel variant c.516G > C (p.Trp172Cys) in the GJB2 gene associated with hearing loss in indigenous peoples of Southern Siberia (Russia)

Maslova, E. A., Zytsar, M. V., Danilchenko, V. Y., Orishchenko, K. E. & Posukh, O. L., 1 дек. 2020, в: European journal of human genetics. 28, Suppl 1, стр. 191-192 2 стр., P02.27.B.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › тезисы › Рецензирование

Concatenation of transgenic DNA: Random or orchestrated?

Smirnov, A. & Battulin, N., дек. 2021, в: Genes. 12, 12, 1969.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья › Рецензирование

Derivation of Ringed Seal (Phoca hispida) Induced Multipotent Stem Cells

Beklemisheva, V. R., Belokopytova, P. S., Fishman, V. S. & Menzorov, A. G., 1 дек. 2021, в: Cellular reprogramming. 23, 6, стр. 326-335 10 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Different Rates of the SLC26A4-Related Hearing Loss in Two Indigenous Peoples of Southern Siberia (Russia)

Danilchenko, V. Y., Zytsar, M. V., Maslova, E. A., Bady-Khoo, M. S., Barashkov, N. A., Morozov, I. V., Bondar, A. A. & Posukh, O. L., дек. 2021, в: Diagnostics. 11, 12, 2378.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

DNA barcoding reveals that injected transgenes are predominantly processed by homologous recombination in mouse zygote

Smirnov, A., Fishman, V., Yunusova, A., Korablev, A., Serova, I., Skryabin, B. V., Rozhdestvensky, T. S. & Battulin, N., 24 янв. 2020, в: Nucleic Acids Research. 48, 2, стр. 719-735 17 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Dose-dependent suppression of human glioblastoma xenograft growth by accelerator-based boron neutron capture therapy with simultaneous use of two boron-containing compounds

Kanygin, V., Razumov, I., Zaboronok, A., Zavjalov, E., Kichigin, A., Solovieva, O., Tsygankova, A., Guselnikova, T., Kasatov, D., Sycheva, T., Mathis, B. J. & Taskaev, S., нояб. 2021, в: Biology. 10, 11, 1124.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Editorial: The role of high-order chromatin organization in gene regulation

Fishman, V. & Pindyurin, A. V., 3 окт. 2022, в: Frontiers in Genetics. 13, 1045787.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › редакционная статья › Рецензирование

Erythrocytes 3D genome organization in vertebrates

Ryzhkova, A., Taskina, A., Khabarova, A., Fishman, V. & Battulin, N., февр. 2021, в: Scientific Reports. 11, 1, 4414.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Establishment of the Primary Avian Gonadal Somatic Cell Lines for Cytogenetic Studies

Pristyazhnyuk, I. E., Malinovskaya, L. P. & Borodin, P. M., 1 июл. 2022, в: Animals. 12, 13, 1724.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Evaluation of the OsTIR1 and AtAFB2 AID Systems for Genome Architectural Protein Degradation in Mammalian Cells

Yunusova, A., Smirnov, A., Shnaider, T., Lukyanchikova, V., Afonnikova, S. & Battulin, N., 4 нояб. 2021, в: Frontiers in Molecular Biosciences. 8, 757394.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Evaluation of the α-casein (CSN1S1) locus as a potential target for a site-specific transgene integration

Smirnov, A. V., Kontsevaya, G. V., Shnaider, T. A., Yunusova, A. M., Feofanova, N. A., Gerlinskaya, L. A., Serova, I. A., Serov, O. L. & Battulin, N. R., дек. 2022, в: Scientific Reports. 12, 1, 7983.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Expanding the list of sequence-agnostic enzymes for chromatin conformation capture assays with S1 nuclease

Maria, G., Andrey, P., Artem, S., Nikita, T., Andrey, K., Evgeny, K., Oxana, R., Maxim, F. & Veniamin, F., 11 дек. 2023, в: Epigenetics & chromatin. 16, 1, 13 стр., 48.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Expression of Glutamate Receptor Genes in the Hippocampus and Frontal Cortex in GC Rat Strain with Genetic Catatonia

Plekanchuk, V. S. & Ryazanova, M. A., янв. 2021, в: Journal of Evolutionary Biochemistry and Physiology. 57, 1, стр. 156-163 8 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Expression of Glutamate Receptor Genes in the Hippocampus and Frontal Cortex in GC Rat Strain with Genetic Catatonia (vol 57, pg 156, 2021)

Plekanchuk, V. S. & Ryazanova, M. A., мар. 2021, в: Journal of Evolutionary Biochemistry and Physiology. 57, 2, стр. 428-428 1 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

FastContext: A tool for identification of adapters and other sequence patterns in next generation sequencing (NGS) data

Viesná, Е. & Fishman, V., дек. 2022, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 26, 8, стр. 806-809 4 стр., 10.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Fourth Report on Chicken Genes and Chromosomes 2022

Smith, J., Alfieri, J. M., Anthony, N., Arensburger, P., Athrey, G. N., Balacco, J., Balic, A., Bardou, P., Barela, P., Bigot, Y., Blackmon, H., Borodin, P. M., Carroll, R., Casono, M. C., Charles, M., Cheng, H., Chiodi, M., Cigan, L., Coghill, L. M., Crooijmans, R., еще 104Das, N., Davey, S., Davidian, A., Degalez, F., Dekkers, J. M., Derks, M., Diack, A. B., Djikeng, A., Drechsler, Y., Dyomin, A., Fedrigo, O., Fiddaman, S. R., Formenti, G., Frantz, L. A. F., Fulton, J. E., Gaginskaya, E., Galkina, S., Gallardo, R. A., Geibel, J., Gheyas, A. A., Godinez, C. J. P., Goodell, A., Graves, J. A. M., Griffin, D. K., Haase, B., Han, J-L., Hanotte, O., Henderson, L. J., Hou, Z-C., Howe, K., Huynh, L., Ilatsia, E., Jarvis, E. D., Johnson, S. M., Kaufman, J., Kelly, T., Kemp, S., Kern, C., Keroack, J. H., Klopp, C., Lagarrigue, S., Lamont, S. J., Lange, M., Lanke, A., Larkin, D. M., Larson, G., Layos, J. K. N., Lebrasseur, O., Malinovskaya, L. P., Martin, R. J., Martin Cerezo, M. L., Mason, A. S., McCarthy, F. M., McGrew, M. J., Mountcastle, J., Muhonja, C. K., Muir, W., Muret, K., Murphy, T. D., Ng'ang'a, I., Nishibori, M., O'Connor, R. E., Ogugo, M., Okimoto, R., Ouko, O., Patel, H. R., Perini, F., Pigozzi, M. I., Potter, K. C., Price, P. D., Reimer, C., Rice, E. S., Rocos, N., Rogers, T. F., Saelao, P., Schauer, J., Schnabel, R. D., Schneider, V. A., Simianer, H., Smith, A., Stevens, M. P., Stiers, K., Tiambo, C. K., Tixier-Boichard, M., Torgasheva, A. A., Tracey, A., Tregaskes, C. A., Vervelde, L., Wang, Y., Warren, W. C., Waters, P. D., Webb, D., Weigend, S., Wolc, A., Wright, A. E., Wright, D., Wu, Z., Yamagata, M., Yang, C., Yin, Z-T., Young, M. C., Zhang, G., Zhao, B. & Zhou, H., 2023, в: Cytogenetic and Genome Research. 162, 8-9, стр. 405-528 124 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья › Рецензирование

Functional Consequences of Pathogenic Variants of the GJB2 Gene (Cx26) Localized in Different Cx26 Domains

Posukh, O. L., Maslova, E. A., Danilchenko, V. Y., Zytsar, M. V. & Orishchenko, K. E., 13 окт. 2023, в: Biomolecules. 13, 10, 1521.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья › Рецензирование

Functional evaluation of a rare variant c.516g>c (p.trp172cys) in the GJB2 (connexin 26) gene associated with nonsyndromic hearing loss

Maslova, E. A., Orishchenko, K. E. & Posukh, O. L., янв. 2021, в: Biomolecules. 11, 1, стр. 1-15 15 стр., 61.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Function and Evolution of the Loop Extrusion Machinery in Animals

Kabirova, E., Nurislamov, A., Shadskiy, A., Smirnov, A., Popov, A., Salnikov, P., Battulin, N. & Fishman, V., 6 мар. 2023, в: International Journal of Molecular Sciences. 24, 5, 5017.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья › Рецензирование

Generation of iPS cell line (ICGi040-A) from skin fibroblasts of a patient with ring small supernumerary marker chromosome 4

Gridina, M. M., Nurislamov, A. R., Minina, J. M., Lopatkina, M. E., Drozdov, G. V., Vasilyev, S. A., Minaycheva, L. I., Belyaeva, E. O., Nikitina, T. V., Kashevarova, A. A., Lebedev, I. N., Karamysheva, T. V., Rubtsov, N. B. & Serov, O. L., мая 2022, в: Stem Cell Research. 61, 102740.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Genetic etiology of hearing loss in Russia

Posukh, O. L., апр. 2022, в: Human Genetics. 141, 3-4, стр. 649-663 15 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья › Рецензирование

Genetic interplay between transcription factor Pou4f1/Brn3a and neurotrophin receptor Ret in retinal ganglion cell type specification

Muzyka, V. V. & Badea, T. C., дек. 2021, в: Neural Development. 16, 1, 5.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Genome reorganization during erythroid differentiation

Ryzhkova, A. & Battulin, N., июл. 2021, в: Genes. 12, 7, 1012.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья › Рецензирование

Germline-Restricted Chromosome (GRC) in Female and Male Meiosis of the Great Tit (Parus major, Linnaeus, 1758)

Torgasheva, A., Malinovskaya, L., Zadesenets, K., Shnaider, E., Rubtsov, N. & Borodin, P., 25 окт. 2021, в: Frontiers in Genetics. 12, 768056.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Germline-Restricted Chromosomes and Autosomal Variants Revealed by Pachytene Karyotyping of 17 Avian Species

Malinovskaya, L. P., Slobodchikova, A. Y., Grishko, E. O., Pristyazhnyuk, I. E., Torgasheva, A. A. & Borodin, P. M., 1 окт. 2022, в: Cytogenetic and Genome Research. 162, 3, стр. 148-160 13 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Heterochiasmy and sexual dimorphism: The case of the barn swallow (hirundo rustica, hirundinidae, aves)

Malinovskaya, L. P., Tishakova, K., Shnaider, E. P., Borodin, P. M. & Torgasheva, A. A., окт. 2020, в: Genes. 11, 10, стр. 1-11 11 стр., 1119.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Highly conservative pattern of sex chromosome synapsis and recombination in neognathae birds

Torgasheva, A., Malinovskaya, L., Zadesenets, K. S., Slobodchikova, A., Shnaider, E., Rubtsov, N. & Borodin, P., сент. 2021, в: Genes. 12, 9, 1358.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Homogeneously Staining Regions (HSR) in Chromosome 1 of the House Mouse: Synapsis and Recombination at Meiosis

Torgunakov, N. Y., Kizilova, E. A., Karamysheva, T. V., Malinovskaya, L. P., Bikchurina, T. I. & Borodin, P. M., мая 2021, в: Cytogenetic and Genome Research. 161, 1-2, стр. 14-22 9 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Identification of Iguania Ancestral Syntenic Blocks and Putative Sex Chromosomes in the Veiled Chameleon (Chamaeleo calyptratus, Chamaeleonidae, Iguania)

Tishakova, K. V., Prokopov, D. Y., Davletshina, G. I., Rumyantsev, A. V., O'Brien, P. C. M., Ferguson-Smith, M. A., Giovannotti, M., Lisachov, A. P. & Trifonov, V. A., 13 дек. 2022, в: International Journal of Molecular Sciences. 23, 24, 15838.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

IgGs-abzymes from the sera of patients with systemic lupus erythematosus hydrolyzed miRNAs

Ermakov, E. A., Kabirova, E. M., Sizikov, A. E., Buneva, V. N. & Nevinsky, G. A., 2020, в: Journal of Inflammation Research. 13, стр. 681-699 19 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Insight into the Natural History of Pathogenic Variant c.919-2A>G in the SLC26A4 Gene Involved in Hearing Loss: The Evidence for Its Common Origin in Southern Siberia (Russia)

Danilchenko, V. Y., Zytsar, M. V., Maslova, E. A., Orishchenko, K. E. & Posukh, O. L., 17 апр. 2023, в: Genes. 14, 4, 928.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование