Standard

Платформа GWAS-MAP|ovis для хранения и анализа результатов полногеномных ассоциативных исследований овец. / A V Kirichenko, A V; Zlobin, A S; Shashkova, T I et al.

In: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii, Vol. 26, No. 4, 6, 07.2022, p. 378-384.

Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

Harvard

A V Kirichenko, AV, Zlobin, AS, Shashkova, TI, Volkova, NA, Iolchiev, BS, Bagirov, VA, Borodin, PM, Karssen, LС, Tsepilov, YA & Aulchenko, YS 2022, 'Платформа GWAS-MAP|ovis для хранения и анализа результатов полногеномных ассоциативных исследований овец', Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii, vol. 26, no. 4, 6, pp. 378-384. https://doi.org/10.18699/VJGB-22-46

APA

A V Kirichenko, A. V., Zlobin, A. S., Shashkova, T. I., Volkova, N. A., Iolchiev, B. S., Bagirov, V. A., Borodin, P. M., Karssen, L. С., Tsepilov, Y. A., & Aulchenko, Y. S. (2022). Платформа GWAS-MAP|ovis для хранения и анализа результатов полногеномных ассоциативных исследований овец. Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii, 26(4), 378-384. [6]. https://doi.org/10.18699/VJGB-22-46

Vancouver

A V Kirichenko AV, Zlobin AS, Shashkova TI, Volkova NA, Iolchiev BS, Bagirov VA et al. Платформа GWAS-MAP|ovis для хранения и анализа результатов полногеномных ассоциативных исследований овец. Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 2022 Jul;26(4):378-384. 6. doi: 10.18699/VJGB-22-46

Author

A V Kirichenko, A V ; Zlobin, A S ; Shashkova, T I et al. / Платформа GWAS-MAP|ovis для хранения и анализа результатов полногеномных ассоциативных исследований овец. In: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 2022 ; Vol. 26, No. 4. pp. 378-384.

BibTeX

@article{3dfec6c830cf4a0e93fbf4b36b1fab73,
title = "Платформа GWAS-MAP|ovis для хранения и анализа результатов полногеномных ассоциативных исследований овец",
abstract = "В последние годы увеличивается количество полногеномных исследований ассоциаций (ПГИА, GWAS), проведенных для различных экономически важных признаков животных. Результаты этих исследований представлены в виде суммарных статистик, которые можно использовать для изучения генетического контроля экономически важных признаков сельскохозяйственных животных, в том числе и при разработке методик маркер-ориентированной селекции. В большинстве случаев ПГИА сельскохозяйственных животных не соответствуют общепринятым в области исследований генетики человека стандартам формата публикаций результатов ПГИА в виде суммарных статистик (наличие информации об эффекторном и референсном аллелях, значение и направление эффекта и др.). Это существенно затрудняет использование суммарных статистик для нужд селекции. В области исследований генетики человека имеется несколько технологических решений для анализа результатов ПГИА, в том числе одно из самых крупных - платформа GWAS-MAP. Для других видов живых организмов, включающих и экономически важных сельскохозяйственных животных, подобных решений нет. В настоящей работе мы сфокусировались на создании схожей платформы для работы с суммарными статистиками ПГИА различных признаков овец, так как овцеводство в последнее время становится все более актуальной областью сельского хозяйства. По аналогии с платформой GWAS-MAP для хранения, унификации и анализа GWAS человека мы создали платформу GWAS-MAP|ovis. На сегодняшний день платформа содержит информацию о более чем 34 млн ассоциаций между вариантами геномной последовательности и признаками мясной продуктивности. Платформа может быть использована и для проведения анализа колокализации - метода, который позволяет установить, является ли ассоциация определенного локуса с двумя разными признаками результатом плейотропии или же данные признаки ассоциированы с разными вариантами, которые находятся в неравновесии по сцеплению. Эта платформа будет полезна как селекционерам для выбора перспективных маркеров для селекции (эффекты и аллели различных маркеров, влияющих на изучаемые признаки), так и для ученых, ведущих исследования в области генетики овец.",
author = "{A V Kirichenko}, {A V} and Zlobin, {A S} and Shashkova, {T I} and Volkova, {N A} and Iolchiev, {B S} and Bagirov, {V A} and Borodin, {P M} and Karssen, {L С} and Tsepilov, {Y A} and Aulchenko, {Y S}",
note = "Кириченко А.В., Злобин А.С., Шашкова Т.И., Волкова Н.А., Иолчиев Б.С., Багиров В.А., Бородин П.М., Карссен Л.С., Цепилов Я.А., Аульченко Ю.С. Платформа GWAS-MAP|ovis для хранения и анализа результатов полногеномных ассоциативных исследований овец // Вавиловский журнал генетики и селекции. – 2022. – Т. 26, № 4. – С. 378-384. Работа выполнена при поддержке ЦГИМУ «Курчатовский геномный центр» ИЦиГ СО РАН.",
year = "2022",
month = jul,
doi = "10.18699/VJGB-22-46",
language = "русский",
volume = "26",
pages = "378--384",
journal = "Вавиловский журнал генетики и селекции",
issn = "2500-0462",
publisher = "Institute of Cytology and Genetics of Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences",
number = "4",

}

RIS

TY - JOUR

T1 - Платформа GWAS-MAP|ovis для хранения и анализа результатов полногеномных ассоциативных исследований овец

AU - A V Kirichenko, A V

AU - Zlobin, A S

AU - Shashkova, T I

AU - Volkova, N A

AU - Iolchiev, B S

AU - Bagirov, V A

AU - Borodin, P M

AU - Karssen, L С

AU - Tsepilov, Y A

AU - Aulchenko, Y S

N1 - Кириченко А.В., Злобин А.С., Шашкова Т.И., Волкова Н.А., Иолчиев Б.С., Багиров В.А., Бородин П.М., Карссен Л.С., Цепилов Я.А., Аульченко Ю.С. Платформа GWAS-MAP|ovis для хранения и анализа результатов полногеномных ассоциативных исследований овец // Вавиловский журнал генетики и селекции. – 2022. – Т. 26, № 4. – С. 378-384. Работа выполнена при поддержке ЦГИМУ «Курчатовский геномный центр» ИЦиГ СО РАН.

PY - 2022/7

Y1 - 2022/7

N2 - В последние годы увеличивается количество полногеномных исследований ассоциаций (ПГИА, GWAS), проведенных для различных экономически важных признаков животных. Результаты этих исследований представлены в виде суммарных статистик, которые можно использовать для изучения генетического контроля экономически важных признаков сельскохозяйственных животных, в том числе и при разработке методик маркер-ориентированной селекции. В большинстве случаев ПГИА сельскохозяйственных животных не соответствуют общепринятым в области исследований генетики человека стандартам формата публикаций результатов ПГИА в виде суммарных статистик (наличие информации об эффекторном и референсном аллелях, значение и направление эффекта и др.). Это существенно затрудняет использование суммарных статистик для нужд селекции. В области исследований генетики человека имеется несколько технологических решений для анализа результатов ПГИА, в том числе одно из самых крупных - платформа GWAS-MAP. Для других видов живых организмов, включающих и экономически важных сельскохозяйственных животных, подобных решений нет. В настоящей работе мы сфокусировались на создании схожей платформы для работы с суммарными статистиками ПГИА различных признаков овец, так как овцеводство в последнее время становится все более актуальной областью сельского хозяйства. По аналогии с платформой GWAS-MAP для хранения, унификации и анализа GWAS человека мы создали платформу GWAS-MAP|ovis. На сегодняшний день платформа содержит информацию о более чем 34 млн ассоциаций между вариантами геномной последовательности и признаками мясной продуктивности. Платформа может быть использована и для проведения анализа колокализации - метода, который позволяет установить, является ли ассоциация определенного локуса с двумя разными признаками результатом плейотропии или же данные признаки ассоциированы с разными вариантами, которые находятся в неравновесии по сцеплению. Эта платформа будет полезна как селекционерам для выбора перспективных маркеров для селекции (эффекты и аллели различных маркеров, влияющих на изучаемые признаки), так и для ученых, ведущих исследования в области генетики овец.

AB - В последние годы увеличивается количество полногеномных исследований ассоциаций (ПГИА, GWAS), проведенных для различных экономически важных признаков животных. Результаты этих исследований представлены в виде суммарных статистик, которые можно использовать для изучения генетического контроля экономически важных признаков сельскохозяйственных животных, в том числе и при разработке методик маркер-ориентированной селекции. В большинстве случаев ПГИА сельскохозяйственных животных не соответствуют общепринятым в области исследований генетики человека стандартам формата публикаций результатов ПГИА в виде суммарных статистик (наличие информации об эффекторном и референсном аллелях, значение и направление эффекта и др.). Это существенно затрудняет использование суммарных статистик для нужд селекции. В области исследований генетики человека имеется несколько технологических решений для анализа результатов ПГИА, в том числе одно из самых крупных - платформа GWAS-MAP. Для других видов живых организмов, включающих и экономически важных сельскохозяйственных животных, подобных решений нет. В настоящей работе мы сфокусировались на создании схожей платформы для работы с суммарными статистиками ПГИА различных признаков овец, так как овцеводство в последнее время становится все более актуальной областью сельского хозяйства. По аналогии с платформой GWAS-MAP для хранения, унификации и анализа GWAS человека мы создали платформу GWAS-MAP|ovis. На сегодняшний день платформа содержит информацию о более чем 34 млн ассоциаций между вариантами геномной последовательности и признаками мясной продуктивности. Платформа может быть использована и для проведения анализа колокализации - метода, который позволяет установить, является ли ассоциация определенного локуса с двумя разными признаками результатом плейотропии или же данные признаки ассоциированы с разными вариантами, которые находятся в неравновесии по сцеплению. Эта платформа будет полезна как селекционерам для выбора перспективных маркеров для селекции (эффекты и аллели различных маркеров, влияющих на изучаемые признаки), так и для ученых, ведущих исследования в области генетики овец.

UR - https://www.elibrary.ru/item.asp?id=48825794

UR - https://www.mendeley.com/catalogue/8c23c51c-54c4-3581-854e-ab85a4eb8aa8/

U2 - 10.18699/VJGB-22-46

DO - 10.18699/VJGB-22-46

M3 - статья

C2 - 35864937

VL - 26

SP - 378

EP - 384

JO - Вавиловский журнал генетики и селекции

JF - Вавиловский журнал генетики и селекции

SN - 2500-0462

IS - 4

M1 - 6

ER -

ID: 43861802