Предсказание третичной структуры PARP1 методами молекулярного моделирования

Standard

Предсказание третичной структуры PARP1 методами молекулярного моделирования. / Мустаев, Егор Альбертович; Хамитов, Э. М.

In: Журнал структурной химии, Vol. 66, No. 5, 144161, 2025.

Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

Author

Мустаев, Егор Альбертович ; Хамитов, Э. М. / Предсказание третичной структуры PARP1 методами молекулярного моделирования. In: Журнал структурной химии. 2025 ; Vol. 66, No. 5.

BibTeX

@article{1b5c27f27e6e4e51b0875f9431168b2d,

title = "Предсказание третичной структуры PARP1 методами молекулярного моделирования",

abstract = "Методами вычислительной химии впервые получили и охарактеризовали полноатомную модель структуры фермента поли(АДФ-рибоза)-полимеразы 1 (PARP1). Прогнозирование структуры фермента проводилось с использованием известных инструментов и опорой на методы машинного обучения и гомологического конструирования. Положение атомов Ca аминокислотных остатков в предсказанных структурах сравнивалось с геометрическими параметрами доменов фермента, расшифрованных ранее экспериментальными методами, описанных в научной литературе и депонированных в Protein Data Bank. Результат работы позволяет обосновано выбрать подходящий инструмент прогнозирования, а также применять геометрические параметры PARP1 для конструирования димерных форм фермента и разработки новых ингибиторов PARP1.",

keywords = "ПРОГНОЗИРОВАНИЕ ТРЕХМЕРНЫХ СТРУКТУР БЕЛКОВ, ПОЛИ(АДФ-РИБОЗА)-ПОЛИМЕРАЗА 1, PARP1, ALPHAFOLD2, ROSETTAFOLD, I-TASSER, INTFOLD5, МОЛЕКУЛЯРНАЯ ДИНАМИКА, ГОМОЛОГИЧНОЕ КОНСТРУИРОВАНИЕ, 3D PROTEIN STRUCTURE PREDICTION, POLY(ADP-RIBOSE)-POLYMERASE 1, PARP1, ALPHAFOLD2, ROSETTAFOLD",

author = "Мустаев, {Егор Альбертович} and Хамитов, {Э. М.}",

note = "Мустаев, Е. А. Предсказание третичной структуры PARP1 методами молекулярного моделирования / Е. А. Мустаев, Э. М. Хамитов // Журнал структурной химии. – 2025. – Т. 66, № 5. – С. 144161. – DOI 10.26902/JSC_id144161. – EDN XSTYKM. Работа выполнена при частичной финансовой поддержке Министерства науки и высшего образования РФ в рамках государственного задания ЦКП «СКИФ» Института катализа СО РАН (FWUR-2024-0040); теоретические расчеты (молекулярная динамика структур AF2-Zn и RF-Zn, анализ траекторий МД симуляций) - в рамках государственного задания Министерства науки и высшего образования УфИх УФИЦ РАН № 123011300044-5.",

year = "2025",

doi = "10.26902/JSC_id144161",

language = "русский",

volume = "66",

journal = "Журнал структурной химии",

issn = "0136-7463",

number = "5",

}

RIS

TY - JOUR

T1 - Предсказание третичной структуры PARP1 методами молекулярного моделирования

AU - Мустаев, Егор Альбертович

AU - Хамитов, Э. М.

N1 - Мустаев, Е. А. Предсказание третичной структуры PARP1 методами молекулярного моделирования / Е. А. Мустаев, Э. М. Хамитов // Журнал структурной химии. – 2025. – Т. 66, № 5. – С. 144161. – DOI 10.26902/JSC_id144161. – EDN XSTYKM. Работа выполнена при частичной финансовой поддержке Министерства науки и высшего образования РФ в рамках государственного задания ЦКП «СКИФ» Института катализа СО РАН (FWUR-2024-0040); теоретические расчеты (молекулярная динамика структур AF2-Zn и RF-Zn, анализ траекторий МД симуляций) - в рамках государственного задания Министерства науки и высшего образования УфИх УФИЦ РАН № 123011300044-5.

PY - 2025

Y1 - 2025

N2 - Методами вычислительной химии впервые получили и охарактеризовали полноатомную модель структуры фермента поли(АДФ-рибоза)-полимеразы 1 (PARP1). Прогнозирование структуры фермента проводилось с использованием известных инструментов и опорой на методы машинного обучения и гомологического конструирования. Положение атомов Ca аминокислотных остатков в предсказанных структурах сравнивалось с геометрическими параметрами доменов фермента, расшифрованных ранее экспериментальными методами, описанных в научной литературе и депонированных в Protein Data Bank. Результат работы позволяет обосновано выбрать подходящий инструмент прогнозирования, а также применять геометрические параметры PARP1 для конструирования димерных форм фермента и разработки новых ингибиторов PARP1.

AB - Методами вычислительной химии впервые получили и охарактеризовали полноатомную модель структуры фермента поли(АДФ-рибоза)-полимеразы 1 (PARP1). Прогнозирование структуры фермента проводилось с использованием известных инструментов и опорой на методы машинного обучения и гомологического конструирования. Положение атомов Ca аминокислотных остатков в предсказанных структурах сравнивалось с геометрическими параметрами доменов фермента, расшифрованных ранее экспериментальными методами, описанных в научной литературе и депонированных в Protein Data Bank. Результат работы позволяет обосновано выбрать подходящий инструмент прогнозирования, а также применять геометрические параметры PARP1 для конструирования димерных форм фермента и разработки новых ингибиторов PARP1.

KW - ПРОГНОЗИРОВАНИЕ ТРЕХМЕРНЫХ СТРУКТУР БЕЛКОВ

KW - ПОЛИ(АДФ-РИБОЗА)-ПОЛИМЕРАЗА 1

KW - PARP1

KW - ALPHAFOLD2

KW - ROSETTAFOLD

KW - I-TASSER

KW - INTFOLD5

KW - МОЛЕКУЛЯРНАЯ ДИНАМИКА

KW - ГОМОЛОГИЧНОЕ КОНСТРУИРОВАНИЕ

KW - 3D PROTEIN STRUCTURE PREDICTION

KW - POLY(ADP-RIBOSE)-POLYMERASE 1

KW - PARP1

KW - ALPHAFOLD2, ROSETTAFOLD

UR - https://www.elibrary.ru/item.asp?id=82355587

U2 - 10.26902/JSC_id144161

DO - 10.26902/JSC_id144161

M3 - статья

VL - 66

JO - Журнал структурной химии

JF - Журнал структурной химии

SN - 0136-7463

IS - 5

M1 - 144161

ER -

ID: 74089275