TY - JOUR

T1 - Сравнительный анализ гаплотипов, несущих патогенные варианты C.1545T>G, C.2027T>A и C.919-2A>G гена SLC26A4, у пациентов с потерей слуха из Республики Тыва (Южная Сибирь)

AU - Danilchenko, V. Yu

AU - Zytsar, M. V.

AU - Panina, E. A.

AU - Orishchenko, K. E.

AU - Posukh, O. L.

N1 - Исследование выполнено при финансовой поддержке бюджетного проекта FWNR-2022-0021 Института цитологии и генетики СО РАН и гранта Министерства науки и высшего образования РФ FSUS-2024-0018. Сравнительный анализ гаплотипов, несущих патогенные варианты c.1545T>G, c.2027T>A и c.919-2A>G гена SLC26A4, у пациентов с потерей слуха из Республики Тыва (Южная Сибирь) / В. Ю. Данильченко, М. В. Зыцарь, Е. А. Панина [и др.] // Вавиловский журнал генетики и селекции. – 2025. – Т. 29, № 1. – С. 144-152. – DOI 10.18699/vjgb-25-17.

PY - 2025/2

Y1 - 2025/2

N2 - Патогенные варианты в гене SLC26A4 (OMIM #605646), приводящие к несиндромальной рецессивно наследуемой потере слуха 4-го типа (DFNB4) и синдрому Пендреда, вносят весомый вклад в этиологию потери слуха во многих популяциях мира. Спектр и распространенность различных патогенных вариантов гена SLC26A4 характеризуются широкой этногеографической вариабельностью. Высокая частота некоторых из них в отдельных регионах мира может свидетельствовать об их независимом возникновении или же быть следствием эффекта основателя. Доля SLC26A4-ассоциированной потери слуха у тувинских пациентов (Республика Тыва, Южная Сибирь) является одной из самых высоких в мире (28.2 %). Подавляющее большинство мутантных SLC26A4-аллелей представлено тремя патогенными вариантами – c.919-2A>G, c.2027T>A и c.1545T>G (69.3, 17.5 и 8.0 % соответственно). Суммарная частота их гетерозиготного носительства в тувинской популяции достигает 7.1 %. Накопление этих вариантов у тувинских пациентов позволяет предположить роль эффекта основателя в их распространенности на территории Тувы, что может быть подтверждено общностью генетического окружения (гаплотипов) для каждого из них. Для реконструкции гаплотипов у носителей вариантов c.1545T>G и c.2027T>A были использованы данные генотипирования панели полиморфных генетических маркеров: пяти STR-маркеров (четыре из них фланкируют на разном расстоянии ген SLC26A4 и один является внутригенным) и девяти внутригенных SNP-маркеров. Сравнительный анализ реконструированных гаплотипов для c.1545T>G и c.2027T>A с ранее полученными данными о гаплотипах для c.919-2A>G показал, что каждый из анализируемых вариантов имеет особое и сходное для всех носителей того или иного варианта генетическое окружение, по-видимому, унаследованное от различных «предков-основателей». Эти данные подтверждают роль кумулятивного эффекта основателя в распространенности патогенных вариантов с.1545T>G, c.2027T>A и c.919-2A>G гена SLC26A4 у коренного населения Республики Тыва. Полученные данные актуальны как для прогнозирования распространенности SLC26A4-обусловленной потери слуха, так и для создания регион-специфичной ДНК-диагностики наследуемой потери слуха в Республике Тыва.

AB - Патогенные варианты в гене SLC26A4 (OMIM #605646), приводящие к несиндромальной рецессивно наследуемой потере слуха 4-го типа (DFNB4) и синдрому Пендреда, вносят весомый вклад в этиологию потери слуха во многих популяциях мира. Спектр и распространенность различных патогенных вариантов гена SLC26A4 характеризуются широкой этногеографической вариабельностью. Высокая частота некоторых из них в отдельных регионах мира может свидетельствовать об их независимом возникновении или же быть следствием эффекта основателя. Доля SLC26A4-ассоциированной потери слуха у тувинских пациентов (Республика Тыва, Южная Сибирь) является одной из самых высоких в мире (28.2 %). Подавляющее большинство мутантных SLC26A4-аллелей представлено тремя патогенными вариантами – c.919-2A>G, c.2027T>A и c.1545T>G (69.3, 17.5 и 8.0 % соответственно). Суммарная частота их гетерозиготного носительства в тувинской популяции достигает 7.1 %. Накопление этих вариантов у тувинских пациентов позволяет предположить роль эффекта основателя в их распространенности на территории Тувы, что может быть подтверждено общностью генетического окружения (гаплотипов) для каждого из них. Для реконструкции гаплотипов у носителей вариантов c.1545T>G и c.2027T>A были использованы данные генотипирования панели полиморфных генетических маркеров: пяти STR-маркеров (четыре из них фланкируют на разном расстоянии ген SLC26A4 и один является внутригенным) и девяти внутригенных SNP-маркеров. Сравнительный анализ реконструированных гаплотипов для c.1545T>G и c.2027T>A с ранее полученными данными о гаплотипах для c.919-2A>G показал, что каждый из анализируемых вариантов имеет особое и сходное для всех носителей того или иного варианта генетическое окружение, по-видимому, унаследованное от различных «предков-основателей». Эти данные подтверждают роль кумулятивного эффекта основателя в распространенности патогенных вариантов с.1545T>G, c.2027T>A и c.919-2A>G гена SLC26A4 у коренного населения Республики Тыва. Полученные данные актуальны как для прогнозирования распространенности SLC26A4-обусловленной потери слуха, так и для создания регион-специфичной ДНК-диагностики наследуемой потери слуха в Республике Тыва.

KW - SLC26A4

KW - SNPs

KW - STRs

KW - Siberian populations

KW - founder effect

KW - haplotypes

KW - hearing loss

KW - pathogenic variants

KW - Потеря слуха

KW - SLC26A4

KW - Патогенные варианты

KW - STR

KW - SNP

KW - ГАПЛОТИПЫ

KW - Эффект основателя

KW - Популяции Сибири

UR - https://www.mendeley.com/catalogue/ecea35b0-c27f-367b-a9fc-99fd343a6bc3/

UR - https://elibrary.ru/item.asp?id=80489916

U2 - 10.18699/vjgb-25-17

DO - 10.18699/vjgb-25-17

M3 - статья

C2 - 40144368

VL - 29

SP - 144

EP - 152

JO - Вавиловский журнал генетики и селекции

JF - Вавиловский журнал генетики и селекции

SN - 2500-0462

IS - 1

ER -