Research output: Contribution to journal › Article › peer-review
Разработка противовирусных лекарств на основе ингибиторов главной протеазы SARS-CoV-2. / Sulimov, A. V.; Shikhaliev, Kh S.; Pyankov, O. V. et al.
In: Biomeditsinskaya Khimiya, Vol. 67, No. 3, 9, 05.2021, p. 259-267.Research output: Contribution to journal › Article › peer-review
}
TY - JOUR
T1 - Разработка противовирусных лекарств на основе ингибиторов главной протеазы SARS-CoV-2
AU - Sulimov, A. V.
AU - Shikhaliev, Kh S.
AU - Pyankov, O. V.
AU - Shcherbakov, D. N.
AU - Chirkova, V. Yu
AU - Ilin, I. S.
AU - Kutov, D. C.
AU - Tashchilova, A. S.
AU - Krysin, M. Yu
AU - Krylskiy, D. V.
AU - Stolpovskaya, N. V.
AU - Volosnikova, E. A.
AU - Belenkaya, S. V.
AU - Sulimov, V. B.
N1 - Сулимов А.В., Шихалиев Х.С., Пьянков О.В., Щербаков Д.Н., Чиркова В.Ю., Ильин И.С., Кутов Д.К., Тащилова А.С., Крысин М.Ю., Крыльский Д.В., Столповская Н.В., Волосникова Е.А., Беленькая С.В., Сулимов В.Б. Разработка противовирусных лекарств на основе ингибиторов главной протеазы SARS-CoV-2 // Биомедицинская химия. - 2021. - Т. 67. - № 3. - С. 259-267
PY - 2021/5
Y1 - 2021/5
N2 - Был проведён виртуальный скрининг с использованием докинга и методов квантовой химии лекарственно-подобных соединений базы данных Воронежского университета против главной протеазы коронавируса SARS-CoV-2, вызвавшего пандемию COVID-19. Сначала был выполнен докинг более 42 тысяч трёхмерных структур лигандов с помощью программы SOL. Далее, на основании оценки свободной энергии связывания, вычисляемой с помощью программы докинга SOL, было отобрано более тысячи лигандов для вычисления энтальпии связывания белок-лиганд с помощью квантово-химического полуэмпирического метода PM7 с учётом растворителя (воды) в неявной модели COSMO. В результате для экспериментального тестирования было отобрано 20 лигандов, показавших лучшие значения функции оценки свободной энергии связывания, вычисленной программой SOL, и энтальпии связывания, вычисленной квантово-химическим методом. В ходе экспериментального тестирования измеряли ингибирующую активность соединений против главной протеазы SARS-CoV-2 и подавление репликации этого коронавируса в культуре клеток. Ингибирование определяли с использованием пептидного субстрата с флуоресцентной меткой, включающей сайт протеолиза главной протеазы. Антивирусную активность тестировали в культуре клеток Vero. В результате экспериментального тестирования 8 молекул показали активность по ингибированию главной протеазы SARS-CoV-2 в субмикромолярном и микромолярном диапазонах IC50, и 3 из них подавляли репликацию SARS-CoV-2 в культуре клеток на уровне микромолярных значений EC50 и имели низкую цитотоксичность. Найденные химически разнообразные ингибиторы могут быть использованы для оптимизации с целью получения соединения-лидера - основы новых антивирусных препаратов прямого действия на коронавирус SARS-CoV-2.
AB - Был проведён виртуальный скрининг с использованием докинга и методов квантовой химии лекарственно-подобных соединений базы данных Воронежского университета против главной протеазы коронавируса SARS-CoV-2, вызвавшего пандемию COVID-19. Сначала был выполнен докинг более 42 тысяч трёхмерных структур лигандов с помощью программы SOL. Далее, на основании оценки свободной энергии связывания, вычисляемой с помощью программы докинга SOL, было отобрано более тысячи лигандов для вычисления энтальпии связывания белок-лиганд с помощью квантово-химического полуэмпирического метода PM7 с учётом растворителя (воды) в неявной модели COSMO. В результате для экспериментального тестирования было отобрано 20 лигандов, показавших лучшие значения функции оценки свободной энергии связывания, вычисленной программой SOL, и энтальпии связывания, вычисленной квантово-химическим методом. В ходе экспериментального тестирования измеряли ингибирующую активность соединений против главной протеазы SARS-CoV-2 и подавление репликации этого коронавируса в культуре клеток. Ингибирование определяли с использованием пептидного субстрата с флуоресцентной меткой, включающей сайт протеолиза главной протеазы. Антивирусную активность тестировали в культуре клеток Vero. В результате экспериментального тестирования 8 молекул показали активность по ингибированию главной протеазы SARS-CoV-2 в субмикромолярном и микромолярном диапазонах IC50, и 3 из них подавляли репликацию SARS-CoV-2 в культуре клеток на уровне микромолярных значений EC50 и имели низкую цитотоксичность. Найденные химически разнообразные ингибиторы могут быть использованы для оптимизации с целью получения соединения-лидера - основы новых антивирусных препаратов прямого действия на коронавирус SARS-CoV-2.
KW - Antiviral drugs
KW - CADD
KW - COVID-19
KW - Docking
KW - Drug discovery
KW - Inhibitors
KW - M
KW - Quantum chemistry
KW - SARS-CoV-2
KW - Antiviral Agents/pharmacology
KW - COVID-19
KW - Hepatitis C, Chronic
KW - Humans
KW - Molecular Docking Simulation
KW - Pandemics
KW - Peptide Hydrolases
KW - Protease Inhibitors/pharmacology
KW - SARS-CoV-2
KW - Viral Nonstructural Proteins
UR - http://www.scopus.com/inward/record.url?scp=85108602659&partnerID=8YFLogxK
UR - https://www.elibrary.ru/item.asp?id=46156252
U2 - 10.18097/PBMC20216703259
DO - 10.18097/PBMC20216703259
M3 - статья
C2 - 34142533
AN - SCOPUS:85108602659
VL - 67
SP - 259
EP - 267
JO - Biomeditsinskaya Khimiya
JF - Biomeditsinskaya Khimiya
SN - 2310-6905
IS - 3
M1 - 9
ER -
ID: 34162703