Анализ методом минигенов влияния на сплайсинг нового варианта C.1545T>G в гене SLC26A4, ассоциированного с потерей слуха

Standard

Анализ методом минигенов влияния на сплайсинг нового варианта C.1545T>G в гене SLC26A4, ассоциированного с потерей слуха. / Панина, Екатерина Алексеевна; Данильченко, Валерия Юрьевна; Зыцарь, Марина Вячеславовна et al.

In: Генетика, Vol. 61, No. 5, 2025, p. 103-109.

Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

BibTeX

@article{4e5d6a8cc6e747c7bd1d4081946b3b66,

title = "Анализ методом минигенов влияния на сплайсинг нового варианта C.1545T>G в гене SLC26A4, ассоциированного с потерей слуха",

abstract = "Патогенные варианты в гене SLC26A4 (OMIM #605646, 21 экзон), кодирующем трансмембранный белок пендрин, являются одной из наиболее значимых генетических причин потери слуха. Известно, что около 25% всех известных патогенных SLC26A4-вариантов, локализованных как в интронных, так и экзонных областях (вблизи экзон-интронных границ) гена, приводят к нарушению сплайсинга. При детальном анализе гена SLC26A4 у тувинских пациентов с потерей слуха (Республика Тыва, Южная Сибирь) был выявлен специфический спектр вариаций, включающий как уже известные патогенные варианты, так и новые варианты с пока неясным клиническим значением. Один из новых вариантов, c.1545T>G, локализован в потенциально «чувствительной» для сплайсинга позиции (1-ый нуклеотид в экзоне 14). Сегрегация этого варианта с потерей слуха, выявленная при анализе родословных пациентов, и значимое превышение его частоты в выборке пациентов по сравнению с контрольной выборкой свидетельствуют в пользу его патогенной значимости. Целью данной работы является анализ эффекта нового варианта c.1545T>G гена SLC26A4 на процесс сплайсинга с использованием генетических конструкций - минигенов. Была создана система минигенов, включающих анализируемый вариант c.1545T>G и вариант дикого типа. Исследование проведено на клеточной линии HEK293T и повторено на клетках HeLa и SW480. При сравнительном анализе паттернов сплайсинга в минигенах с вариантом c.1545T>G и дикого типа различий не было выявлено. Таким образом, вариант c.1545T>G гена SLC26A4 не приводит к нарушению сплайсинга, а его патогенный эффект может быть связан с заменой фенилаланина (Phe) на лейцин (Leu) в 515-ой аминокислотной позиции (p.Phe515Leu) белка пендрина.",

keywords = "ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ФОРМЫ ПОТЕРИ СЛУХА, ГЕН SLC26A4, ПАТОГЕННЫЕ ВАРИАНТЫ, СПЛАЙСИНГ, МИНИГЕНЫ",

author = "Панина, {Екатерина Алексеевна} and Данильченко, {Валерия Юрьевна} and Зыцарь, {Марина Вячеславовна} and Орищенко, {Константин Евгеньевич} and Посух, {Ольга Леонидовна}",

note = "Анализ методом минигенов влияния на сплайсинг нового варианта C.1545T>G в гене SLC26A4, ассоциированного с потерей слуха / Е. А. Панина, В. Ю. Данильченко, М. В. Зыцарь [и др.] // Генетика. – 2025. – Т. 61, № 5. – С. 103-109. – DOI 10.31857/S0016675825050101. – EDN TLKLJO. Все экспериментальные работы выполнены при поддержке гранта Российского научного фонда № 24-75-00029, https://rscf.ru/project/24-75-00029/. Биоинформатический анализ выполнен при поддержке гранта Министерства науки и высшего образования РФ FSUS-2024-0018.",

year = "2025",

doi = "10.31857/S0016675825050101",

language = "русский",

volume = "61",

pages = "103--109",

journal = "Генетика",

issn = "0016-6758",

publisher = "Общество с ограниченной ответственностью Международная академическая издательская компания {"}Наука/Интерпериодика{"}",

number = "5",

}

RIS

TY - JOUR

T1 - Анализ методом минигенов влияния на сплайсинг нового варианта C.1545T>G в гене SLC26A4, ассоциированного с потерей слуха

AU - Панина, Екатерина Алексеевна

AU - Данильченко, Валерия Юрьевна

AU - Зыцарь, Марина Вячеславовна

AU - Орищенко, Константин Евгеньевич

AU - Посух, Ольга Леонидовна

N1 - Анализ методом минигенов влияния на сплайсинг нового варианта C.1545T>G в гене SLC26A4, ассоциированного с потерей слуха / Е. А. Панина, В. Ю. Данильченко, М. В. Зыцарь [и др.] // Генетика. – 2025. – Т. 61, № 5. – С. 103-109. – DOI 10.31857/S0016675825050101. – EDN TLKLJO. Все экспериментальные работы выполнены при поддержке гранта Российского научного фонда № 24-75-00029, https://rscf.ru/project/24-75-00029/. Биоинформатический анализ выполнен при поддержке гранта Министерства науки и высшего образования РФ FSUS-2024-0018.

PY - 2025

Y1 - 2025

N2 - Патогенные варианты в гене SLC26A4 (OMIM #605646, 21 экзон), кодирующем трансмембранный белок пендрин, являются одной из наиболее значимых генетических причин потери слуха. Известно, что около 25% всех известных патогенных SLC26A4-вариантов, локализованных как в интронных, так и экзонных областях (вблизи экзон-интронных границ) гена, приводят к нарушению сплайсинга. При детальном анализе гена SLC26A4 у тувинских пациентов с потерей слуха (Республика Тыва, Южная Сибирь) был выявлен специфический спектр вариаций, включающий как уже известные патогенные варианты, так и новые варианты с пока неясным клиническим значением. Один из новых вариантов, c.1545T>G, локализован в потенциально «чувствительной» для сплайсинга позиции (1-ый нуклеотид в экзоне 14). Сегрегация этого варианта с потерей слуха, выявленная при анализе родословных пациентов, и значимое превышение его частоты в выборке пациентов по сравнению с контрольной выборкой свидетельствуют в пользу его патогенной значимости. Целью данной работы является анализ эффекта нового варианта c.1545T>G гена SLC26A4 на процесс сплайсинга с использованием генетических конструкций - минигенов. Была создана система минигенов, включающих анализируемый вариант c.1545T>G и вариант дикого типа. Исследование проведено на клеточной линии HEK293T и повторено на клетках HeLa и SW480. При сравнительном анализе паттернов сплайсинга в минигенах с вариантом c.1545T>G и дикого типа различий не было выявлено. Таким образом, вариант c.1545T>G гена SLC26A4 не приводит к нарушению сплайсинга, а его патогенный эффект может быть связан с заменой фенилаланина (Phe) на лейцин (Leu) в 515-ой аминокислотной позиции (p.Phe515Leu) белка пендрина.

AB - Патогенные варианты в гене SLC26A4 (OMIM #605646, 21 экзон), кодирующем трансмембранный белок пендрин, являются одной из наиболее значимых генетических причин потери слуха. Известно, что около 25% всех известных патогенных SLC26A4-вариантов, локализованных как в интронных, так и экзонных областях (вблизи экзон-интронных границ) гена, приводят к нарушению сплайсинга. При детальном анализе гена SLC26A4 у тувинских пациентов с потерей слуха (Республика Тыва, Южная Сибирь) был выявлен специфический спектр вариаций, включающий как уже известные патогенные варианты, так и новые варианты с пока неясным клиническим значением. Один из новых вариантов, c.1545T>G, локализован в потенциально «чувствительной» для сплайсинга позиции (1-ый нуклеотид в экзоне 14). Сегрегация этого варианта с потерей слуха, выявленная при анализе родословных пациентов, и значимое превышение его частоты в выборке пациентов по сравнению с контрольной выборкой свидетельствуют в пользу его патогенной значимости. Целью данной работы является анализ эффекта нового варианта c.1545T>G гена SLC26A4 на процесс сплайсинга с использованием генетических конструкций - минигенов. Была создана система минигенов, включающих анализируемый вариант c.1545T>G и вариант дикого типа. Исследование проведено на клеточной линии HEK293T и повторено на клетках HeLa и SW480. При сравнительном анализе паттернов сплайсинга в минигенах с вариантом c.1545T>G и дикого типа различий не было выявлено. Таким образом, вариант c.1545T>G гена SLC26A4 не приводит к нарушению сплайсинга, а его патогенный эффект может быть связан с заменой фенилаланина (Phe) на лейцин (Leu) в 515-ой аминокислотной позиции (p.Phe515Leu) белка пендрина.

KW - ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ФОРМЫ ПОТЕРИ СЛУХА

KW - ГЕН SLC26A4

KW - ПАТОГЕННЫЕ ВАРИАНТЫ

KW - СПЛАЙСИНГ

KW - МИНИГЕНЫ

UR - https://www.elibrary.ru/item.asp?id=82346997

U2 - 10.31857/S0016675825050101

DO - 10.31857/S0016675825050101

M3 - статья

VL - 61

SP - 103

EP - 109

JO - Генетика

JF - Генетика

SN - 0016-6758

IS - 5

ER -

ID: 74479406