Standard

Определение и сравнительный анализ геномной структуры сибирских штаммов вируса клещевого энцефалита европейского субтипа. / Demina, T. V.; Kozlova, I. V.; Tkachev, S. E. et al.

In: Voprosy Virusologii, Vol. 63, No. 1, 4, 2018, p. 29-36.

Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

Harvard

Demina, TV, Kozlova, IV, Tkachev, SE, Doroshchenko, EK, Lisak, OV, Savinova, YS, Suntsova, OV, Verkhozina, MM, Dzhloev, YP, Paramonov, AI, Kiselev, DO & Zlobln, VI 2018, 'Определение и сравнительный анализ геномной структуры сибирских штаммов вируса клещевого энцефалита европейского субтипа', Voprosy Virusologii, vol. 63, no. 1, 4, pp. 29-36. https://doi.org/10.18821/0507-4088-2018-63-1-29-36

APA

Demina, T. V., Kozlova, I. V., Tkachev, S. E., Doroshchenko, E. K., Lisak, O. V., Savinova, Y. S., Suntsova, O. V., Verkhozina, M. M., Dzhloev, Y. P., Paramonov, A. I., Kiselev, D. O., & Zlobln, V. I. (2018). Определение и сравнительный анализ геномной структуры сибирских штаммов вируса клещевого энцефалита европейского субтипа. Voprosy Virusologii, 63(1), 29-36. [4]. https://doi.org/10.18821/0507-4088-2018-63-1-29-36

Vancouver

Author

BibTeX

@article{13044f9c00de484e92d4c4b8c377c24e,
title = "Определение и сравнительный анализ геномной структуры сибирских штаммов вируса клещевого энцефалита европейского субтипа",
abstract = "Вирус клещевого энцефалита (ВКЭ, TBEV) делится на 3 субтипа: дальневосточный (ВКЭ-ДВС, TBEV-FE), европейский (ВКЭ-Евр, TBEV-Eur) и сибирский (ВКЭ-Сиб, TBEV-Sib). В России их также принято называть соответственно генотипами 1, 2 и 3. Географически ВКЭ-Евр доминирует в Центральной и Северной Европе, но его представители встречаются и восточнее - по южной части лесной зоны внетропической Евразии вплоть до Восточной Сибири и Южной Кореи. Однако штаммы, изолированные за пределами Европы, остаются малоизученными. В предлагаемом исследовании определено 8 и сопоставлено 13 полных геномов сибирских изолятов ВКЭ-Евр. Анализ 152 депонированных в GenBank полногеномных последовательностей ВКЭ показал, что ВКЭ-Евр на территории всего евроазиатского ареала обладает более высокой степенью стабильности кодирующей части генома (3,1% различий) по сравнению с ВКЭ-ДВС (6,6%) и ВКЭ-Сиб (7,8%). При этом максимальные показатели различий отмечаются не между европейскими и сибирскими штаммами, как можно было бы ожидать, а между представителями из Европы. Это штаммы Mandl-2009 из Норвегии и Hypr из Чешской Республики. Исследованные штаммы из Сибири входят в состав компактного генетического кластера из 42 штаммов ВКЭ-Евр и подразделяются на 2 субкластера - западносибирский и восточносибирский варианты. Эти варианты отличаются по сочетаниям аминокислотных замен во всех белках, кроме NS2B. Западносибирский вариант в основном циркулирует на территории Алтая, а ближайшим родственником его представителей является штамм Absettarov из европейской части России. Штаммы, аналогичные восточносибирскому варианту европейского субтипа, зафиксированы на Алтае (штамм 84.2, 2007) и в Беларуси (N256, предположительно 1940).",
keywords = "Amino acids substitutions, Genetic variability, Genotype, Polyprotein, Subtype, TBE, TBEV",
author = "Demina, {T. V.} and Kozlova, {I. V.} and Tkachev, {S. E.} and Doroshchenko, {E. K.} and Lisak, {O. V.} and Savinova, {Yu S.} and Suntsova, {O. V.} and Verkhozina, {M. M.} and Dzhloev, {Yu P.} and Paramonov, {A. I.} and Kiselev, {D. O.} and Zlobln, {V. I.}",
note = "Дёмина Т.В., Козлова И.В., Ткачёв С.Е., Дорощенко Е.К., Лисак О.В., Савинова Ю.С., Сунцова О.В., Верхозина М.М., Джиоев Ю.П., Парамонов А.И., Киселёв Д.О., Злобин В.И. Определение и сравнительный анализ геномной структуры сибирских штаммов вируса клещевого энцефалита европейского субтипа // Вопросы вирусологии. - 2018. - Т. 63. - № 1. - С. 29-36",
year = "2018",
doi = "10.18821/0507-4088-2018-63-1-29-36",
language = "русский",
volume = "63",
pages = "29--36",
journal = "Вопросы вирусологии",
issn = "0507-4088",
publisher = "Федеральное бюджетное учреждение науки {"}Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии{"} Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека",
number = "1",

}

RIS

TY - JOUR

T1 - Определение и сравнительный анализ геномной структуры сибирских штаммов вируса клещевого энцефалита европейского субтипа

AU - Demina, T. V.

AU - Kozlova, I. V.

AU - Tkachev, S. E.

AU - Doroshchenko, E. K.

AU - Lisak, O. V.

AU - Savinova, Yu S.

AU - Suntsova, O. V.

AU - Verkhozina, M. M.

AU - Dzhloev, Yu P.

AU - Paramonov, A. I.

AU - Kiselev, D. O.

AU - Zlobln, V. I.

N1 - Дёмина Т.В., Козлова И.В., Ткачёв С.Е., Дорощенко Е.К., Лисак О.В., Савинова Ю.С., Сунцова О.В., Верхозина М.М., Джиоев Ю.П., Парамонов А.И., Киселёв Д.О., Злобин В.И. Определение и сравнительный анализ геномной структуры сибирских штаммов вируса клещевого энцефалита европейского субтипа // Вопросы вирусологии. - 2018. - Т. 63. - № 1. - С. 29-36

PY - 2018

Y1 - 2018

N2 - Вирус клещевого энцефалита (ВКЭ, TBEV) делится на 3 субтипа: дальневосточный (ВКЭ-ДВС, TBEV-FE), европейский (ВКЭ-Евр, TBEV-Eur) и сибирский (ВКЭ-Сиб, TBEV-Sib). В России их также принято называть соответственно генотипами 1, 2 и 3. Географически ВКЭ-Евр доминирует в Центральной и Северной Европе, но его представители встречаются и восточнее - по южной части лесной зоны внетропической Евразии вплоть до Восточной Сибири и Южной Кореи. Однако штаммы, изолированные за пределами Европы, остаются малоизученными. В предлагаемом исследовании определено 8 и сопоставлено 13 полных геномов сибирских изолятов ВКЭ-Евр. Анализ 152 депонированных в GenBank полногеномных последовательностей ВКЭ показал, что ВКЭ-Евр на территории всего евроазиатского ареала обладает более высокой степенью стабильности кодирующей части генома (3,1% различий) по сравнению с ВКЭ-ДВС (6,6%) и ВКЭ-Сиб (7,8%). При этом максимальные показатели различий отмечаются не между европейскими и сибирскими штаммами, как можно было бы ожидать, а между представителями из Европы. Это штаммы Mandl-2009 из Норвегии и Hypr из Чешской Республики. Исследованные штаммы из Сибири входят в состав компактного генетического кластера из 42 штаммов ВКЭ-Евр и подразделяются на 2 субкластера - западносибирский и восточносибирский варианты. Эти варианты отличаются по сочетаниям аминокислотных замен во всех белках, кроме NS2B. Западносибирский вариант в основном циркулирует на территории Алтая, а ближайшим родственником его представителей является штамм Absettarov из европейской части России. Штаммы, аналогичные восточносибирскому варианту европейского субтипа, зафиксированы на Алтае (штамм 84.2, 2007) и в Беларуси (N256, предположительно 1940).

AB - Вирус клещевого энцефалита (ВКЭ, TBEV) делится на 3 субтипа: дальневосточный (ВКЭ-ДВС, TBEV-FE), европейский (ВКЭ-Евр, TBEV-Eur) и сибирский (ВКЭ-Сиб, TBEV-Sib). В России их также принято называть соответственно генотипами 1, 2 и 3. Географически ВКЭ-Евр доминирует в Центральной и Северной Европе, но его представители встречаются и восточнее - по южной части лесной зоны внетропической Евразии вплоть до Восточной Сибири и Южной Кореи. Однако штаммы, изолированные за пределами Европы, остаются малоизученными. В предлагаемом исследовании определено 8 и сопоставлено 13 полных геномов сибирских изолятов ВКЭ-Евр. Анализ 152 депонированных в GenBank полногеномных последовательностей ВКЭ показал, что ВКЭ-Евр на территории всего евроазиатского ареала обладает более высокой степенью стабильности кодирующей части генома (3,1% различий) по сравнению с ВКЭ-ДВС (6,6%) и ВКЭ-Сиб (7,8%). При этом максимальные показатели различий отмечаются не между европейскими и сибирскими штаммами, как можно было бы ожидать, а между представителями из Европы. Это штаммы Mandl-2009 из Норвегии и Hypr из Чешской Республики. Исследованные штаммы из Сибири входят в состав компактного генетического кластера из 42 штаммов ВКЭ-Евр и подразделяются на 2 субкластера - западносибирский и восточносибирский варианты. Эти варианты отличаются по сочетаниям аминокислотных замен во всех белках, кроме NS2B. Западносибирский вариант в основном циркулирует на территории Алтая, а ближайшим родственником его представителей является штамм Absettarov из европейской части России. Штаммы, аналогичные восточносибирскому варианту европейского субтипа, зафиксированы на Алтае (штамм 84.2, 2007) и в Беларуси (N256, предположительно 1940).

KW - Amino acids substitutions

KW - Genetic variability

KW - Genotype

KW - Polyprotein

KW - Subtype

KW - TBE

KW - TBEV

UR - http://www.scopus.com/inward/record.url?scp=85059564176&partnerID=8YFLogxK

UR - https://elibrary.ru/item.asp?id=32422764

U2 - 10.18821/0507-4088-2018-63-1-29-36

DO - 10.18821/0507-4088-2018-63-1-29-36

M3 - статья

AN - SCOPUS:85059564176

VL - 63

SP - 29

EP - 36

JO - Вопросы вирусологии

JF - Вопросы вирусологии

SN - 0507-4088

IS - 1

M1 - 4

ER -

ID: 27709612