1. 2024
  2. A bird's-eye overview of molecular mechanisms regulating feed intake in chickens—with mammalian comparisons

    Volyanskaya, A. R., Akberdin, I. R., Kulyashov, M. A., Yevshin, I. S., Romanov, M. N., Shagimardanova, E. I., Gusev, O. A. & Kolpakov, F. A., 1 июн. 2024, в: Animal Nutrition. 17, стр. 61-74

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  3. Physiologically based pharmacokinetic model for predicting the biodistribution of albumin nanoparticles after induction and recovery from acute lung injury

    Акбердин, И. Р., 8 мая 2024, в: Heliyon.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  4. 2023
  5. State-of the-Art Constraint-Based Modeling of Microbial Metabolism: From Basics to Context-Specific Models with a Focus on Methanotrophs

    Куляшов, М. А., Колмыков, С. К., Хлебодарова, Т. М. & Акбердин, И. Р., 14 дек. 2023, в: Microorganisms. 11, 12, 22 стр., 2987.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхобзорная статьяРецензирование

  6. Delay-differential SEIR modeling for improved modelling of infection dynamics

    Киселев, И., Акбердин, И. Р. & Колпаков, Ф., 18 авг. 2023, в: Scientific Reports. 13, 1, 15 стр., 13439.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  7. Numerous Trigger-like Interactions of Kinases/Protein Phosphatases in Human Skeletal Muscles Can Underlie Transient Processes in Activation of Signaling Pathways during Exercise

    Vertyshev, A. Y., Akberdin, I. R. & Kolpakov, F. A., 7 июл. 2023, в: International Journal of Molecular Sciences. 24, 13, 11223.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхобзорная статьяРецензирование

  8. Impact of Negative Feedbacks on De Novo Pyrimidines Biosynthesis in Escherichia coli

    Akberdin, I. R., Kozlov, K. N., Kazantsev, F. V., Fadeev, S. I., Likhoshvai, V. A. & Khlebodarova, T. M., 2 мар. 2023, в: International Journal of Molecular Sciences. 24, 5, 4806.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  9. 2022
  10. Physiologically Based Pharmacokinetic Modeling of Nanoparticle Biodistribution: A Review of Existing Models, Simulation Software, and Data Analysis Tools

    Кутумова, Е. О., Акбердин, И. Р., Киселев, И. Н., Шарипов, Р. Н., Егорова, В. С., Сырочева, А. О., Parodi, A., Замятнин, А. А. & Колпаков, Ф. А., 19 окт. 2022, в: International Journal of Molecular Sciences. 23, 20, 22 стр., 12560.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхобзорная статьяРецензирование

  11. BioUML—towards a universal research platform

    Колпаков, Ф., Акбердин, И. Р., Киселев, И., Колмыков, С. К., Кондрахин, Ю., Куляшов, М. А., Кутумова, Е., Пинтус, С. С., Рябова, А., Шарипов, Р. Н., Евшин, И., Жатченко, С. & Кель, А., 5 июл. 2022, в: Nucleic Acids Research. 50, W1, стр. W124-W131 8 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  12. Multicompartmental Mathematical Model of SARS-CoV-2 Distribution in Human Organs and Their Treatment

    Afonyushkin, V. N., Акбердин, И. Р., Kozlova, Y., Щукин, И. А., Mironova, T., Bobikova, A., Cherepushkina, V., Donchenko, N., Poletaeva, Y. E. & Колпаков, Ф., 1 июн. 2022, в: Mathematics. 10, 11, 1925.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  13. Modular Representation of Physiologically Based Pharmacokinetic Models: Nanoparticle Delivery to Solid Tumors in Mice as an Example

    Kutumova, E., Akberdin, I., Kiselev, I., Sharipov, R. & Kolpakov, F., 1 апр. 2022, в: Mathematics. 10, 7, 20 стр., 1176.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  14. 2021
  15. A modular mathematical model of exercise-induced changes in metabolism, signaling, and gene expression in human skeletal muscle

    Akberdin, I. R., Kiselev, I. N., Pintus, S. S., Sharipov, R. N., Vertyshev, A. Y., Vinogradova, O. L., Popov, D. V. & Kolpakov, F. A., 1 окт. 2021, в: International Journal of Molecular Sciences. 22, 19, 10353.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  16. Genome-wide atlas of promoter expression reveals contribution of transcribed regulatory elements to genetic control of disuse-mediated atrophy of skeletal muscle

    Pintus, S. S., Akberdin, I. R., Yevshin, I., Makhnovskii, P., Tyapkina, O., Nigmetzyanov, I., Nurullin, L., Devyatiyarov, R., Shagimardanova, E., Popov, D., Kolpakov, F. A., Gusev, O. & Gazizova, G. R., июн. 2021, в: Biology. 10, 6, 557.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  17. 2020
  18. The phylogeny of class b flavoprotein monooxygenases and the origin of the yucca protein family

    Turnaev, I. I., Gunbin, K. V., Suslov, V. V., Akberdin, I. R., Kolchanov, N. A. & Afonnikov, D. A., 1 сент. 2020, в: Plants. 9, 9, стр. 1-22 22 стр., 1092.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  19. A genome-scale metabolic model of 2,3-butanediol production by thermophilic bacteria geobacillus icigianus

    Kulyashov, M., Peltek, S. E. & Akberdin, I. R., 1 июл. 2020, в: Microorganisms. 8, 7, стр. 1-13 13 стр., 1002.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  20. A mathematical model linking Ca2+-dependent signaling pathway and gene expression regulation in Human Skeletal Muscle

    Akberdin, I. R., Vertyshev, A. Y., Pintus, S. S., Popov, D. V. & Kolpakov, F. A., 1 янв. 2020, в: Mathematical Biology and Bioinformatics. 15, 1, стр. 20-39 20 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  21. 2019
  22. BioUML: an integrated environment for systems biology and collaborative analysis of biomedical data

    Kolpakov, F., Akberdin, I., Kashapov, T., Kiselev, L., Kolmykov, S., Kondrakhin, Y., Kutumova, E., Mandrik, N., Pintus, S., Ryabova, A., Sharipov, R., Yevshin, I. & Kel, A., 1 июл. 2019, в: Nucleic Acids Research. 47, W1, стр. W225-W233 9 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  23. A modular visual model of energy metabolism in human skeletal muscle

    Kiselev, I. N., Akberdin, I. R., Vertyshev, A. Y., D.V., P. & Kolpakov, F. A., 1 янв. 2019, в: Mathematical Biology and Bioinformatics. 14, 2, стр. 373-392 20 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  24. 2018
  25. Rare Earth Elements alter redox balance in methylomicrobium alcaliphilum 20ZR

    Akberdin, I. R., Collins, D. A., Hamilton, R., Oshchepkov, D. Y., Shukla, A. K., Nicora, C. D., Nakayasu, E. S., Adkins, J. N. & Kalyuzhnaya, M. G., 27 нояб. 2018, в: Frontiers in Microbiology. 9, NOV, стр. 2735 12 стр., 2735.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  26. Pluripotency gene network dynamics: System views from parametric analysis

    Akberdin, I. R., Omelyanchuk, N. A., Fadeev, S. I., Leskova, N. E., Oschepkova, E. A., Kazantsev, F. V., Matushkin, Y. G., Afonnikov, D. A. & Kolchanov, N. A., 29 мар. 2018, в: PLoS ONE. 13, 3, стр. e0194464 24 стр., 0194464.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  27. Correction: Methane utilization in Methylomicrobium alcaliphilum 20ZR: A systems approach (Scientific Reports (2017) DOI: 10.1038/s41598-018-20574-z): a systems approach (vol 8, 2017)

    Akberdin, I. R., Thompson, M., Hamilton, R., Desai, N., Alexander, D., Henard, C. A., Guarnieri, M. T. & Kalyuzhnaya, M. G., 14 мар. 2018, в: Scientific Reports. 8, 1, стр. 4753 1 стр., 4753.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхкомментарий, выступлениеРецензирование

  28. Methane utilization in Methylomicrobium alcaliphilum 20ZR: A systems approach

    Akberdin, I. R., Thompson, M., Hamilton, R., Desai, N., Alexander, D., Henard, C. A., Guarnieri, M. T. & Kalyuzhnaya, M. G., 6 февр. 2018, в: Scientific Reports. 8, 1, стр. 2512 13 стр., 2512.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  29. MAMMOTh: A new database for curated mathematical models of biomolecular systems

    Kazantsev, F., Akberdin, I., Lashin, S., Ree, N., Timonov, V., Ratushny, A., Khlebodarova, T. & Likhoshvai, V., 1 февр. 2018, в: Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 16, 1, 16 стр., 1740010.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

ID: 3432692