1. 2021
  2. Genome-wide atlas of promoter expression reveals contribution of transcribed regulatory elements to genetic control of disuse-mediated atrophy of skeletal muscle

    Pintus, S. S., Akberdin, I. R., Yevshin, I., Makhnovskii, P., Tyapkina, O., Nigmetzyanov, I., Nurullin, L., Devyatiyarov, R., Shagimardanova, E., Popov, D., Kolpakov, F. A., Gusev, O. & Gazizova, G. R., июн. 2021, в: Biology. 10, 6, 557.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  3. A Sight on Single-Cell Transcriptomics in Plants Through the Prism of Cell-Based Computational Modeling Approaches: Benefits and Challenges for Data Analysis

    Bobrovskikh, A., Doroshkov, A., Mazzoleni, S., Cartenì, F., Giannino, F. & Zubairova, U., 21 мая 2021, в: Frontiers in Genetics. 12, стр. 652974 652974.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхобзорная статьяРецензирование

  4. Do autism spectrum and autoimmune disorders share predisposition gene signature due to mtor signaling pathway controlling expression?

    Trifonova, E. A., Klimenko, A. I., Mustafin, Z. S., Lashin, S. A. & Kochetov, A. V., 16 мая 2021, в: International Journal of Molecular Sciences. 22, 10, 5248.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  5. Comparative transcriptome profiling of a resistant vs susceptible bread wheat (Triticum aestivum L.) cultivar in response to water deficit and cold stress

    Konstantinov, D. K., Zubairova, U. S., Ermakov, A. A. & Doroshkov, A. V., мая 2021, в: PeerJ. 9, стр. e11428 e11428.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  6. Вироид веретеновидности клубней картофеля

    Kochetov, A. V., Pronozin, A. Y., Shatskaya, N. V., Afonnikov, D. A. & Afanasenko, O. S., мая 2021, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 25, 3, стр. 269-275 7 стр., 3.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  7. Tissue-specific transcriptome profiling of the Arabidopsis inflorescence stem reveals local cellular signatures

    Shi, D., Jouannet, V., Agustí, J., Kaul, V., Levitsky, V., Sanchez, P., Mironova, V. V. & Greb, T., 17 апр. 2021, в: The Plant cell. 33, 2, стр. 200-223 24 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  8. Рибосомное профилирование как инструмент исследования трансляции у растений: основные итоги, проблемы и перспективы

    Afonnikov, D. A., Sinitsyna, O. I., Golubeva, T. S., Shmakov, N. A. & Kochetov, A. V., мар. 2021, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 25, 3, стр. 251-259 9 стр., 1.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  9. Технологии поиска и исследования потенциально осциллирующих ферментативных систем

    Lakhova, T. N., Kazantsev, F. V., Lashin, S. A. & Matushkin, Y. G., мар. 2021, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 25, 3, стр. 318-330 13 стр., 9.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  10. Геномная изменчивость в регуляторных районах генов, ассоциированная с заболеваниями человека: механизмы влияния на транскрипцию генов и полногеномные информационные ресурсы, обеспечивающие исследование этих механизмов

    Ignatieva, E. V. & Matrosova, E. A., февр. 2021, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 25, 1, стр. 18-29 12 стр., 2.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  11. Метод поиска структурной гетерогенности сайтов связывания транскрипционных факторов с использованием альтернативных de novo моделей на примере FOXA2

    Tsukanov, A. V., Levitsky, V. G. & Merkulova, T. I., февр. 2021, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 25, 1, стр. 7-17 11 стр., 1.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  12. Определение количественного содержания хлорофиллов в листьях по спектрам отражения алгоритмом случайного леса

    Urbanovich, E. A., Afonnikov, D. A. & Nikolaev, S. V., февр. 2021, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 25, 1, стр. 64-70 7 стр., 7.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  13. Филостратиграфический анализ генных сетей заболеваний человека

    Mustafin, Z. S., Lashin, S. A. & Matushkin, Y. G., янв. 2021, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 25, 1, стр. 46-56 11 стр., 5.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  14. Hypoxia exerts oxidative stress and changes in expression of antioxidant enzyme genes in gills of Mytilus galloprovincialis (Lamarck, 1819)

    Andreyeva, A. Y., Gostyukhina, O. L., Kladchenko, E. S., Afonnikov, D. A., Rasskazov, D. A., Lantushenko, A. O. & Vodiasova, E. A., 2021, в: Marine Biology Research. 17, 4, стр. 369-379 11 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  15. The Web Platform for Storing Biotechnologically Significant Properties of Bacterial Strains

    Mukhin, A. M., Kazantsev, F. V., Klimenko, A. I., Lakhova, T. N., Demenkov, P. S. & Lashin, S. A., 2021, Parallel Computing Technologies - 16th International Conference, PaCT 2021, Proceedings. Malyshkin, V. (ред.). Springer, стр. 445-450 6 стр. (Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics); том 12942 LNCS).

    Результаты исследований: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференцийстатья в сборнике материалов конференциинаучнаяРецензирование

  16. 2020
  17. Nucleosome positioning around transcription start site correlates with gene expression only for active chromatin state in drosophila interphase chromosomes

    Levitsky, V. G., Zykova, T. Y., Moshkin, Y. M. & Zhimulev, I. F., 1 дек. 2020, в: International Journal of Molecular Sciences. 21, 23, стр. 1-10 10 стр., 9282.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  18. A new approach to estimating the prevalence of hereditary hearing loss: An analysis of the distribution of sign language users based on census data in Russia

    Romanov, G. P., Pshennikova, V. G., Lashin, S. A., Solovyev, A. V., Teryutin, F. M., Cherdonova, A. M., Borisova, T. V., Sazonov, N. N., Khusnutdinova, E. K., Posukh, O. L., Fedorova, S. A. & Barashkov, N. A., нояб. 2020, в: PLoS ONE. 15, 11 November, стр. e0242219 e0242219.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  19. Architecture of DNA elements mediating ARF transcription factor binding and auxin-responsive gene expression in Arabidopsis

    Freire-Rios, A., Tanaka, K., Crespo, I., Van der Wijk, E., Sizentsova, Y., Levitsky, V., Lindhoud, S., Fontana, M., Hohlbein, J., Roeland Boer, D., Mironova, V. & Weijers, D., 29 сент. 2020, в: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 117, 39, стр. 24557-24566 10 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  20. The phylogeny of class b flavoprotein monooxygenases and the origin of the yucca protein family

    Turnaev, I. I., Gunbin, K. V., Suslov, V. V., Akberdin, I. R., Kolchanov, N. A. & Afonnikov, D. A., 1 сент. 2020, в: Plants. 9, 9, стр. 1-22 22 стр., 1092.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  21. Asymmetric conservation within pairs of co-occurred motifs mediates weak direct binding of transcription factors in chip-seq data

    Levitsky, V., Oshchepkov, D., Zemlyanskaya, E. & Merkulova, T., 21 авг. 2020, в: International Journal of Molecular Sciences. 21, 17, стр. 1-22 22 стр., 6023.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  22. The Effects of Chronic Stress on Brain Myelination in Humans and in Various Rodent Models

    Antontseva, E., Bondar, N., Reshetnikov, V. & Merkulova, T., 10 авг. 2020, в: Neuroscience. 441, стр. 226-238 13 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхобзорная статьяРецензирование

  23. Subcellular compartmentalization of the plant antioxidant system: an integrated overview

    Bobrovskikh, A., Zubairova, U., Kolodkin, A. & Doroshkov, A., 16 июл. 2020, в: PeerJ. 8, стр. e9451 27 стр., e9451.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхобзорная статьяРецензирование

  24. A genome-scale metabolic model of 2,3-butanediol production by thermophilic bacteria geobacillus icigianus

    Kulyashov, M., Peltek, S. E. & Akberdin, I. R., 1 июл. 2020, в: Microorganisms. 8, 7, стр. 1-13 13 стр., 1002.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  25. Analysis of color and texture characteristics of cereals on digital images

    Komyshev, E. G., Genaev, M. A. & Afonnikov, D. A., июл. 2020, в: Вавиловский журнал генетики и селекции. 24, 4, стр. 340-347 8 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхобзорная статьяРецензирование

  26. Application of neural networks to image recognition of wheat rust diseases

    Genaev, M., Ekaterina, S. & Afonnikov, D., июл. 2020, Proceedings - 2020 Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics, CSGB 2020. Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc., стр. 40-42 3 стр. 9214703. (Proceedings - 2020 Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics, CSGB 2020).

    Результаты исследований: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференцийстатья в сборнике материалов конференциинаучнаяРецензирование

  27. GPU Based Composite Elements Discovery in Large DNADatasets

    Vishnevsky, O., Bocharnikov, A. & Kolchanov, N., июл. 2020, Proceedings - 2020 Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics, CSGB 2020. Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc., стр. 135-138 4 стр. 9214777. (Proceedings - 2020 Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics, CSGB 2020).

    Результаты исследований: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференцийстатья в сборнике материалов конференциинаучнаяРецензирование

  28. Mathematical and Numerical Models of the Central Regulatory Circuit of the Morphogenesis System of Drosophila

    Bukharina, T. A., Akinshin, A. A., Golubyatnikov, V. P. & Furman, D. P., 1 мая 2020, в: Journal of Applied and Industrial Mathematics. 14, 2, стр. 249-255 7 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  29. rs2072580T>A Polymorphism in the Overlapping Promoter Regions of the SART3 and ISCU Genes Associated with the Risk of Breast Cancer

    Degtyareva, A. O., Leberfarb, E. Y., Efimova, E. G., Brusentsov, I. I., Usova, A. V., Lushnikova, E. L. & Merkulova, T. I., 1 мая 2020, в: Bulletin of Experimental Biology and Medicine. 169, 1, стр. 81-84 4 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  30. Specification and regulation of vascular tissue identity in the Arabidopsis embryo

    Smit, M. E., Llavata-Peris, C. I., Roosjen, M., van Beijnum, H., Novikova, D., Levitsky, V., Sevilem, I., Roszak, P., Slane, D., Jürgens, G., Mironova, V., Brady, S. M. & Weijers, D., 20 апр. 2020, в: Development (Cambridge). 147, 8, 15 стр., dev186130.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  31. Fold-change-specific enrichment analysis (FSEA): Quantification of transcriptional response magnitude for functional gene groups

    Wiebe, D. S., Omelyanchuk, N. A., Mukhin, A. M., Grosse, I., Lashin, S. A., Zemlyanskaya, E. V. & Mironova, V. V., 17 апр. 2020, в: Genes. 11, 4, 14 стр., 434.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  32. Genes containing long introns occupy series of bands and interbands in drosophila melanogaster polytene chromosomes

    Khoroshko, V. A., Pokholkova, G. V., Levitsky, V. G., Zykova, T. Y., Antonenko, O. V., Belyaeva, E. S. & Zhimulev, I. F., апр. 2020, в: Genes. 11, 4, 32 стр., 417.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  33. Faint gray bands in Drosophila melanogaster polytene chromosomes are formed by coding sequences of housekeeping genes

    Demakova, O. V., Demakov, S. A., Boldyreva, L. V., Zykova, T. Y., Levitsky, V. G., Semeshin, V. F., Pokholkova, G. V., Sidorenko, D. S., Goncharov, F. P., Belyaeva, E. S. & Zhimulev, I. F., 1 мар. 2020, в: Chromosoma. 129, 1, стр. 25-44 20 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  34. Использование гиперспектральной камеры Specim IQ для анализа растений

    Alt, V. V., Gurova, T. A., Elkin, O. V., Klimenko, D. N., Maximov, L. V., Pestunov, I. A., Dubrovskaya, O. A., Genaev, M. A., Erst, T. V., Genaev, K. A., Komyshev, E. G., Khlestkin, V. K. & Afonnikov, D. A., 1 мар. 2020, в: Вавиловский журнал генетики и селекции. 24, 3, стр. 259-266 8 стр., 6.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  35. Candidate snp markers of atherogenesis significantly shifting the affinity of TATA-binding protein for human gene promoters show stabilizing natural selection as a sum of neutral drift accelerating atherogenesis and directional natural selection slowing it

    Ponomarenko, M., Rasskazov, D., Chadaeva, I., Sharypova, E., Drachkova, I., Oshchepkov, D., Ponomarenko, P., Savinkova, L., Oshchepkova, E., Nazarenko, M. & Kolchanov, N., 5 февр. 2020, в: International Journal of Molecular Sciences. 21, 3, 41 стр., 1045.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  36. Computer Simulation of the Evolution of Microbial Population: Overcoming Local Minima When Reaching a Peak on the Fitness Landscape

    Lashin, S. A., Mustafin, Z. S., Klimenko, A. I., Afonnikov, D. A. & Matushkin, Y. G., 1 февр. 2020, в: Russian Journal of Genetics. 56, 2, стр. 242-252 11 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  37. Identification of Antimicrobial Peptides from Novel Lactobacillus fermentum Strain

    Pavlova, A. S., Ozhegov, G. D., Arapidi, G. P., Butenko, I. O., Fomin, E. S., Alemasov, N. A., Afonnikov, D. A., Yarullina, D. R., Ivanov, V. T., Govorun, V. M. & Kayumov, A. R., 1 февр. 2020, в: Protein Journal. 39, 1, стр. 73-84 12 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  38. The Effect of Meditation on Comprehension of Statements About One-Self and Others: A Pilot ERP and Behavioral Study

    Savostyanov, A., Tamozhnikov, S., Bocharov, A., Saprygin, A., Matushkin, Y., Lashin, S., Kolpakova, G., Sudobin, K. & Knyazev, G., 9 янв. 2020, в: Frontiers in Human Neuroscience. 13, 12 стр., 437.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  39. A mathematical model linking Ca2+-dependent signaling pathway and gene expression regulation in Human Skeletal Muscle

    Akberdin, I. R., Vertyshev, A. Y., Pintus, S. S., Popov, D. V. & Kolpakov, F. A., 1 янв. 2020, в: Mathematical Biology and Bioinformatics. 15, 1, стр. 20-39 20 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  40. Potential regulatory SNPs in the ATXN7L3B and KRT15 genes are associated with gender-specific colorectal cancer risk

    Leberfarb, E. Y., Degtyareva, A. O., Brusentsov, I. I., Maximov, V. N., Voevoda, M. I., Autenshlus, A. I., Morozov, D. V., Sokolov, A. V. & Merkulova, T. I., янв. 2020, в: Personalized Medicine. 17, 1, стр. 43-54 12 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  41. Rdbms And Nosql Based Hybrid Technology for Transcriptome Data Structuring and Processing

    Mukhin, A. M., Genaev, M. A., Rasskazov, D. A., Lashin, S. A. & Afonnikov, D. A., 2020, в: Mathematical Biology and Bioinformatics. 15, 2, стр. 455-470 16 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  42. 2019
  43. The mTOR signaling pathway activity and vitamin d availability control the expression of most autism predisposition genes

    Trifonova, E. A., Klimenko, A. I., Mustafin, Z. S., Lashin, S. A. & Kochetov, A. V., 15 дек. 2019, в: International Journal of Molecular Sciences. 20, 24, 14 стр., 6332.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  44. A single ChIP-seq dataset is sufficient for comprehensive analysis of motifs co-occurrence with MCOT package

    Levitsky, V., Zemlyanskaya, E., Oshchepkov, D., Podkolodnaya, O., Ignatieva, E., Grosse, I., Mironova, V. & Merkulova, T., 2 дек. 2019, в: Nucleic Acids Research. 47, 21, стр. e139 14 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  45. Stress-induced changes in the expression of antioxidant system genes for rice (Oryza sativa L.) and bread wheat (Triticum aestivum L.)

    Ermakov, A., Bobrovskikh, A., Zubairova, U., Konstantinov, D. & Doroshkov, A., 29 нояб. 2019, в: PeerJ. 7, 11, стр. e7791 28 стр., e7791.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  46. Phylostratigraphic analysis shows the earliest origination of the abiotic stress associated genes in a. Thaliana

    Mustafin, Z. S., Zamyatin, V. I., Konstantinov, D. K., Doroshkov, A. V., Lashin, S. A. & Afonnikov, D. A., 22 нояб. 2019, в: Genes. 10, 12, 27 стр., 963.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  47. Behavior and Depression Gene Networks Reconstruction and Analysis

    Ivanov, R. A., Zamyatin, V. I., Klimenko, A. I., Astakhova, T. N., Matushkin, Y. G., Savostyanov, A. N. & Lashin, S. A., окт. 2019, SIBIRCON 2019 - International Multi-Conference on Engineering, Computer and Information Sciences, Proceedings. Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc., стр. 361-365 5 стр. 8958072. (SIBIRCON 2019 - International Multi-Conference on Engineering, Computer and Information Sciences, Proceedings).

    Результаты исследований: Публикации в книгах, отчётах, сборниках, трудах конференцийстатья в сборнике материалов конференциинаучнаяРецензирование

  48. Reconstruction and Analysis of Gene Networks of Human Neurotransmitter Systems Reveal Genes with Contentious Manifestation for Anxiety, Depression, and Intellectual Disabilities

    Ivanov, R., Zamyatin, V., Klimenko, A., Matushkin, Y., Savostyanov, A. & Lashin, S., 11 сент. 2019, в: Genes. 10, 9, 14 стр., 699.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  49. Candidate SNP Markers of Atherosclerosis That May Significantly Change the Affinity of the TATA-Binding Protein for the Human Gene Promoters

    Ponomarenko, M. P., Rasskazov, D. A., Chadaeva, I. V., Sharypova, E. B., Drachkova, I. A., Ponomarenko, P. M., Oshchepkova, E. A., Savinkova, L. K. & Kolchanov, N. A., 1 сент. 2019, в: Russian Journal of Genetics. 55, 9, стр. 1137-1151 15 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  50. Shaping Ethylene Response: The Role of EIN3/EIL1 Transcription Factors

    Dolgikh, V. A., Pukhovaya, E. M. & Zemlyanskaya, E. V., 26 авг. 2019, в: Frontiers in Plant Science. 10, стр. 1030 9 стр., 1030.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхобзорная статьяРецензирование

  51. Candidate SNP-markers of rheumatoid arthritis that can significantly alter the affinity of the TATA-binding protein for human gene promoters

    Chadaeva, I. V., Rasskazov, D. A., Sharypova, E. B., Drachkova, I. A., Oshchepkova, E. A., Savinkova, L. K., Ponomarenko, P. M., Ponomarenko, M. P., Kolchanov, N. A. & Kozlov, V. A., 1 авг. 2019, в: Вавиловский журнал генетики и селекции. 23, 8, стр. 1047-1058 12 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  52. Single nucleotide polymorphism rs110861313 in the intergenic region of chromosome 23 is associated with the development of leukosis in the Russian Black Pied cattle

    Aitnazarov, R. B., Ignatieva, E. V., Agarkova, T. A., Dvoeglazov, N. G., Osipova, N. A., Khramtsov, V. V. & Yudin, N. S., 1 авг. 2019, в: Вавиловский журнал генетики и селекции. 23, 8, стр. 999-1005 7 стр.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

  53. Morphometry of the wheat spike by analyzing 2D images

    Genaev, M. A., Komyshev, E. G., Smirnov, N. V., Kruchinina, Y. V., Goncharov, N. P. & Afonnikov, D. A., 17 июл. 2019, в: Agronomy. 9, 7, 390.

    Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданияхстатьяРецензирование

ID: 3081871