Cytokinins regulate spatially specific ethylene production to control root growth in Arabidopsis

Yamoune, A., Zdarska, M., Depaepe, T., Rudolfova, A., Skalak, J., Berendzen, K. W., Mira-Rodado, V., Fitz, M., Pekarova, B., Nicolas Mala, K. L., Tarr, P., Spackova, E., Tomovicova, L., Parizkova, B., Franczyk, A., Kovacova, I., Dolgikh, V., Zemlyanskaya, E., Pernisova, M., Novak, O., еще 4Meyerowitz, E., Harter, K., Van Der Straeten, D. & Hejatko, J., 11 нояб. 2024, в: Plant Communications. 5, 11, 17 стр., 101013.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

An Accurate and Efficient Approach to Knowledge Extraction from Scientific Publications Using Structured Ontology Models, Graph Neural Networks, and Large Language Models

Ivanisenko, T. V., Demenkov, P. S. & Ivanisenko, V. A., 3 нояб. 2024, в: International Journal of Molecular Sciences. 25, 21, 11811.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Image-Based Quantitative Analysis of Epidermal Morphology in Wild Potato Leaves

Zubairova, U. S., Fomin, I. N., Koloshina, K. A., Barchuk, A. I., Erst, T. V., Chalaya, N. A., Gerasimova, S. V. & Doroshkov, A. V., 1 нояб. 2024, в: Plants. 13, 21, 14 стр., 3084.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

AI-Assisted Identification of Primary and Secondary Metabolomic Markers for Postoperative Delirium

Ivanisenko, V. A., Rogachev, A. D., Makarova, A-L. A., Basov, N. V., Gaisler, E. V., Kuzmicheva, I. N., Demenkov, P. S., Venzel, A. S., Ivanisenko, T. V., Antropova, E. A., Kolchanov, N. A., Plesko, V. V., Moroz, G. B., Lomivorotov, V. V. & Pokrovsky, A. G., нояб. 2024, в: International Journal of Molecular Sciences. 25, 21, 11847.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Primary multistep phosphorelay activation comprises both cytokinin and abiotic stress responses: insights from comparative analysis of Brassica type-A response regulators

Nicolas Mala, K. L., Skalak, J., Zemlyanskaya, E., Dolgikh, V., Jedlickova, V., Robert, H. S., Havlickova, L., Panzarova, K., Trtilek, M., Bancroft, I. & Hejatko, J., 1 окт. 2024, в: Journal of Experimental Botany. 75, 20, стр. 6346-6368 23 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Catching the Big Fish in Big Data: A Meta-Analysis of Zebrafish Kidney scRNA-Seq Datasets Highlights Conserved Molecular Profiles of Macrophages and Neutrophils in Vertebrates

Bobrovskikh, A. V., Zubairova, U. S., Naumenko, L. G. & Doroshkov, A. V., окт. 2024, в: Biology. 13, 10, 773.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Evaluation of the Spike Diversity of Seven Hexaploid Wheat Species and an Artificial Amphidiploid Using a Quadrangle Model Obtained from 2D Images

Komyshev, E. G., Genaev, M. A., Kruchinina, Y. V., Koval, V. S., Goncharov, N. P. & Afonnikov, D. A., окт. 2024, в: Plants. 13, 19, 2736.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Genomic background sequences systematically outperform synthetic ones in de novo motif discovery for ChIP-seq data

Raditsa, V. V., Tsukanov, A. V., Bogomolov, A. G. & Levitsky, V. G., 1 сент. 2024, в: NAR Genomics and Bioinformatics. 6, 3, 15 стр., qae090.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Computational Reconstruction of the Transcription Factor Regulatory Network Induced by Auxin in Arabidopsis thaliana L.

Omelyanchuk, N. A., Lavrekha, V. V., Bogomolov, A. G., Dolgikh, V. A., Sidorenko, A. D. & Zemlyanskaya, E. V., 10 июл. 2024, в: Plants. 13, 14, 1905.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Assembly and Genome Annotation of Different Strains of Apple Fruit Moth Virus (Cydia pomonella granulovirus)

Лахова, Т. Н., Цыгичко, А., Клименко, А. И., Исмаилов, В., Васильев, Г., Асатурова, А. & Лашин, С. А., июл. 2024, в: International Journal of Molecular Sciences. 25, 13, 7146.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Конвейер обработки гиперспектральных изображений на примере исследования зерен ячменя, содержащих меланин

Busov, I. D., Genaev, M. A., Komyshev, E. G., Koval, V. S., Zykova, T. E., Glagoleva, A. Y. & Afonnikov, D. A., июл. 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 4, стр. 443-455 13 стр., 9.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

A bird's-eye overview of molecular mechanisms regulating feed intake in chickens—with mammalian comparisons

Volyanskaya, A. R., Akberdin, I. R., Kulyashov, M. A., Yevshin, I. S., Romanov, M. N., Shagimardanova, E. I., Gusev, O. A. & Kolpakov, F. A., июн. 2024, в: Animal Nutrition. 17, стр. 61-74 14 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья › Рецензирование

Enrichment of Grain Anthocyanin Content through Marker-Assisted Breeding for Ant1, Ant2 or HvMyc2 Genes in Barley (Hordeum vulgare L.)

Kukoeva, T. V., Molobekova, C. A., Totsky, I. V., Vasiliev, G. V., Pronozin, A. Y., Afonnikov, D. A., Khlestkina, E. K. & Shoeva, O. Y., июн. 2024, в: Agronomy. 14, 6, 1231.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Lake Baikal amphipods and their genomes, great and small

Drozdova, P. B., Madyarova, E. V., Gurkov, A. N., Saranchina, A. E., Romanova, E. V., Petunina, J. V., Peretolchina, T. E., Sherbakov, D. Y. & Timofeyev, M. A., июн. 2024, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 28, 3, стр. 317-325 9 стр., 6.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Physiologically based pharmacokinetic model for predicting the biodistribution of albumin nanoparticles after induction and recovery from acute lung injury

Кутумова, Е. О., Акбердин, И. Р., Egorova, V. S., Kolesova, E. P., Parodi, A., Pokrovsky, V. S., Zamyatnin Jr., A. A. & Колпаков, Ф. А., 30 мая 2024, в: Heliyon. 10, 10, 16 стр., e30962.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Identification of Novel Loci Precisely Modulating Pre-Harvest Sprouting Resistance and Red Color Components of the Seed Coat in T. aestivum L.

Afonnikova, S. D., Kiseleva, A. A., Fedyaeva, A. V., Komyshev, E. G., Koval, V. S., Afonnikov, D. A. & Salina, E. A., 9 мая 2024, в: Plants. 13, 10, 21 стр., 1309.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Biochemical, Genetic, and Grain Digital Evaluation of Soft Winter Wheat Varieties with Different Germination Index

Fedyaeva, A. V., Afonnikova, S. D., Afonnikov, D. A., Smirnova, O. G., Deeva, V. N., Pryanishnikov, A. I. & Salina, E. A., апр. 2024, в: Russian Journal of Plant Physiology. 71, 2, 10 стр., 56.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Genetic Mechanisms Regulating Root Cap Cell Renewal in Arabidopsis thaliana L.

Cherenko, V. A., Omelyanchuk, N. A. & Zemlyanskaya, E. V., апр. 2024, в: Russian Journal of Plant Physiology. 71, 2, 12 стр., 51.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

AtSNP_TATAdb: Candidate Molecular Markers of Plant Advantages Related to Single Nucleotide Polymorphisms within Proximal Promoters of Arabidopsis thaliana L.

Bogomolov, A., Zolotareva, K., Filonov, S., Chadaeva, I., Rasskazov, D., Sharypova, E., Podkolodnyy, N., Ponomarenko, P., Savinkova, L., Tverdokhleb, N., Khandaev, B., Kondratyuk, E., Podkolodnaya, O., Zemlyanskaya, E., Kolchanov, N. A. & Ponomarenko, M., янв. 2024, в: International Journal of Molecular Sciences. 25, 1, 607.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Hormone-regulated expansins: expression, localization, and cell wall biomechanics in Arabidopsis root growth

Samalova, M., Melnikava, A., Elsayad, K., Peaucelle, A., Gahurova, E., Gumulec, J., Spyroglou, I., Zemlyanskaya, E. V., Ubogoeva, E. V., Balkova, D., Demko, M., Blavet, N., Alexiou, P., Benes, V., Mouille, G. & Hejatko, J., янв. 2024, в: Plant Physiology. 194, 1, стр. 209-228 20 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Peak Scores Significantly Depend on the Relationships between Contextual Signals in ChIP-Seq Peaks

Vishnevsky, O. V., Bocharnikov, A. V. & Ignatieva, E. V., янв. 2024, в: International Journal of Molecular Sciences. 25, 2, 1011.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Компьютерное фенотипирование колоса пшеницы на основе анализа цифровых изображений

Афонников, Д. А., Комышев, Е. Г., Генаев, М. А., Артеменко, Н. В. & Бусов, И. Д., 2024, в: Biotekhnologiya. 40, 7, стр. 87 1 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

State-of the-Art Constraint-Based Modeling of Microbial Metabolism: From Basics to Context-Specific Models with a Focus on Methanotrophs

Куляшов, М. А., Колмыков, С. К., Хлебодарова, Т. М. & Акбердин, И. Р., 14 дек. 2023, в: Microorganisms. 11, 12, 22 стр., 2987.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья › Рецензирование

Fishing Innate Immune System Properties through the Transcriptomic Single-Cell Data of Teleostei

Bobrovskikh, A. V., Zubairova, U. S. & Doroshkov, A. V., 12 дек. 2023, в: Biology. 12, 12, 1516.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья › Рецензирование

DyCeModel: a tool for 1D simulation for distribution of plant hormones controlling tissue patterning

Azarova, D. S., Omelyanchuk, N. A., Mironova, V. V., Zemlyanskaya, E. V. & Lavrekha, V. V., дек. 2023, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 27, 7, стр. 890-897 8 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Gbs-dp: a bioinformatics pipeline for processing data coming from genotyping by sequencing

Pronozin, A. Y., Salina, E. A. & Afonnikov, D. A., дек. 2023, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 27, 7, стр. 737-745 9 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Gene networks for use in metabolomic data analysis of blood plasma from patients with postoperative delirium

Ivanisenko, V. A., Basov, N. V., Makarova, A. A., Venzel, A. S., Rogachev, A. D., Demenkov, P. S., Ivanisenko, T. V., Kleshchev, M. A., Gaisler, E. V., Moroz, G. B., Plesko, V. V., Sotnikova, Y. S., Patrushev, Y. V., Lomivorotov, V. V., Kolchanov, N. A. & Pokrovsky, A. G., дек. 2023, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 27, 7, стр. 768-775 8 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

InterTransViewer: a comparative description of differential gene expression profiles from different experiments

Tyapkin, А. V., Lavrekha, V. V., Ubogoeva, E. V., Oshchepkov, D. Y., Omelyanchuk, N. A. & Zemlyanskaya, E. V., дек. 2023, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 27, 8, стр. 1042-1052 11 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Intratumor heterogeneity: models of malignancy emergence and evolution

Ivanov, R. A. & Lashin, S. A., дек. 2023, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 27, 7, стр. 815-819 5 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Laboratory information systems for research management in biology

Mukhin, A. M., Kazantsev, F. V. & Lashin, S. A., дек. 2023, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 27, 7, стр. 898-905 8 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Molecular-genetic pathways of hepatitis C virus regulation of the expression of cellular factors PREB and PLA2G4C, which play an important role in virus replication

Mishchenko, E. L., Makarova, A. A., Antropova, E. A., Venzel, A. S., Ivanisenko, T. V., Demenkov, P. S. & Ivanisenko, V. A., дек. 2023, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 27, 7, стр. 776-783 8 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Prioritization of potential pharmacological targets for the development of anti-hepatocarcinoma drugs modulating the extrinsic apoptosis pathway: the reconstruction and analysis of associative gene networks help

Demenkov, P. S., Antropova, E. A., Adamovskaya, A. V., Mishchenko, E. L., Khlebodarova, T. M., Ivanisenko, T. V., Ivanisenko, N. V., Venzel, A. S., Lavrik, I. N. & Ivanisenko, V. A., дек. 2023, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 27, 7, стр. 784-793 10 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Reconstruction and analysis of the gene regulatory network for cell wall function in Arabidopsis thaliana L. leaves in response to water deficit

Volyanskaya, A. R., Antropova, E. A., Zubairova, U. S., Demenkov, P. S., Venzel, A. S., Orlov, Y. L., Makarova, A. A., Ivanisenko, T. V., Gorshkova, T. A., Aglyamova, A. R., Kolchanov, N. A., Chen, M. & Ivanisenko, V. A., дек. 2023, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 27, 8, стр. 1031-1041 11 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

The central regulatory circuit in the gene network controlling the morphogenesis of Drosophila mechanoreceptors: an in silico analysis

Bukharina, T. A., Golubyatnikov, V. P. & Furman, D. P., дек. 2023, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 27, 7, стр. 746-754 9 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Определение содержания меланина и антоцианов в зернах ячменя на основе анализа цифровых изображений методами машинного обучения

Komyshev, E. G., Genaev, M. A., Busov, I. D., Kozhekin, M. V., Artemenko, N. V., Glagoleva, A. Y., Koval, V. S. & Afonnikov, D. A., дек. 2023, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 27, 7, стр. 859-868 10 стр., 15.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Bioinformatic Analysis Reveals the Role of Translation Elongation Efficiency Optimisation in the Evolution of Ralstonia Genus

Korenskaia, A. Y., Matushkin, Y. G., Mustafin, Z. S., Lashin, S. A. & Klimenko, A. I., 16 окт. 2023, в: Biology. 12, 10, 1338.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Accurate noise-robust classification of Bacillus species from MALDI-TOF MS spectra using a denoising autoencoder

Uvarova, Y. E., Demenkov, P. S., Kuzmicheva, I. N., Venzel, A. S., Mischenko, E. L., Ivanisenko, T. V., Efimov, V. M., Bannikova, S. V., Vasilieva, A. R., Ivanisenko, V. A. & Peltek, S. E., 1 сент. 2023, в: Journal of integrative bioinformatics. 20, 3, 12 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

BGRS: bioinformatics of genome regulation and data integration

Orlov, Y. L., Chen, M., Kolchanov, N. A. & Hofestädt, R., 1 сент. 2023, в: Journal of integrative bioinformatics. 20, 3, 20230032.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Reconstruction of the regulatory hypermethylation network controlling hepatocellular carcinoma development during hepatitis C viral infection

Antropova, E. A., Khlebodarova, T. M., Demenkov, P. S., Volianskaia, A. R., Venzel, A. S., Ivanisenko, N. V., Gavrilenko, A. D., Ivanisenko, T. V., Adamovskaya, A. V., Revva, P. M., Kolchanov, N. A., Lavrik, I. N. & Ivanisenko, V. A., 1 сент. 2023, в: Journal of integrative bioinformatics. 20, 3, 12 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Central Regulatory Circuit of the Drosophila Mechanoreceptor Morphogenesis System: Effects of Mutations

Furman, D. P., Bukharina, T. A. & Golubyatnikov, V. P., сент. 2023, в: Journal of Applied and Industrial Mathematics. 17, 3, стр. 535-543 9 стр.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Delay-differential SEIR modeling for improved modelling of infection dynamics

Киселев, И., Акбердин, И. Р. & Колпаков, Ф., 18 авг. 2023, в: Scientific Reports. 13, 1, 15 стр., 13439.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Numerous Trigger-like Interactions of Kinases/Protein Phosphatases in Human Skeletal Muscles Can Underlie Transient Processes in Activation of Signaling Pathways during Exercise

Vertyshev, A. Y., Akberdin, I. R. & Kolpakov, F. A., 7 июл. 2023, в: International Journal of Molecular Sciences. 24, 13, 11223.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › обзорная статья › Рецензирование

Comparison of the evolutionary patterns of DNA repeats in ancient and young invertebrate species flocks of Lake Baikal

Yuxiang, W., Peretolchina, T. E., Romanova, E. V. & Sherbakov, D. Y., июл. 2023, в: Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii. 27, 4, стр. 349-356 8 стр., 7.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

ICAnnoLncRNA: A Snakemake Pipeline for a Long Non-Coding-RNA Search and Annotation in Transcriptomic Sequences

Pronozin, A. Y. & Afonnikov, D. A., 24 июн. 2023, в: Genes. 14, 7, 1331.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

A New Visualization and Analysis Method for a Convolved Representation of Mass Computational Experiments with Biological Models

Klimenko, A. I., Vorobeva, D. A. & Lashin, S. A., июн. 2023, в: Mathematics. 11, 12, 2783.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Assembly and Analysis of Plastomes for 15 Potato Cultivars Grown in Russia

Karetnikov, D. I., Salina, E. A., Kochetov, A. V. & Afonnikov, D. A., июн. 2023, в: Agronomy. 13, 6, 1454.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Research Topics of the Bioinformatics of Gene Regulation

Orlov, Y. L., Anashkina, A. A., Kumeiko, V. V., Chen, M. & Kolchanov, N. A., 15 мая 2023, в: International Journal of Molecular Sciences. 24, 10, 8774.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование

Analysis of Genome Structure and Its Variations in Potato Cultivars Grown in Russia

Karetnikov, D. I., Vasiliev, G. V., Toshchakov, S. V., Shmakov, N. A., Genaev, M. A., Nesterov, M. A., Ibragimova, S. M., Rybakov, D. A., Gavrilenko, T. A., Salina, E. A., Patrushev, M. V., Kochetov, A. V. & Afonnikov, D. A., 16 мар. 2023, в: International Journal of Molecular Sciences. 24, 6, 5713.

Результаты исследований: Научные публикации в периодических изданиях › статья › Рецензирование