1. 2024
  2. Интерферометрическая рассеивающая микроскопия для исследования комплекса эндонуклеазы SPYCAS9 с направляющей SGРНК

    Саковина, Л. В., Ендуткин, А. В. & Жарков, Д. О., 2024, XI МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ МОЛОДЫХ УЧЕНЫХ: БИОИНФОРМАТИКОВ, БИОТЕХНОЛОГОВ, БИОФИЗИКОВ, ВИРУСОЛОГОВ, МОЛЕКУЛЯРНЫХ БИОЛОГОВ И СПЕЦИАЛИСТОВ ФУНДАМЕНТАЛЬНОЙ МЕДИЦИНЫ - 2024: Сборник тезисов. Новосибирск: ИПЦ НГУ, p. 544 1 p.

    Research output: Chapter in Book/Report/Conference proceedingConference contributionResearch

  3. Исследование транскрипционного мутагенеза и репарации 8-оксогуанина в клетках с использованием репортерных плазмид

    Чуприкова, М. С. & Жарков, Д. О., 2024, Современные вызовы структурной и синтетической биологии : материалы всероссийской школы-конференции. Новосибирск: ООО "Офсет ТМ", p. 50

    Research output: Chapter in Book/Report/Conference proceedingConference contributionResearch

  4. Механизмы узнавания 5-метилцитозина ферментами системы активного эпигенетического деметилирования

    Петрова, Д. В., Новопашина, Д. С., Кузнецова, А. А., Кузнецов, Н. А., Пермякова, Н. В., Грин, И. Р. & Жарков, Д. О., 2024, ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКАЯ БИОЛОГИЯ: Материалы V всероссийской конференции, приуроченной к 40-летию ИХБФМ СО РАН. Новосибирск: ООО "Офсет ТМ", p. 25

    Research output: Chapter in Book/Report/Conference proceedingConference contributionResearch

  5. Механизмы узнавания и превращения субстратов ДНК-гликозилазами

    Жарков, Д. О., 2024, ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКАЯ БИОЛОГИЯ: Материалы V всероссийской конференции, приуроченной к 40-летию ИХБФМ СО РАН. Новосибирск: ООО "Офсет ТМ", p. 20 1 p.

    Research output: Chapter in Book/Report/Conference proceedingConference contributionResearch

  6. Неканонические функции ДНК-гликозилаз

    Жарков, Д. О., 2024, Международный Конгресс «VIII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров, посвященный 300‑летию российской науки и высшей школы». Саратов, 14–19 июня 2024 года. Санкт-Петербург: Издательский дом "Петрополис", p. 232

    Research output: Chapter in Book/Report/Conference proceedingConference contributionResearch

  7. Основы белковой инженерии

    Юдкина, А. В., Петрова, Д. В., Торгашева, Н. А., Вохтанцев, И. П., Дятлова, Е. А., Ендуткин, А. В., Байков, И. К., Дворникова, А. П. & Жарков, Д. О., 2024, Новосибирск: ИПЦ НГУ. 214 p.

    Research output: Book/ReportTeaching materialspeer-review

  8. Репарация урацила в G-квадруплексных структурах ДНК

    Дятлова, Е. А., Ендуткин, А. В., Савицкая, В. Ю., Новоселов, К. А., Кубарева, Е. А. & Жарков, Д. О., 2024, СОВРЕМЕННЫЕ ВЫЗОВЫ СТРУКТУРНОЙ И СИНТЕТИЧЕСКОЙ БИОЛОГИИ: материалы всероссийской школы-конференции. Новосибирск: ООО "Офсет ТМ"

    Research output: Chapter in Book/Report/Conference proceedingConference contributionResearch

  9. Способность полимераз различных семейств процессировать субстраты, содержащие клик-химические модификации сахарофосфатного остова

    Яковлев, А. О., Ендуткин, А. В. & Жарков, Д. О., 2024, БИОИНФОРМАТИКА РЕГУЛЯЦИИ И СТРУКТУРЫ ГЕНОМОВ / СИСТЕМНАЯ БИОЛОГИЯ: Тезисы докладов Четырнадцатой международной мультиконференции. Новосибирск: Институт цитологии и генетики СО РАН, p. 1967-1970 4 p.

    Research output: Chapter in Book/Report/Conference proceedingConference contributionResearch

  10. Стратегии расщепления N-гликозидной связи ферментами репарации ДНК

    Endutkin, A. V. & Zharkov, D. O., 2024, In: Lomonosov chemistry journal. 65, №2, 2024, p. 136-143 8 p.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

  11. Структурная биология репарации ДНК

    Жарков, Д. О., 2024.

    Research output: Contribution to conferenceAbstract

  12. Точность действия ДНК-полимераз на поврежденных и неповрежденных ДНК-матрицах при синтезе с вытеснением цепи

    Чуприкова, М. С., Яковлев, А. О., Затеева, М. В., Юдкина, А. В. & Жарков, Д. О., 2024, ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКАЯ БИОЛОГИЯ: Материалы V всероссийской конференции, приуроченной к 40-летию ИХБФМ СО РАН. Новосибирск: ООО "Офсет ТМ", p. 51 1 p.

    Research output: Chapter in Book/Report/Conference proceedingConference contributionResearch

  13. Точность действия ДНК-полимеразы RB69 на поврежденных ДНК-матрицах при синтезе с вытеснением цепи

    Яковлев, А. О., Жарков, Д. О. & Юдкина, А. В., 2024, СОВРЕМЕННЫЕ ВЫЗОВЫ СТРУКТУРНОЙ И СИНТЕТИЧЕСКОЙ БИОЛОГИИ: материалы всероссийской школы-конференции. Новосибирск: ООО "Офсет ТМ", p. 59

    Research output: Chapter in Book/Report/Conference proceedingForeword/postscriptResearch

  14. Фоторасщепляемые направляющие РНК для фоторегулируемой системы CRISPR/CAS9

    Ахметова, Е., Вохтанцев, И. П., Мещанинова, М. И., Воробьева, М. А., Жарков, Д. О. & Новопашина, Д. С., 2024, In: Биоорганическая химия. 50, 4, p. 556-567 12 p.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

  15. 2023
  16. Cas9 is mostly orthogonal to human systems of DNA break sensing and repair

    Maltseva, E. A., Vasil'eva, I. A., Moor, N. A., Kim, D. V., Dyrkheeva, N. S., Kutuzov, M. M., Vokhtantsev, I. P., Kulishova, L. M., Zharkov, D. O. & Lavrik, O. I., 29 Nov 2023, In: PLoS ONE. 18, 11, 26 p., e0294683.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

  17. Response of PRIMPOL-Knockout Human Lung Adenocarcinoma A549 Cells to Genotoxic Stress

    Gromova, A. S., Boldinova, E. O., Kim, D. V., Chuprov-Netochin, R. N., Leonov, S. V., Pustovalova, M. V., Zharkov, D. O. & Makarova, A. V., Nov 2023, In: Biochemistry (Moscow). 88, 11, p. 1933-1943 11 p.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

  18. Base Excision DNA Repair in Plants: Arabidopsis and Beyond

    Grin, I. R., Petrova, D. V., Endutkin, A. V., Ma, C., Yu, B., Li, H. & Zharkov, D. O., 29 Sept 2023, In: International Journal of Molecular Sciences. 24, 19, 14746.

    Research output: Contribution to journalReview articlepeer-review

  19. Alternative Mechanisms of Mutagenesis at mCpG Sites during Replication and Repair

    Shilkin, E. S., Petrova, D. V., Zharkov, D. O. & Makarova, A. V., Aug 2023, In: Molecular Biology. 57, 4, p. 584-592 9 p.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

  20. Abasic site-peptide cross-links are blocking lesions repaired by AP endonucleases

    Yudkina, A. V., Bulgakov, N. A., Kim, D. V., Baranova, S. V., Ishchenko, A. A., Saparbaev, M. K., Koval, V. V. & Zharkov, D. O., 7 Jul 2023, In: Nucleic Acids Research. 51, 12, p. 6321-6336 16 p., gkad423.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

  21. Bypass of Abasic Site-Peptide Cross-Links by Human Repair and Translesion DNA Polymerases

    Yudkina, A. V., Barmatov, A. E., Bulgakov, N. A., Boldinova, E. O., Shilkin, E. S., Makarova, A. V. & Zharkov, D. O., 29 Jun 2023, In: International Journal of Molecular Sciences. 24, 13, 10877.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

  22. Genome-wide analysis of WD40 protein family and functional characterization of BvWD40-82 in sugar beet

    Wu, Z., Zhang, T., Li, J., Chen, S., Grin, I. R., Zharkov, D. O., Yu, B. & Li, H., 2 Jun 2023, In: Frontiers in Plant Science. 14, 1185440.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

  23. Correlated Target Search by Vaccinia Virus Uracil-DNA Glycosylase, a DNA Repair Enzyme and a Processivity Factor of Viral Replication Machinery

    Diatlova, E. A., Mechetin, G. V., Yudkina, A. V., Zharkov, V. D., Torgasheva, N. A., Endutkin, A. V., Shulenina, O. V., Konevega, A. L., Gileva, I. P., Shchelkunov, S. N. & Zharkov, D. O., 23 May 2023, In: International Journal of Molecular Sciences. 24, 11, 9113.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

  24. Activity of nsp14 Exonuclease from SARS-CoV-2 towards RNAs with Modified 3'-Termini

    Yuyukina, S. K., Barmatov, A. E., Bizyaev, S. N., Stetsenko, D. A., Sergeeva, O. V., Zatsepin, T. S. & Zharkov, D. O., Apr 2023, In: Doklady. Biochemistry and biophysics. 509, 1, p. 65-69 5 p.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

  25. Factors Affecting the Stability of the Trimer of 2'-Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotide Hydrolase from Escherichia coli

    Yudkina, A. V., Kovalenko, E. A., Endutkin, A. V., Panferova, E. P., Kirilenko, A. A., Kokhanenko, A. A. & Zharkov, D. O., Apr 2023, In: Molecular Biology. 57, 2, p. 312-319 8 p.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

  26. Mechanisms of the Specificity of the CRISPR/Cas9 System in Genome Editing

    Kulishova, L. M., Vokhtantsev, I. P., Kim, D. V. & Zharkov, D. O., Apr 2023, In: Molecular Biology. 57, 2, p. 258-271 14 p.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

  27. Dynamics of 8-Oxoguanine in DNA: Decisive Effects of Base Pairing and Nucleotide Context

    Ovcherenko, S. S., Shernyukov, A. V., Nasonov, D. M., Endutkin, A. V., Zharkov, D. O. & Bagryanskaya, E. G., 15 Mar 2023, In: Journal of the American Chemical Society. 145, 10, p. 5613-5617 5 p.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

  28. Факторы, влияющие на стабильность тримерной формы 2'-дезоксиуридин-5'-трифосфатнуклеотидгидролазы Escherichia coli

    Yudkina, A. V., Kovalenko, E. A., Endutkin, A. V., Panferova, E. P., Kirilenko, A. A., Kokhanenko, A. A. & Zharkov, D. O., 1 Mar 2023, In: Molekuliarnaia biologiia. 57, 2, p. 330-339 10 p., 17.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

  29. Pan-cancer antagonistic inhibition pattern of ATM-driven G2/M checkpoint pathway vs other DNA repair pathways

    Zolotovskaia, M. A., Modestov, A. A., Suntsova, M. V., Rachkova, A. A., Koroleva, E. V., Poddubskaya, E. V., Sekacheva, M. I., Tkachev, V. S., Garazha, A. V., Glusker, A. A., Seryakov, A. P., Vladimirova, U. S., Rumiantsev, P. O., Moisseev, A. A., Zharkov, D. O., Kuzmin, D. V., Zhao, X., Prassolov, V. S., Shegay, P. V., Li, X., & 5 othersSteinbichler, T. B., Kim, E., Sorokin, M. I., Wang, Y. & Buzdin, A. A., Mar 2023, In: DNA Repair. 123, 18 p., 103448.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

  30. DNA Damage Response and Repair in Boron Neutron Capture Therapy

    Mechetin, G. V. & Zharkov, D. O., 2 Jan 2023, In: Genes. 14, 1, 127.

    Research output: Contribution to journalReview articlepeer-review

  31. Structural Biology in the Study of Enzyme Catalysis: An Example of DNA Glycosylases

    Жарков, Д. О., 2023, SYNCHROTRON RADIATION TECHNIQUES FOR CATALYSTS AND FUNCTIONAL MATERIALS: II International Conference, Abstracts. Новосибирск: Издательский отдел Института катализа СО РАН, p. 18 1 p.

    Research output: Chapter in Book/Report/Conference proceedingConference contributionResearchpeer-review

  32. Активность ДНК-гликозилах на неканонических структурах ДНК

    Дятлова, Е. А., Ерошенко, Д. А. & Жарков, Д. О., 2023, БИОКАТАЛИЗ. ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ И ПРИМЕНЕНИЯ. Москва: ООО "АДМИРАЛ ПРИНТ", p. 70 1 p.

    Research output: Chapter in Book/Report/Conference proceedingConference contributionResearchpeer-review

  33. Альтернативные механизмы мутагенеза в mCpG-сайтах при репликации и репарации

    Shilkin, E. S., Petrova, D. V., Zharkov, D. O. & Makarova, A. V., 2023, In: Molekuliarnaia biologiia. 57, 4, p. 587-596 10 p., 3.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

  34. Анализ активности и специфичности рационально сконструированных вариантов белка CAS9 ИЗ Streptococcus pyogenes

    Вохтанцев, И. П., Кадцын, Е. Д., Аманова, М. М., Бакулина, А. Ю. & Жарков, Д. О., 2023, БИОКАТАЛИЗ. ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ И ПРИМЕНЕНИЯ: Тезисы докладов 13-ой Международной научной конференции. Москва: ООО "АДМИРАЛ ПРИНТ", p. 57 1 p.

    Research output: Chapter in Book/Report/Conference proceedingConference contributionResearchpeer-review

  35. Биоразнообразие микроорганизмов — источник новых ферментов репарации ДНК

    Жарков, Д. О., 2023, От микробиологии к генетическим технологиям. Новосибирск: ООО "Офсет ТМ", p. 86-87 2 p.

    Research output: Chapter in Book/Report/Conference proceedingConference contributionResearchpeer-review

  36. Влияние окислительного повреждения oxoGна стабильность дуплексов ДНК

    Насонов, Д. М., Овчеренко, С. С., Шернюков, А. В., Ендуткин, А. В., Жарков, Д. О. & Багрянская, Е. Г., 2023, p. 181. 1 p.

    Research output: Contribution to conferenceAbstractpeer-review

  37. ДИНАМИКА ОТКРЫТИЯ ПАР ОСНОВАНИЙ OXOG:C И OXOG:A ПО ДАННЫМ МЕТОДИКИ ЯМР ПЕРЕНОСА НАМАГНИЧЕННОСТИ С ВОДЫ

    Овчеренко, С. С., Насонов, Д. М., Шернюков, А. В., Ендуткин, А. В., Жарков, Д. О. & Багрянская, Е. Г., 2023, X МЕЖДУНАРОДНАЯ КОНФЕРЕНЦИЯ МОЛОДЫХ УЧЕНЫХ: БИОИНФОРМАТИКОВ, БИОТЕХНОЛОГОВ, БИОФИЗИКОВ, ВИРУСОЛОГОВ И МОЛЕКУЛЯРНЫХ БИОЛОГОВ: Сборник тезисов. Новосибирск: ИПЦ НГУ, p. 377-378 2 p.

    Research output: Chapter in Book/Report/Conference proceedingConference contributionResearchpeer-review

  38. Изучение состояния ионизируемых групп в активном центре комплекса Fpg-ДНК методом ЭПР

    Литвинов, И. А., Овчеренко, С. С., Булгаков, Н. А., Кирилюк, И. А., Жарков, Д. О. & Багрянская, Е. Г., 2023, p. 175. 1 p.

    Research output: Contribution to conferenceAbstractpeer-review

  39. Механизм действия ДНК-полимераз на субстратах с модифицированными АП-сайтами

    Юдкина, А. В., Булгаков, Н. А., Шилкин, Е. С., Болдинова, Е. О., Макарова, А. В., Ким, Д. В. & Жарков, Д. О., 2023, БИОКАТАЛИЗ. ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ И ПРИМЕНЕНИЯ: Тезисы докладов 13-ой Международной научной конференции. Москва: ООО "АДМИРАЛ ПРИНТ", p. 161 1 p.

    Research output: Chapter in Book/Report/Conference proceedingConference contributionResearchpeer-review

  40. Механизм прохождения модифицированных АП-сайтов ДНК-полимеразами

    Юдкина, А. В. & Жарков, Д. О., 2023, ОТ МИКРОБИОЛОГИИ К ГЕНЕТИЧЕСКИМ ТЕХНОЛОГИЯМ: Материалы всероссийской конференции. Новосибирск: ООО "Офсет ТМ", p. 93 1 p.

    Research output: Chapter in Book/Report/Conference proceedingConference contributionResearch

  41. Механизмы ДНК-гликолилаз и проблема "избыточных реакций"

    Жарков, Д. О., 2023, Биокатализ. Фундаментальные исследования и применения: Тезисы докладов 13-ой Международной научной конференции. Москва: ООО "АДМИРАЛ ПРИНТ", p. 79 1 p.

    Research output: Chapter in Book/Report/Conference proceedingConference contributionResearchpeer-review

  42. Механизмы специфичности системы CRISPR/Cas9 в геномном редактировании

    Kulishova, L. M., Vokhtantsev, I. P., Kim, D. V. & Zharkov, D. O., 2023, In: Molekuliarnaia biologiia. 57, 2, p. 269-284 16 p., 12.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

  43. Основы белковой инженерии

    Юдкина, А. В., Петрова, Д. В., Торгашева, Н. А., Вохтанцев, И. П., Дятлова, Е. А., Ендуткин, А. В., Байков, И. К., Дворникова, А. П. & Жарков, Д. О., 2023, (Accepted/In press) Новосибирск: Редакционно-издательский центр НГУ. 181 p.

    Research output: Book/ReportTeaching materialspeer-review

  44. Особенности ответа клеток карциномы легких человека A549 с нокаутированным геном PRIMPOL на генотоксический стресс

    Громова, А. С., Болдинова, Е. О., Ким, Д. В., Чупров-Неточин, Р. Н., Жарков, Д. О., Макарова, А. В., Леонов, С. В. & Пустовалова, М. В., 2023, In: Биохимия. 88, 11, p. 2340-2352 13 p.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

  45. Передвижение ферментов репарации по ДНК: in vitro vs in vivo

    Жарков, Д. О. & Дятлова, Е. А., 2023. 1 p.

    Research output: Contribution to conferenceAbstractpeer-review

  46. Субстратная специфичность ферментов эксцизионной репарации оснований в отношении искусственных нуклеотидов, применяемых в синтетической биологии

    Ендуткин, А. В., Юдкина, А. В., Барматов, А. Е. & Жарков, Д. О., 2023, БИОКАТАЛИЗ. ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ И ПРИМЕНЕНИЯ. Москва: ООО "АДМИРАЛ ПРИНТ", p. 74 1 p.

    Research output: Chapter in Book/Report/Conference proceedingConference contributionResearchpeer-review

  47. Факторы, влияющие на стабильность тримерной формы 2›ДЕЗОКСИУРИДИН-5›-ТРИФОСФАТНУКЛЕОТИДГИДРОЛАЗЫ ESCHERICHIA COLI

    Кириленко, А. А., Коваленко, Е. А., Юдкина, А. В., Ендуткин, А. В., Панфёрова, Е. П., Коханенко, А. А. & Жарков, Д. О., 2023, p. 184-185. 2 p.

    Research output: Contribution to conferenceAbstractpeer-review

  48. 2022
  49. Natural Nucleoside Modifications in Guide RNAs Can Modulate the Activity of the CRISPR-Cas9 System In Vitro.

    Prokhorova, D. V., Vokhtantsev, I. P., Tolstova, P. O., Zhuravlev, E. S., Kulishova, L. M., Zharkov, D. O. & Stepanov, G. A., Dec 2022, In: The CRISPR journal. 5, 6, p. 799-812 14 p.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

  50. Cloning and characterization of the major AP endonuclease from Staphylococcus aureus

    Turgimbayeva, A., Zein, U., Zharkov, D. O., Ramankulov, Y., Saparbaev, M. & Abeldenov, S., Nov 2022, In: DNA Repair. 119, 10 p., 103390.

    Research output: Contribution to journalArticlepeer-review

ID: 3458293