1 - 49 out of 49Page size: 50
  1. 2025

  2. Platinum Polyoxoniobate: Stability, Cytotoxicity, and Cellular Uptake

    Yudkina, A. V., Vokhtantsev, I. P., Rychkov, D. A., Volchek, V. V., Abramov, P. A., Sokolov, M. N. & Zharkov, D. O., 6 Apr 2025, In: Russian Journal of Bioorganic Chemistry. 51, 2, p. 693-701 9 p.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

  3. The hidden elephant: Modified abasic sites and their consequences

    Yudkina, A. V. & Zharkov, D. O., Apr 2025, In: DNA Repair. 148, p. 103823 03823.

    Research output: Contribution to journal › Review article › peer-review

  4. Polyamine Adducts with AP Sites: Interaction with DNA Polymerases and AP Endonucleases

    Yudkina, A. V., Amanova, M. M. & Zharkov, D. O., 20 Jan 2025, In: Chemical Research in Toxicology. 38, 1, p. 102-114 13 p.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

  5. Bypass of Methoxyamine-Adducted Abasic Sites by Eukaryotic Translesion DNA Polymerases

    Yudkina, A. V., Novikova, A. A., Stolyarenko, A. D., Makarova, A. V. & Zharkov, D. O., 14 Jan 2025, In: International Journal of Molecular Sciences. 26, 2, 642.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

  6. 2024

  7. Error-Prone DNA Synthesis on Click-Ligated Templates

    Endutkin, A. V., Yakovlev, A. O., Zharkov, T. D., Golyshev, V. M., Yudkina, A. V. & Zharkov, D. O., Oct 2024, In: Doklady Biochemistry and Biophysics. 518, 1, p. 376-381 6 p., 11.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

  8. Repair and DNA Polymerase Bypass of Clickable Pyrimidine Nucleotides

    Endutkin, A. V., Yudkina, A. V., Zharkov, T. D., Barmatov, A. E., Petrova, D. V., Kim, D. V. & Zharkov, D. O., 12 Jun 2024, In: Biomolecules. 14, 6, 681.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

  9. Probing the Conformational Restraints of DNA Damage Recognition with β-L-Nucleotides

    Yudkina, A. V., Kim, D. V., Zharkov, T. D., Zharkov, D. O. & Endutkin, A. V., 30 May 2024, In: International Journal of Molecular Sciences. 25, 11, 6006.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

  10. A non-canonical nucleotide from viral genomes interferes with the oxidative DNA damage repair system

    Yudkina, A. V., Endutkin, A. V., Diatlova, E. A. & Zharkov, D. O., Jan 2024, In: DNA Repair. 133, 8 p., 103605.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

  11. Back-Up Base Excision DNA Repair in Human Cells Deficient in the Major AP Endonuclease, APE1

    Kim, D. V., Diatlova, E. A., Zharkov, T. D., Melentyev, V. S., Yudkina, A. V., Endutkin, A. V. & Zharkov, D. O., Jan 2024, In: International Journal of Molecular Sciences. 25, 1, 64.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

  12. Analysis of critical amino acid residues in the active center of a novel DNA glycosylase Fpg-like protein 1 Streptomyces coelicolor superfamily “helix-2-turn-helix” DNA glycosylase

    Булгаков, Н. А., Юдкина, А. В., Жарков, Д. О. & Garcia-Diaz, M., 2024, BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE / SYSTEMS BIOLOGY: Abstracts of the Fourteenth International Multiconference. Новосибирск: Институт цитологии и генетики СО РАН, p. 1971-1972 2 p.

    Research output: Chapter in Book/Report/Conference proceeding › Conference contribution › Research

  13. Взаимодействие неприродных нуклеиновых кислот, применяемых в синтетической биологии, с системой эксцизионной репарации оснований ДНК

    Ендуткин, А. В., Юдкина, А. В., Ким, Д. В., Яковлев, А. О., Барматов, А. Е. & Жарков, Д. О., 2024, ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКАЯ БИОЛОГИЯ: Материалы V всероссийской конференции, приуроченной к 40-летию ИХБФМ СО РАН. Новосибирск: ООО "Офсет ТМ", p. 19 1 p.

    Research output: Chapter in Book/Report/Conference proceeding › Conference contribution › Research

  14. Точность действия ДНК-полимераз на поврежденных и неповрежденных ДНК-матрицах при синтезе с вытеснением цепи

    Чуприкова, М. С., Яковлев, А. О., Затеева, М. В., Юдкина, А. В. & Жарков, Д. О., 2024, ФИЗИКО-ХИМИЧЕСКАЯ БИОЛОГИЯ: Материалы V всероссийской конференции, приуроченной к 40-летию ИХБФМ СО РАН. Новосибирск: ООО "Офсет ТМ", p. 51 1 p.

    Research output: Chapter in Book/Report/Conference proceeding › Conference contribution › Research

  15. Точность действия ДНК-полимеразы RB69 на поврежденных ДНК-матрицах при синтезе с вытеснением цепи

    Яковлев, А. О., Жарков, Д. О. & Юдкина, А. В., 2024, СОВРЕМЕННЫЕ ВЫЗОВЫ СТРУКТУРНОЙ И СИНТЕТИЧЕСКОЙ БИОЛОГИИ: материалы всероссийской школы-конференции. Новосибирск: ООО "Офсет ТМ", p. 59

    Research output: Chapter in Book/Report/Conference proceeding › Foreword/postscript › Research

  16. 2023

  17. Abasic site-peptide cross-links are blocking lesions repaired by AP endonucleases

    Yudkina, A. V., Bulgakov, N. A., Kim, D. V., Baranova, S. V., Ishchenko, A. A., Saparbaev, M. K., Koval, V. V. & Zharkov, D. O., 7 Jul 2023, In: Nucleic Acids Research. 51, 12, p. 6321-6336 16 p., gkad423.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

  18. Bypass of Abasic Site-Peptide Cross-Links by Human Repair and Translesion DNA Polymerases

    Yudkina, A. V., Barmatov, A. E., Bulgakov, N. A., Boldinova, E. O., Shilkin, E. S., Makarova, A. V. & Zharkov, D. O., 29 Jun 2023, In: International Journal of Molecular Sciences. 24, 13, 10877.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

  19. Correlated Target Search by Vaccinia Virus Uracil-DNA Glycosylase, a DNA Repair Enzyme and a Processivity Factor of Viral Replication Machinery

    Diatlova, E. A., Mechetin, G. V., Yudkina, A. V., Zharkov, V. D., Torgasheva, N. A., Endutkin, A. V., Shulenina, O. V., Konevega, A. L., Gileva, I. P., Shchelkunov, S. N. & Zharkov, D. O., 23 May 2023, In: International Journal of Molecular Sciences. 24, 11, 9113.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

  20. Factors Affecting the Stability of the Trimer of 2'-Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotide Hydrolase from Escherichia coli

    Yudkina, A. V., Kovalenko, E. A., Endutkin, A. V., Panferova, E. P., Kirilenko, A. A., Kokhanenko, A. A. & Zharkov, D. O., Apr 2023, In: Molecular Biology. 57, 2, p. 312-319 8 p.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

  21. Факторы, влияющие на стабильность тримерной формы 2'-дезоксиуридин-5'-трифосфатнуклеотидгидролазы Escherichia coli

    Yudkina, A. V., Kovalenko, E. A., Endutkin, A. V., Panferova, E. P., Kirilenko, A. A., Kokhanenko, A. A. & Zharkov, D. O., 1 Mar 2023, In: Molekuliarnaia biologiia. 57, 2, p. 330-339 10 p., 17.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

  22. Механизм действия ДНК-полимераз на субстратах с модифицированными АП-сайтами

    Юдкина, А. В., Булгаков, Н. А., Шилкин, Е. С., Болдинова, Е. О., Макарова, А. В., Ким, Д. В. & Жарков, Д. О., 2023, БИОКАТАЛИЗ. ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ И ПРИМЕНЕНИЯ: Тезисы докладов 13-ой Международной научной конференции. Москва: ООО "АДМИРАЛ ПРИНТ", p. 161 1 p.

    Research output: Chapter in Book/Report/Conference proceeding › Conference contribution › Research › peer-review

  23. Механизм прохождения модифицированных АП-сайтов ДНК-полимеразами

    Юдкина, А. В. & Жарков, Д. О., 2023, ОТ МИКРОБИОЛОГИИ К ГЕНЕТИЧЕСКИМ ТЕХНОЛОГИЯМ: Материалы всероссийской конференции. Новосибирск: ООО "Офсет ТМ", p. 93 1 p.

    Research output: Chapter in Book/Report/Conference proceeding › Conference contribution › Research

  24. ОСНОВЫ БЕЛКОВОЙ ИНЖЕНЕРИИ

    Юдкина, А. В., Петрова, Д. В., Торгашева, Н. А., Вохтанцев, И. П., Дятлова, Е. А., Ендуткин, А. В., Байков, И. К., Дворникова, А. П. & Жарков, Д. О., 2023, (Accepted/In press) Редакционно-издательский центр НГУ. 178 p.

    Research output: Book/Report › Teaching materials

  25. Субстратная специфичность ферментов эксцизионной репарации оснований в отношении искусственных нуклеотидов, применяемых в синтетической биологии

    Ендуткин, А. В., Юдкина, А. В., Барматов, А. Е. & Жарков, Д. О., 2023, БИОКАТАЛИЗ. ФУНДАМЕНТАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ И ПРИМЕНЕНИЯ. Москва: ООО "АДМИРАЛ ПРИНТ", p. 74 1 p.

    Research output: Chapter in Book/Report/Conference proceeding › Conference contribution › Research › peer-review

  26. Факторы, влияющие на стабильность тримерной формы 2›ДЕЗОКСИУРИДИН-5›-ТРИФОСФАТНУКЛЕОТИДГИДРОЛАЗЫ ESCHERICHIA COLI

    Кириленко, А. А., Коваленко, Е. А., Юдкина, А. В., Ендуткин, А. В., Панфёрова, Е. П., Коханенко, А. А. & Жарков, Д. О., 2023, p. 184-185. 2 p.

    Research output: Contribution to conference › Abstract › peer-review

  27. 2022

  28. Recognition of a Clickable Abasic Site Analog by DNA Polymerases and DNA Repair Enzymes

    Endutkin, A. V., Yudkina, A. V., Zharkov, T. D., Kim, D. V. & Zharkov, D. O., Nov 2022, In: International Journal of Molecular Sciences. 23, 21, 13353.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

  29. Noncatalytic Domains in DNA Glycosylases

    Torgasheva, N. A., Diatlova, E. A., Grin, I. R., Endutkin, A. V., Mechetin, G. V., Vokhtantsev, I. P., Yudkina, A. V. & Zharkov, D. O., 1 Jul 2022, In: International Journal of Molecular Sciences. 23, 13, 7286.

    Research output: Contribution to journal › Review article › peer-review

  30. Miscoding and DNA Polymerase Stalling by Methoxyamine-Adducted Abasic Sites

    Yudkina, A. V. & Zharkov, D. O., 21 Feb 2022, In: Chemical Research in Toxicology. 35, 2, p. 303-314 12 p.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

  31. Stalling of Eukaryotic Translesion DNA Polymerases at DNA-Protein Cross-Links

    Yudkina, A. V., Shilkin, E. S., Makarova, A. V. & Zharkov, D. O., Feb 2022, In: Genes. 13, 2, 166.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

  32. Bioorthogonality in the light of cell defense mechanisms: Interaction of non-natural nucleic acids with the base excision DNA repair system

    Ендуткин, А. В., Юдкина, А. В. & Жарков, Д. О., 2022, p. 982. 1 p.

    Research output: Contribution to conference › Abstract › peer-review

  33. Interaction of DNA replication and DNA repair systems with AP sites adducts with proteins, peptides and low-molecular-weight compounds

    Юдкина, А. В., Шилкин, Е. С., Болдинова, Е. О., Макарова, А. В., Дворникова, А. П., Булгаков, Н. А., Ким, Д. В. & Жарков, Д. О., 2022, p. 1026. 1 p.

    Research output: Contribution to conference › Abstract › peer-review

  34. Генотоксичность и механизмы репарации ДНК-пептидных сшивок с АП-сайтами

    Юдкина, А. В., Булгаков, Н. А., Ким, Д. В. & Жарков, Д. О., 2022, p. 728. 1 p.

    Research output: Contribution to conference › Abstract

  35. 2021

  36. Translesion activity of PrimPol on DNA with cisplatin and DNA–protein cross-links

    Boldinova, E. O., Yudkina, A. V., Shilkin, E. S., Gagarinskaya, D. I., Baranovskiy, A. G., Tahirov, T. H., Zharkov, D. O. & Makarova, A. V., Dec 2021, In: Scientific Reports. 11, 1, 17588.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

  37. A New Class of Uracil-DNA Glycosylase Inhibitors Active against Human and Vaccinia Virus Enzyme

    Grin, I. R., Mechetin, G., Kasymov, R. D., Diatlova, E. A., Yudkina, A., Shchelkunov, S. N., Gileva, I. P., Denisova, A. A., Stepanov, G. A., Chilov, G. G. & Zharkov, D. O., 1 Nov 2021, In: Molecules. 26, 21, 15 p., 6668.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

  38. Кодирующие свойства метоксиамина — ингибитора репарации ДНК с противоопухолевой активностью

    Юдкина, А. В. & Жарков, Д. О., Oct 2021, p. 401. 1 p.

    Research output: Contribution to conference › Abstract › peer-review

  39. Структура новой атипичной ДНК-гликозилазы суперсемейства H2TH из Bacteroides thetaiotaomicron

    Юдкина, А. В., Гарсиа-Диаз, М. & Жарков, Д. О., Sept 2021, p. 286-287. 2 p.

    Research output: Contribution to conference › Abstract › peer-review

  40. Miscoding properties of abasic site adducts with methoxyamine, an antitumor base excision repair inhibitor

    Yudkina, A., Shilkin, E., Boldinova, E., Makarova, A. & Zharkov, D., Jul 2021, In: FEBS Open Bio. 11, p. 87-87 1 p.

    Research output: Contribution to journal › Meeting Abstract › peer-review

  41. Изучение свойств рекомбинантной эндонуклеазы IV Mycobacterium tuberculosis

    Dymova, M. A., Endutkin, A. V., Polunovsky, V. V., Zakabunin, A. I., Khrapov, E. A., Torgasheva, N. A., Yudkina, A. V., Mechetin, G. V., Filipenko, M. L. & Zharkov, D. O., 20 Apr 2021, In: Molekuliarnaia biologiia. 55, 2, p. 258-268 11 p., 7.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

  42. Characterization of Recombinant Endonuclease IV from Mycobacterium tuberculosis

    Dymova, M. A., Endutkin, A. V., Polunovsky, V. V., Zakabunin, A. I., Khrapov, E. A., Torgasheva, N. A., Yudkina, A. V., Mechetin, G. V., Filipenko, M. L. & Zharkov, D. O., Mar 2021, In: Molecular Biology. 55, 2, p. 225-233 9 p.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

  43. Molecular dynamics approach to identification of new OGG1 cancer-associated somatic variants with impaired activity

    Popov, A. V., Endutkin, A. V., Yatsenko, D. D., Yudkina, A. V., Barmatov, A. E., Makasheva, K. A., Raspopova, D. Y., Diatlova, E. A. & Zharkov, D. O., 1 Jan 2021, In: Journal of Biological Chemistry. 296, 100229.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

  44. Boron-containing nucleosides as tools for boron-neutron capture therapy

    Zharkov, D. O., Yudkina, A., Riesebeck, T., Loshchenova, P. S., Mostovich, E. A. & Dianov, G. L., 2021, In: American journal of cancer research. 11, 10, p. 4668-4682 15 p.

    Research output: Contribution to journal › Review article › peer-review

  45. 2020

  46. Displacement of Slow-Turnover DNA Glycosylases by Molecular Traffic on DNA

    Yudkina, A. V., Endutkin, A. V., Diatlova, E. A., Moor, N. A., Vokhtantsev, I. P., Grin, I. R. & Zharkov, D. O., Aug 2020, In: Genes. 11, 8, p. 1-21 21 p., 866.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

  47. Protein Engineering of DNA-Dependent Enzymes

    Yudkina, A. V. & Zharkov, D. O., 8 May 2020, Mechanisms of Genome Protection and Repair. Zharkov, D. O. (ed.). Springer, Vol. 1241. p. 19-33 15 p. (Advances in experimental medicine and biology).

    Research output: Chapter in Book/Report/Conference proceeding › Chapter › Research › peer-review

  48. Catalytically Competent Conformation of the Active Site of Human 8-Oxoguanine-DNA Glycosylase

    Popov, A. V., Yudkina, A. V., Vorobjev, Y. N. & Zharkov, D. O., 17 Feb 2020, In: Biochemistry (Moscow). 85, 2, p. 192-204 13 p.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

  49. Platinum polyoxoniobates have a potential as an anticancer agent

    Юдкина, А. В., Вохтанцев, И. П., Соколов, М. Н., Абрамов, П. А., Абрамов, П. А., Грин, И. Р. & Жарков, Д. О., 2020, BIOINFORMATICS OF GENOME REGULATION AND STRUCTURE/SYSTEMS BIOLOGY (BGRS/SB-2020): The Twelfth International Multiconference Abstracts. Новосибирск: Институт цитологии и генетики СО РАН, p. 604 1 p.

    Research output: Chapter in Book/Report/Conference proceeding › Conference contribution › Research › peer-review

  50. 2019

  51. Transient protein–protein complexes in base excision repair

    Endutkin, A. V., Yudkina, A. V., Sidorenko, V. S. & Zharkov, D. O., 22 Nov 2019, In: Journal of Biomolecular Structure and Dynamics. 37, 17, p. 4407-4418 12 p.

    Research output: Contribution to journal › Review article › peer-review

  52. Platinum Polyoxoniobates Form Adducts with DNA

    Yudkina, A. V., Sokolov, M. N., Abramov, P. A., Grin, I. R. & Zharkov, D. O., 1 Nov 2019, In: Russian Journal of Bioorganic Chemistry. 45, 6, p. 641-646 6 p.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

  53. Structural and biochemical insights of new atypical Fpg/Nei DNA-glycosylases

    Yudkina, A., Garcia-Diaz, M. & Zharkov, D., Jul 2019, In: FEBS Open Bio. 9, p. 252-252 1 p.

    Research output: Contribution to journal › Meeting Abstract › peer-review

  54. Reading and misreading 8-oxoguanine, a paradigmatic ambiguous nucleobase

    Yudkina, A. V., Shilkin, E. S., Endutkin, A. V., Makarova, A. V. & Zharkov, D. O., 1 May 2019, In: Crystals. 9, 5, 31 p., 269.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

  55. 2018

  56. Variable termination sites of DNA polymerases encountering a DNA–protein cross-link

    Yudkina, A. V., Dvornikova, A. P. & Zharkov, D. O., 1 Jun 2018, In: PLoS ONE. 13, 6, p. e0198480 17 p., 0198480.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

  57. 2017

  58. Dihydroartemisinin counteracts fibrotic portal hypertension via farnesoid X receptor-dependent inhibition of hepatic stellate cell contraction

    Endutkin, A., Popov, A., Yudkina, A., Makasheva, K., Afonnikov, D., Simmerling, C. & Zharkov, D., 1 Jan 2017, In: FEBS Journal. 284, 1, p. 114-133 20 p.

    Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

ID: 3556512